La dernière tentation du Christ est une représentation peu orthodoxe de Jésus de Nazareth aux prises avec les responsabilités d’être le Messie. Suspendu à la croix, il rêve de ce qu’aurait pu être sa vie et, réalisant les conséquences pour l’humanité, achève sa mission en mourant triomphalement.
Jésus ne veut pas accepter le destin d’être le Messie de Dieu. Il vainc tous les péchés sauf la peur. Il construit des croix sur lesquelles les Romains exécutent des messies potentiels, espérant que Dieu l’abandonnera, mais sent régulièrement que Dieu le prend par la tête avec des serres de vautour et continue de recruter. Injurié lors de la crucifixion du Zélote, Jésus quitte la maison pour un monastère du désert mais arrive trop tard pour que l’abbé Joachim puisse interpréter ses rêves. Judas Iscariot, un forgeron et Zélote chargé d’assassiner Jésus, le laisse vivre jusqu’à ce qu’ils puissent voir s’il est le Messie. Jésus part, conservant la robe blanche.
Jésus atteint Capharnaüm à temps pour empêcher une foule de lapider la prostituée Marie-Madeleine et propose pour la première fois à des foules affamées de simples paraboles. Rassemblant un groupe d’adeptes dont Judas, Jésus se dirige vers le Jourdain pour laisser Jean-Baptiste décider de son authenticité. Avec la bénédiction et l’avertissement de Jean, Jésus se teste dans le désert. Apprenant quand il émerge que Jean a été décapité, Jésus adopte le message et l’attitude enflammés de Jean. Cela se retourne contre Nazareth, où Jésus initie son ministère, et il s’installe à Capharnaüm pour l’hiver, envoyant des disciples et lui-même guérissant les malades.
À l’approche de la Pâque, Jésus prêche à Jérusalem, se faisant des ennemis mortels. Ressusciter Lazare d’entre les morts montre à Jésus qu’il peut tout faire. Par Judas, Jésus arrange avec le grand prêtre Caïphe la seule séquence d’événements qui peut sauver le monde. Après le repas de la Pâque, Jésus prie à Gethsémané pour un sursis mais endure le procès pour blasphème et la condamnation à mort romaine. Simon de Cyrène porte la croix après que la force de Jésus ait donné et Simon seul voit des anges apposer Jésus sur la croix et lui percer le côté.
Après avoir crié « Eli, Eli », Jésus s’évanouit. En un instant, il rêve d’une longue vie conjugale « normale » avec de nombreux enfants et petits-enfants. Lorsque les disciples rendent visite à des vieillards décrépits et amers, Judas traite Jésus de traître et de lâche pour ne pas avoir tenu ses promesses. Jésus se retrouve à l’agonie sur la croix, termine son cri, « lama sabachthani », ajoute « c’est accompli », et commence une nouvelle ère pour l’humanité.