Fatherland est l’histoire alternative de la domination allemande nazie sur l’Europe comme si l’Allemagne avait gagné la Seconde Guerre mondiale. L’histoire se déroule pour découvrir les meurtres de hauts fonctionnaires allemands à la veille du soixante-quinzième anniversaire d’Adolf Hitler en 1964.
L’histoire commence avec le détective criminel allemand Kripo Xavier March chargé de travailler sur une affaire impliquant un cadavre retrouvé dans la rivière Havel à Berlin. Lorsque le corps ne correspond pas aux descriptions des personnes portées disparues, March prend les empreintes digitales du cadavre et découvre que l’homme était un haut fonctionnaire allemand nommé Josef Buhler. L’enquête de March le conduit sur la scène du suicide d’un autre haut fonctionnaire allemand, Wilhelm Stuckart, et de sa maîtresse.
L’enquête de March est compliquée par l’apparition de Charlie Maguire, un journaliste américain qui avait été entraîné dans l’affaire par un appel téléphonique de Stuckart quelques jours auparavant. L’enquête de March mène d’abord à un réseau de voleurs de fonctionnaires nazis qui ont volé des œuvres d’art inestimables pendant la Seconde Guerre mondiale, puis les ont vendues dans d’autres pays pour amasser des fortunes personnelles. March apprend finalement que les vols d’art sont une ruse développée par la Gestapo pour détourner March de trouver la véritable raison de la mort de Buhler et Stuckart.
March reçoit le faux soutien du chef de la police SS pour poursuivre son enquête indépendamment de l’enquête officielle de la Gestapo sur l’affaire et apprend bientôt qu’un autre homme, Martin Luther, est lié à Buhler et Stuckart. Luther est toujours en vie et ses tentatives pour contacter Charlie dans l’espoir de faire défection en Amérique se terminent par son meurtre public.
Finalement, March et Charlie découvrent que la véritable raison de la dissimulation nazie est que Buhler, Stuckart et Luther ont des informations sur la conférence de Wannsee qui s’est tenue en janvier 1942 pour déterminer la solution finale sur la façon d’exterminer les Juifs européens selon les souhaits d’Adolf Hitler. . March est capable de trouver les documents cachés liés à l’Holocauste et se rend compte qu’il doit obtenir les informations diffusées au monde par les voies du journalisme de Charlie.
March et Charlie élaborent un plan pour s’échapper à Zurich puis en Amérique pour raconter au monde les atrocités nazies. March est arrêté, torturé et tué à la suite de la trahison de son meilleur ami et partenaire mais Charlie s’échappe avec les preuves et documents incriminants en main.