Capitaine Jack Aubrey, v. 1809, prend le commandement du HMS Leopard, un navire de ligne de quatrième rang avec une histoire ternie. Il embarque pour Botany Bay, en Australie, dans le double but de transporter des criminels vers la colonie pénitentiaire et ensuite de récupérer le tristement célèbre gouverneur William Bligh et de l’escorter jusqu’en Angleterre. En l’occurrence, Aubrey n’accomplit ni l’un ni l’autre. Leopard est poursuivi par un adversaire néerlandais et, après la victoire, s’écrase dans un iceberg submergé. La moitié de l’équipage déserte tandis qu’Aubrey et les fidèles luttent pour atterrir sur l’île de la Désolation où des réparations sont effectuées alors que Stephen Maturin intrigue avec un espion américain.
Le roman, cinquième d’une série de vingt romans, s’ouvre à terre avec Aubrey et Maturin discutant de leur avenir respectif. Aubrey est un boob désespéré à terre et, au ras d’une importante et récente aubaine, poursuit plusieurs activités apparemment conçues pour dissiper la richesse. Pendant ce temps, Maturin poursuit Diana Villiers, son amour non partagé. Comme d’habitude, Villiers s’enfuit avec un autre homme, laissant Maturin payer les factures. Maturin apprend que Villiers a été compromise par son association avec Louisa Wogan, une espionne américaine capturée. À la demande du service de renseignement, Maturin accepte d’accompagner Wogan lors de son voyage à Botany Bay ; il se fera passer pour le chirurgien du navire et cherchera à obtenir tout avantage en matière d’intelligence possible. Heureusement pour la construction narrative, Wogan doit être transporté à bord du HMS Leopard, le navire même auquel Aubrey a été nommé.
Aubrey prend le commandement et conduit Leopard vers le sud à travers une mer orageuse puis calme. Près de l’équateur, le navire entre dans le marasme et dérive pendant des semaines dans la chaleur accablante. A ce moment inopportun, la fièvre carcérale éclate parmi les prisonniers et se propage rapidement à l’équipage. La fièvre est mortelle et entraîne des enterrements quotidiens. L’équipage très réduit finit par récupérer, le marasme est transité et le voyage se poursuit après une brève escale au Brésil pour décharger les convalescents. Leopard entre dans les mers du sud et rencontre un navire de guerre hollandais hostile, le Waakzaamheid. Désespérément surclassé, Leopard court pour la sécurité et est poussé de plus en plus vers le sud par le poursuivant implacable. Finalement, dans un coup de vent, les navires se ferment et un combat en cours se joint. Après des heures, Waakzaamheid est démâté, aborde et se perd dans la mer agitée. Aubrey est grièvement blessé lors de la rencontre et Leopard est loin au sud et dans des eaux dangereuses.
Leopard reprend brièvement son voyage avant de courir sur la glace sous-marine. Prenant l’eau à un rythme effrayant, Leopard est considéré comme perdu par de nombreux membres d’équipage qui désertent dans les bateaux du navire. Aubrey et ses fidèles compagnons de bord restent derrière et parviennent à sauver le navire assez longtemps pour atteindre l’île de la Désolation, où il est principalement réparé. Là, Leopard rencontre un baleinier américain. En échange des soins médicaux de Maturin, les Américains permettent à Leopard d’utiliser sa forge et de terminer son radoub. Pendant ce temps, Maturin fait en sorte que de fausses informations tombent entre les mains de Wogan et organise subrepticement son évasion vers le navire américain. Portant une pilule empoisonnée, Wogan s’enfuit alors que Leopard part en mer pour terminer son voyage troublé.