La couleur du sang est un roman sur le chef religieux d’un ancien pays du bloc soviétique, le cardinal Stephen Bem, qui lutte pour faire la distinction entre la foi et le gouvernement, et la spiritualité et la sécurité. Certains de ses propres évêques et conseillers de confiance estiment qu’il est trop fidèle au gouvernement oppressif et ont comploté pour le kidnapper et utiliser une célébration religieuse à venir pour appeler le peuple à se révolter contre l’État. Le cardinal Bem est capable de découvrir les plans, d’exposer les évêques et d’empêcher la révolte planifiée, mais un catholique fanatique l’assassine quelques instants après avoir sauvé la mise. Le livre est une exploration des thèmes du pouvoir, de la foi, de la confiance et de la loyauté.
Dans une ancienne république soviétique sans nom, le cardinal Stephen Bem est le chef religieux d’une population partagée entre la loyauté au parti et la loyauté à l’église, chaque côté regardant avec méfiance et hostilité l’autre. Le gouvernement tout-puissant a des espions et des appareils d’écoute partout, et le cardinal Bem fait la distinction entre faire ce qu’il croit être juste aux yeux de Dieu et ce qui protégera l’église de l’examen et de l’interférence du gouvernement.
À l’ouverture du livre, le cardinal Bem est accosté par deux assassins alors qu’il est reconduit chez lui après une réunion, et s’échappe de justesse avec sa vie. Quelques heures plus tard, il est fait prisonnier par des catholiques radicaux déguisés en Sûreté. Ces événements ont lieu quelques jours seulement avant une fête religieuse importante et émouvante, la célébration des Martyrs de Rywald.
Échappant à ses ravisseurs, le cardinal Bem découvre que ses propres évêques ont comploté contre lui afin de transformer les célébrations de Rywald en un appel à la rébellion contre le gouvernement. Craignant pour sa propre sécurité et pour l’effusion de sang que provoquerait une telle tentative de rébellion, le cardinal Bem se retrouve soudain en fuite et ne peut faire confiance à presque personne. Se cachant du gouvernement et de ses propres évêques, il traverse le pays incognito, essayant de découvrir les détails du plan et de découvrir ce qu’il peut faire pour l’arrêter.
Le cardinal Bem est finalement capturé par la police et amené devant le Premier ministre, un ancien camarade de classe de l’école jésuite. Le Premier ministre donne au cardinal une dernière chance d’arrêter les plans et d’empêcher les émeutes, ou de subir l’application de la loi martiale et des effusions de sang civiles comme on n’en a jamais vu auparavant.
Protégé par la police de sécurité, le cardinal Bem affronte les évêques traîtres, déjoue une deuxième tentative de kidnapping et prononce un discours aux fidèles catholiques demandant paix et patience. Alors qu’il commence à donner la communion, un membre d’un groupe marginal de terroristes catholiques prend les choses en main et tire sur Bem devant la foule rassemblée.