Ender’s Shadow est un roman de science-fiction futuriste sur la façon dont les enfants sauvent l’espèce humaine de la destruction par une espèce d’insecte extraterrestre intelligente. C’est un roman parallèle à un précédent du même auteur, Ender’s Game. Les mêmes événements sont dépeints à partir d’un personnage principal différent pour faire ressortir différents points de vue et idées thématiques.
Bean survit d’une manière ou d’une autre aux rues méchantes de Rotterdam et semble n’avoir que deux ans, bien qu’il ait un niveau d’intelligence extrêmement élevé. Son vrai nom est Julian Delphiki, qu’il n’apprend que vers la fin de l’histoire. Pendant son séjour à Rotterdam, Bean change le caractère de la rue de la survie du plus apte à une situation plus civilisée dans laquelle les enfants plus âgés protègent les plus jeunes afin qu’ils puissent obtenir de la nourriture dans une cuisine caritative. Le propriétaire de la cuisine caritative informe sœur Carlotta du changement, et elle enquête sur Bean et un autre enfant de la rue plus âgé nommé Achille comme candidats possibles pour Battle School. Elle sélectionne Bean pour fréquenter l’école de combat de l’IF (Flotte internationale).
Seuls les enfants fréquentent la Battle School, située dans une station spatiale. Bien que beaucoup plus petit que les autres enfants, Bean fait preuve d’une intelligence remarquable. Il explore la station spatiale depuis son système de ventilation. Pendant ce temps, sœur Carlotta enquête sur le passé de Bean. Elle découvre qu’il avait probablement fait partie d’une expérience ADN illégale et qu’un changement mineur de son ADN a causé la haute intelligence.
Bean avance à Battle School et rencontre Ender Wiggin, un autre point focal de l’IF. L’IF s’attend à ce qu’Ender mène une bataille à venir contre les Formics, également connus sous le nom de Buggers, une race d’insectes qui vivent sur des mondes lointains à des années-lumière de la Terre. La Terre a déjà eu deux batailles avec les Buggers. La troisième déterminera si les êtres humains survivront ou si les Formiques détruiront l’espèce humaine. Cependant, aucun des étudiants de l’école de combat ne sait quand cette bataille aura lieu ni comment ils en feront partie. Ils effectuent des batailles d’entraînement entre eux, organisés en armées avec des noms d’animaux. Ender commande l’armée Dragon, dans laquelle Bean est placé, et Dragon devient l’armée la plus élevée de l’école en raison du fait qu’il a remporté le plus de batailles.
Ender est promu à l’école de commandement et Bean devient le commandant de l’armée des lapins. Peu de temps après, Bean est envoyé à l’école tactique puis à l’école de commandement avec Ender, avec neuf autres étudiants. L’école de commandement se trouve dans un astéroïde évidé qui était à l’origine une base de Bugger. Ici, Ender mène les étudiants dans des batailles soi-disant pratiques. Bean utilise son intelligence supérieure pour découvrir que les pratiques sont en fait de véritables batailles, menées en temps réel avec des vaisseaux spatiaux IF et des combattants à des années-lumière grâce à une technologie de communication spéciale à ultra haut débit.
Bean suit la stratégie d’Ender jusqu’à une fin victorieuse de la bataille, sauvant ainsi la terre des Buggers. Sœur Carlotta découvre les parents biologiques de Bean en Crète et le rend à sa famille.