L’enfant Jeanne d’Ingleheim est née en l’an 814 d’une femme saxonne nommée Gudrun et de son mari anglais, le chanoine d’Ingleheim. La sage-femme du village, Hrotrud, accouche de la petite Joan après un accouchement dangereux et compliqué. Le chanoine froid et haineux est sévèrement déçu d’avoir une fille, estimant qu’en plus d’être sans valeur, les femmes sont la source du péché.
Pope Joan est l’histoire d’une jeune femme de l’époque médiévale qui est intellectuellement brillante et motivée dans son désir d’apprendre tout ce qu’elle peut sur la religion et la médecine. Au fil du temps, Joan, déguisée en John Anglicus, se voit finalement offrir des opportunités à des niveaux de pouvoir que la plupart des hommes n’atteignent jamais. Son secret, le fait qu’elle soit une femme, n’est connu que d’un seul homme, le chevalier Gerold. Les seules opportunités de cette femme douée de contribuer à son monde en mutation dépendent de sa façade de virilité.
Instruite dans son enfance par le Grec avant-gardiste Esculape, Joan trouve l’opportunité d’aller à l’école du palais de Dorstadt avec son frère John. Lorsqu’elle survit à une attaque brutale de Norseman le jour de son redoutable mariage arrangé, Joan, quinze ans, s’échappe dans la cape à capuchon de son frère décédé et rejoint le monastère de Fulda sous le nom de John Anglicus. Elle vit et étudie comme moine à l’abbaye et apprend à pratiquer la médecine auprès du médecin résident de l’abbaye.
Jeanne se rend à Rome, toujours déguisée en homme, et se met à prouver qu’elle est une guérisseuse remarquable et la voix de la raison parmi les hommes dont les croyances religieuses restrictives les paralysent au bon sens. Après une série d’événements mémorables, Jeanne est élue pape de Rome et sert équitablement et honorablement à ce titre jusqu’à sa mort. Son histoire est pratiquement écrite hors de l’histoire en raison de la découverte bizarre de sa sexualité et du fait qu’elle est capable d’accomplir tant de choses sous le nez des hommes puissants de cette époque. Bien que Joan vive comme un homme, le seul amour de sa vie est pour le comte Gerold, qu’elle rencontre à plusieurs reprises au cours de sa vie. Lorsque Gerold est tué, le pape Jean Anglicus, ou Jeanne, fait une fausse couche et meurt, laissant Rome avec un morceau d’histoire embarrassant et honteux à gérer.
Ce n’est qu’en tant que John Anglicus que Joan est capable de vivre la vie remarquable d’érudit, de médecin, de prêtre catholique et enfin de pape, à une époque où elle n’est considérée comme valable que pour la procréation.