Le Michel-Ange électrique suit la vie de Cyril (Cy) Parks de 7 à 66 ans. En tant que garçon, Cy porte des bassines de sang craché par les phtisiques qui fréquentent l’hôtel de villégiature de sa mère veuve et il devient fasciné par le liquide révoltant. Avec deux meilleurs amis, Cy vit des aventures d’enfance et des frustrations sexuelles d’adolescent, formant progressivement une personnalité adulte qui le limitera et le frustrera. Alors que la ville célèbre la victoire de la Première Guerre mondiale, Cy rencontre l’homme qui changera son destin, Eliot Riley. Riley est un paria social plus à cause de son comportement ivre, odieux et non conformiste qu’à cause de son occupation louche du tatouage.
Des années passent avant que Cy et Riley ne se rencontrent réellement et dans l’intervalle, Riley observe la promesse artistique du garçon et sa ressemblance avec les femmes qu’il aime évidemment secrètement. Un après-midi, Riley confronte Cy avec une franchise et une suffisance caractéristiques et lui propose un apprentissage. N’ayant pas pensé au métier et n’ayant entendu que du mal de ce tatoueur, Cy n’est pas convaincu. Riley lui donne jusqu’à la nuit pour y réfléchir, attirant Cy avec un aperçu de son ventre décoré. Lorsque Cy voit Riley au travail et voit toute la toile de son corps, il est instantanément convaincu et accepte le poste. La mère de Cy, Freeda, se convainc que c’est pour le mieux.
L’apprentissage est chaotique. Riley est un enseignant peu orthodoxe, égoïste, exigeant, frustrant et décourageant. Cy reste avec lui quand sa mère meurt et il reste dix ans jusqu’à ce que Riley se suicide. Pendant toute la période, Cy est la nourrice du vieil ivrogne ainsi que son laquais. Néanmoins, Cy maîtrise parfaitement l’art, la philosophie et la psychologie du tatouage et devient un « freehander », un artiste suffisamment habile pour travailler sans croquis préliminaires. Avec la mort de Riley, il n’y a plus d’ombre dans laquelle vivre et Cy part pour l’Amérique pour vivre et travailler comme il le souhaite sous le surnom de « The Electric Michelangelo ». Pendant le passage de l’Atlantique, Cy comprend ce que Riley lui a dit au fil des ans.
Cy s’installe à Brooklyn et travaille à Coney Island, le parc d’attractions le plus grand et le plus corrompu du monde. Il se fait des amis et prospère, mais il est constamment hanté par sa mère et Riley. Il mesure chaque aspect de la vie par leurs mesures. Sept ans après son arrivée, au cours de laquelle Cy convoite la femme ténébreuse dans l’appartement en dessous de lui, il rencontre enfin Grace et son cheval, Maximus. Grace et Maximus travaillent dans le cirque de Coney Island et elle semble tout savoir sur Cy.
Grace dit qu’il est temps de changer et que le changement impliquera Cy. Grace veut que tout son corps soit recouvert de motifs d’yeux noirs et verts et Cy s’exécute, repoussant les désirs croissants pour son corps nu. Peu de temps après la fin des travaux, au cours desquels ils ne consomment jamais leur passion commune, Grace est horriblement défigurée par un fanatique religieux qui lui jette de l’acide et de l’ammoniaque. Grace survit alors que Cy commence à tout détester. Grace fait appel à Cy et à un ami pour l’aider à se venger en arrachant les yeux de l’agresseur. Ils se séparent et disparaissent.
Cy retourne dans sa ville natale après la guerre et rétablit le magasin de tatouage. Ses démons sont pour la plupart derrière lui. Au bord de la retraite, une adolescente bizarre, la petite-fille du premier désir de la vie de Cy, apparaît dans la boutique de Cy et se fait bien voir de lui. Elle s’installe comme son apprentie à la fin du roman, avec la promesse que Cy transmettra l’ancienne tradition.