New York Dead suit la vie de J. Stone Barrington, un détective du département de police de New York, alors qu’il enquête sur le mystérieux cas de Sasha Nijinsky, un diffuseur bien connu du réseau continental. Stone est impliqué par accident, mais l’affaire prend rapidement le dessus sur tous les aspects de la vie de Stone.
Stone Barrington rentre chez lui après une soirée chez Elaine, le restaurant qu’il fréquente. Exerçant son genou, qui a été blessé dans l’exercice de ses fonctions, Stone lève les yeux alors que le corps de Sasha Nijinsky s’effondre au sol devant lui. Stone passe en mode détective et se précipite vers l’appartement d’où la femme est tombée. Stone donne la chasse à quelqu’un qui s’enfuit dans les escaliers, mais se blesse à nouveau au genou et perd l’agresseur.
Stone appelle son partenaire, Dino Bacchetti et les deux vérifient l’appartement, trouvant un journal qui pourrait pointer vers le suicide et rien d’autre. Scoop Berman, un reporter de télévision indépendant arrive et montre une vidéo aux détectives. Sasha avait survécu à sa chute. Les détectives se précipitent vers l’hôpital, rencontrant une horrible scène d’accident en cours de route. La scène est chaotique, avec l’ambulance de Sasha et un camion de pompiers. Stone et Dino vérifient les hôpitaux et la morgue sans succès. Sasha a disparu.
Stone et Dino enquêtent sur la vie de Sasha, rencontrant plusieurs personnages clés en cours de route. Barron Harkness, le co-présentateur de Sasha, est un homme pompeux, qui aurait souffert dans sa carrière si Sasha avait travaillé à ses côtés. Stone rencontre également l’assistante de Barron, Cary Hilliard, une belle femme qui partage une attirance instantanée avec Stone.
Alors que Stone continue d’essayer de reconstituer ce qui est arrivé à Sasha, il devient amoureux de Cary. Les deux passent le plus de temps possible ensemble, et Stone lui parle de l’affaire, soulagé d’avoir quelqu’un avec qui partager des choses alors qu’il est de plus en plus évité au sein du service de police. Stone n’est pas d’accord avec la direction que prend l’affaire et le dit à son partenaire et à ses supérieurs. Le département cherche désespérément à résoudre l’affaire, ou du moins à la faire sortir des gros titres, et pour ce faire, il concentre son attention sur une femme innocente. Hank Morgan, l’amant de Sasha, est incapable de supporter la pression qu’elle subit et se tue. Bien que tragique, la mort de Morgan clôt efficacement le dossier du NYPD.
Stone, contraint de prendre sa retraite, soi-disant à cause de sa blessure, mais en réalité parce qu’il n’était pas d’accord avec ses supérieurs, commence une nouvelle vie en travaillant avec le cabinet d’avocats Woodman and Weld, en freelance pour eux et en créant son propre cabinet. La relation de Stone avec Cary se refroidit et les deux semblent avoir atteint un plateau. Stone travaille pour Woodman and Weld, avec son ami Bill Eggers agissant comme agent de liaison pour l’entreprise. Bill demande à Stone de rassembler des preuves pour un client qui veut divorcer et Stone le fait, mais les preuves qu’il obtient l’étourdissent, car elles montrent que Cary et Barron Harkness se livrent à une liaison sexuelle.
Dévasté, Stone essaie de passer à autre chose et les mois passent. Malgré tous les efforts de Stone, Cary et l’affaire Nijinsky ne sont jamais loin de ses pensées. Stone est choqué lorsqu’il reçoit une note qui pourrait provenir de Sasha. Les empreintes digitales sur la note s’avèrent être celles de la femme disparue. Cary réapparaît dans la vie de Stone, et malgré son souhait de rester loin d’elle, il est incapable de le faire. Lorsque Stone révèle la note à Cary, elle l’informe que Barron pourrait avoir quelque chose à cacher.
Stone concentre ses efforts sur la preuve de la culpabilité de Barron et la conquête de Cary pour lui-même. Stone reçoit également une invitation de Sasha pour un dîner. Stone appelle Dino à l’aide mais est repoussé, alors il emmène seul la limousine fournie sur le lieu de la fête. En arrivant, Stone est frappé avec un pistolet paralysant, mais pas avant d’avoir vu Sasha et plusieurs autres disposés autour d’une table, appréciant apparemment la compagnie de chacun. Le seul problème avec cela est que les personnes rassemblées sont toutes mortes et embaumées de manière experte.
Stone se réveille pour se retrouver nu et préparé pour l’embaumement par Herb Van Fleet. Herb explique qu’il a été témoin de la chute de Sasha et l’a emmenée de la scène après l’accident impliquant son ambulance et le camion de pompiers. Herb refuse de dire à Stone qui il a vu sur le balcon avec Sasha, et Stone est sur le point d’être tué lorsqu’il révèle à Herb que Sasha est en fait un homme. Stone avait appris de Hi Barker, un écrivain, que Sasha était née de sexe masculin, mais avait changé de sexe à un moment donné de sa jeunesse.
Van Fleet réagit fortement et se jette sur Stone, mais Dino arrive et le tue. Stone et Dino prennent des dispositions pour se rencontrer la nuit suivante sur le tournage de The Hi Barker Show et attraper Barron Harkness dans sa toile de mensonges. Barker présente à Harkness les preuves que Cary a données à Stone, mais Barron est capable d’expliquer chaque situation. En désespoir de cause, Stone dit à Barker de révéler que Sasha est bien vivante. Barron semble ravi, mais Cary, désormais sa femme, s’enfuit. Stone suit Cary sur le toit où elle avoue avoir tué Sasha pour que Barron soit libre. Stone se rend finalement compte que Cary l’a utilisé depuis le début, d’abord pour recueillir des informations sur ce que la police savait, puis pour l’induire en erreur avec des informations erronées sur Barron. Cary voulait Barron pour elle-même et la seule façon d’y parvenir est de se débarrasser de Sasha.
Stone essaie d’empêcher Cary de sauter, mais le vent est fort et lui fait perdre pied. Cary s’effondre jusqu’à sa mort, une mort qu’elle avait imposée à Sasha au début du roman. Stone est sauvé de la chute par son partenaire, Hi Barker et Barron Harkness, la seule personne présente qui semble du tout préoccupée par le départ de Cary.
Stone passe à autre chose, continue de pratiquer le droit et reconstruit sa vie. Stone passe également à l’amour, acceptant une invitation à dîner d’un juge séduisant, mettant ainsi fin au chapitre de sa vie qui impliquait Cary et Sasha Nijinsky.