City of Glass est le troisième roman de la série Mortal Instruments de Cassandra Clare. Dans ce roman, Clary se rend dans la Cité de Verre pour trouver un magicien qui aurait un remède contre le coma provoqué par sa mère. Également dans la ville se trouvent les amis de Clary, les Lightwood, et son frère Jace. Au cours de leur visite, la ville, que l’on croyait impénétrable aux démons, est attaquée par un groupe de démons dirigé par le père de Clary, Valentin. Clary et Jace se retrouvent forcés d’affronter Valentin dans une bataille finale qui en laissera un ou tous morts. City of Glass est une conclusion satisfaisante à la bataille entre le mal et le bien qui sont personnifiées dans les personnages de Valentine, Clary et Jace.
Clary prévoit de se rendre à Idris, la ville de verre qui est la capitale du monde Shadowhunter, Alicante. Clary a été informée par Madeleine, une amie de sa mère, qu’il y a un magicien nommé Fell là-bas qui a le sort qui peut inverser le coma dans lequel la mère de Clary s’est mise lorsque Valentine s’est présentée à leur appartement. À l’insu de Clary, son frère Jace ne veut pas qu’elle parte et envisage de l’arrêter.
Alors que la famille Lightwood et Jace se préparent à se rendre à Alicante, Jace essaie de convaincre l’ami de Clary, Simon, de l’empêcher de partir. Simon argumente; et, avant qu’une décision puisse être prise, les guerriers réprouvés attaquent la famille. Simon est blessé, alors Jace le tire à travers le portail vers Alicante. C’est très inhabituel, car Simon est un vampire. Ils sont accueillis avec fureur de l’autre côté du portail. Simon est finalement emmené dans la classe dirigeante connue sous le nom d’Enclave. Puis, il est emprisonné sous l’accusation d’être un espion pour Valentine.
Clary, en colère que les Lightwood et Jace aient voyagé sans elle, utilise sa compétence spéciale de création de runes pour créer un nouveau portail. Clary traverse le portail avec Luke, l’ami de sa mère. Clary tombe dans un lac qui a longtemps été maudit contre les Shadowhunters. Luke emmène rapidement Clary à Idris et chez sa sœur Amatis, afin qu’il puisse la guérir de la malédiction. On dit alors à Clary de rester sur place puisqu’elle est entrée illégalement dans la ville, mais Clary ne peut résister au désir de confronter son frère pour être parti sans elle.
Lorsque Clary arrive à la maison des Penhallow, où séjournent les Lightwood, elle rencontre Sebastian, un cousin de la fille des Penhallow. Clary ressent un lien immédiat avec ce jeune homme qui ressemble étrangement à un personnage qu’elle a jadis dessiné dans un roman graphique. Cependant, cette connexion est vite oubliée lorsque Clary va affronter Jace et le retrouve dans les bras d’une autre fille. Clary et Jace étaient autrefois amants avant d’apprendre leur lien biologique et les sentiments continuent de les confondre tous les deux. Cette situation n’aide guère à la confusion.
Jace est en colère contre Clary pour être venue à Idris et la renvoie rapidement. Clary, cependant, est déterminée à faire ce qu’elle est venue faire. Pour cette raison, lorsque Sebastian propose de l’emmener à Ragnor Fell, elle accepte. Cependant, la visite s’avère infructueuse lorsque Clary découvre que Ragnor Fell a été tué par Valentin quelques heures avant son arrivée. Cependant, un autre magicien, Magnus Bane, parle à Clary d’un livre qui, selon lui, contient le sort nécessaire pour réveiller sa mère. Malheureusement, ce livre est caché dans l’ancienne maison de son père qui est Valentin.
Clary est à nouveau confrontée à Jace. Clary parle du livre à Jace et ensemble, ils vont le récupérer. Là-bas, ils tombent sur un ange que Valentin a gardé prisonnier dans la maison. L’ange montre à Clary quelques images avant de lui montrer comment elle peut le libérer. L’ange se tue quand Clary le libère.
Clary et Jace retournent à Idris pour le trouver en flammes. Un groupe de démons sous le commandement de Valentin a trouvé un moyen d’entrer dans la ville et attaque. Beaucoup meurent pendant l’attaque, y compris l’ancien tuteur de Lightwood. Ensuite, Luke suggère une alliance avec les Créatures Obscures, les vampires, les fées et les loups-garous, pour aider à vaincre Valentin. Il y a une résistance à cette idée jusqu’à ce que Clary dise à tout le monde qu’elle connaît une rune qui combinera des paires de Downworlders et de Shadowhunters pour les aider à se battre ensemble.
Alors que la ville se prépare au combat, Jace part à la recherche de Valentin. Lorsqu’il retrouve Valentin, Jace est confronté à Sébastien. Sebastian dit à Jace que Jace n’est pas le fils biologique de Valentin. Il est le fils d’un autre Chasseur d’Ombres à qui Valentin a secrètement nourri un élixir à base de sang d’ange. Sebastian est en fait le fils biologique de Valentin, un enfant qui a reçu du sang de démon avant sa naissance. Sebastian et Jace se battent. Jace finit par tuer Sebastian.
En même temps que Jace se bat pour sa vie, Clary réalise ce que Valentine a l’intention de faire. Elle ouvre un portail vers le lac Lyn. Valentine est là, utilisant les instruments mortels pour appeler l’ange Raziel, le père des Shadowhunters. Jace arrive avant que Valentin ne puisse terminer le rituel. Ils se battent et Valentin tue Jace. Alors que Valentin continue le rituel, Clary modifie l’une des runes. Raziel arrive et se dispute avec Valentine. Puis Raziel annonce que le nom de Clary est celui qui l’a convoqué. Il exaucera seulement un vœu d’elle. Raziel tue alors Valentine et ressuscite Jace à la demande de Clary.
Il y a une célébration à Idris après la mort de Valentin et la bataille réussie. Les représentants des Downworlders sont choisis pour siéger au conseil de l’Enclave. Jocelyn et Luke s’engagent enfin l’un envers l’autre, et Clary et Jace s’engagent l’un envers l’autre, maintenant qu’ils savent qu’ils ne sont pas frère et sœur.