« The Merlin Conspiracy » est l’histoire d’un jeune garçon et d’une jeune fille, qui doivent protéger leurs différents mondes d’un complot magique. Le livre commence du point de vue de Roddy, une adolescente qui vit dans un monde magique et a un ami proche, Grundo, dont elle s’occupe car il est considéré comme plutôt lent. Lors d’une réunion du roi anglais avec le roi écossais, cependant, le vieux Merlin tombe mort, et le roi écossais le prend comme une insulte et se retire. Il y a des suggestions de jeu déloyal, mais rien de définitif.
Pendant ce temps, dans un monde qui ressemble au nôtre, Nick se rend avec son père à une conférence d’écriture, où il est emporté dans le monde de Roddy et pris pour un gardien. Capturé par un groupe qui s’occupe du prince de Galles, Nick doit entrer dans un état de transe pour rechercher des ennemis psychiques. Là, il rencontre Romanov, un sorcier plus âgé et très intelligent.
Dans le monde de Roddy, la procession du roi se rend dans un château voisin, où la mère de Grundo, Sybil, trompe tout le monde avec de l’eau d’un ruisseau enchanté. Grundo et Roddy ne le boivent pas et entendent plus tard Sybil et le nouveau Merlin, entre autres, comploter; cependant, parce que tout le monde a été enchanté, personne ne les croit. À ce stade, Roddy est convoqué chez son grand-père au Pays de Galles; il la met très mal à l’aise, mais elle lui raconte néanmoins l’intrigue.
Nick, quant à lui, apprend par hasard qu’il a été repéré comme un faux, et fuit les gardes, à la recherche de Romanov. Il se retrouve dans les bois, où il rencontre un vieil ivrogne qui l’aide en lui donnant du feu. Il voit alors Roddy, qui l’a convoqué pour l’aider à renverser le complot; cependant, il ne comprend pas.
Roddy et Grundo explorent un vieux village à proximité, où Roddy capte la puissante magie d’une sorcière qui y vivait. Quand ils rentrent à la maison, ils s’endorment ; Gwyn, le grand-père, est parti au moment où ils se réveillent. Roddy essaie d’appeler les Little People à l’aide, ainsi que l’assistant (Nick), mais n’est pas sûr de leur aide. Elle essaie de rejoindre le cortège du roi, mais ils ont avancé et personne ne sait où ils se trouvent.
Nick est alors piégé dans son monde alternatif, mais s’échappe avec l’aide d’un éléphant qu’il trouve piégé entre les mondes. Lui et l’éléphant, Mini, se rendent dans le monde de Romanov, où le sorcier plus âgé est tombé malade. La femme de Romanov appelle avec colère au téléphone, mais Nick l’ignore. Romanov va de mal en pis et une machine volante atterrit sur sa pelouse. C’est Maxwell Hyde, un Magrid qui voyage entre les mondes pour aider à les maintenir en ordre. Il dit à Nick qu’il est sous le charme de tomber malade Romanov et lui dit de se baigner dans de l’eau salée. Ensuite, Hyde et Nick parlent, et Nick se rend compte que Roddy est la petite-fille de Hyde.
Ne sachant pas où aller, Roddy se rend chez ses proches à Dimber, mais constate qu’une paire de jumeaux ennuyeux ainsi que certains objets enchantés causent des ennuis et de profonds problèmes. Personne ne peut atteindre Hyde. Lorsque Roddy essaie d’aider les créatures prises dans les objets à obtenir un marché plus équitable, sa grand-mère l’envoie chez la Dame de la Gouvernance. Cependant, bien que Roddy essaie d’expliquer le complot, la Dame ne la croit pas.
Nick accompagne Hyde à Blest, le monde de Roddy, et reste avec lui à Londres. Il a des cours de magie et Hyde réprimande sa fille Dora pour avoir utilisé des salamandres, de dangereuses créatures magiques. Des incendies éclatent dans tout le pays et la mort, sous la forme de Gwyn, vient pour Hyde.
Roddy se rend à Londres et y retrouve Nick. Elle découvre que ses parents ne sont plus avec le roi. En méditant, Nick se rend compte que Hyde est toujours en vie. Les jumeaux se présentent et Nick se rend compte qu’ils auront besoin de l’aide de Romanov. Avec sa chèvre, ils voyagent pour retrouver Romanov, puis retournent dans le monde de l’arcade. Là, ils trouvent de nombreuses personnes piégées par de puissants sorts de liaison utilisés par un maître de prière stagiaire qui avait auparavant tenté de tuer Romanov. Roddy utilise sa nouvelle magie pour aider à délier toutes les personnes magiques piégées. Nick fait alors appel au dragon blanc d’Angleterre, et il est révélé que le nouveau Merlin est en fait un faux.
À la fin du livre, Grundo est en lice pour être le nouveau Merlin, et Roddy ira avec Maxwell Hyde avant de commencer sa formation en tant que prochaine Dame de la Gouvernance.