Le Dernier Commandement oppose la Nouvelle République au Grand Amiral Thrawn dans une bataille pour la survie. La production de clones de Thrawn, tellement accélérée que la folie est garantie, doit être arrêtée. Alors que Thrawn et le fou Maître Jedi Joruus C’baoth se disputent le contrôle de l’Empire, un petit groupe de rebelles s’envole vers l’installation cachée et la détruit. C’baoth et Thrawn meurent tous les deux, de sorte que l’Empire sans tête cesse d’être une menace.
Thrawn et Joruus C’baoth se disputent le contrôle de l’Empire mais coopèrent temporairement pour convaincre les rebelles qu’une nouvelle arme puissante existe. C’baoth veut seulement faire de Leia Organa Solo et de ses jumeaux ses apprentis. Tout en cherchant des preuves d’expéditions de clones, le Jedi Luke Skywalker rencontre un passeur, Talon Karrde, et accepte de le payer pour obtenir des informations. La partenaire de Karrde, Mara Jade, qui a des pouvoirs de Force en herbe et est en convalescence sur Coruscant, dit à Leia que la voix du défunt empereur lui ordonne de « tuer Luke Skywalker ». Thrawn apaise C’baoth en envoyant une équipe de commandos pour kidnapper les Solos, mais ne réussit qu’à impliquer Mara comme complice. Elle est emprisonnée.
Pendant ce temps, Karrde cherche des contrebandiers convoqués et ne les rallie aux côtés de la Nouvelle République que lorsque leur réunion est attaquée par les Impériaux. Thrawn est furieux, craint les conséquences et blâme Karrde. Deux contrebandiers vengent activement la mort de leur ami en sabotant le chantier naval impérial de Bilbringi. Karrde en est témoin et voit de mystérieux astéroïdes, qui sont bientôt « masqués » et libérés comme des dangers autour de Coruscant lors de l’attaque « hit-and-fade » de Thrawn. Après avoir révélé à Leia l’emplacement de l’installation de clonage, Mara est sortie de prison et emmenée à Wayland juste avant la fermeture de Coruscant. Luke, Han Solo, Lando Calrissian, Chewbacca et les droïdes accompagnent Mara dans une mission de recherche et de destruction.
Karrde se disculpe lors de la prochaine réunion et apprend que la Nouvelle République pense qu’elle ne peut dégager le ciel qu’avec un réseau CGT qui doit être volé à l’Empire. Il s’organise pour en voler un d’abord et le leur vendre. L’Empire et la Nouvelle République sont mis en place pour une bataille décisive à Bilbringi. Pendant ce temps, sur Wayland, le groupe se fraye un chemin à travers un terrain menaçant jusqu’au mont Tantiss et entre. Leia, ayant réalisé que C’baoth s’y est également rendu et que la Force est désactivée, demande à Karrde de l’emmener là-bas pour avertir Luke. Luke et Mara se rendent dans la salle du trône pour trouver l’interrupteur d’autodestruction, mais rencontrent C’baoth. Rétablissant la Force et désactivant Mara, C’baoth regarde Luke combattre son clone, Luuke, et devient furieux lorsque Mara tue ce dernier, accomplissant son dernier ordre et la libérant. Malgré les efforts violents de C’baoth, Mara accomplit également sa prophétie en s’agenouillant devant lui et en poussant vers le haut avec son sabre laser. Le vaisseau de Karrde est prêt à les faire voler avant l’explosion cataclysmique de la montagne. De retour sur Coruscant, Mara accepte de servir d’intermédiaire entre le gouvernement et les contrebandiers, et Luke lui donne son sabre laser original, qui l’aide à laisser le passé derrière elle et à se tourner vers l’avenir.