City of Glass est le troisième roman de la série Mortal Instruments de Cassandra Clare. Dans ce roman, Clary se rend dans la Cité de Verre pour trouver un magicien qui aurait un remède au coma provoqué par sa mère. Dans la ville se trouvent également les amis de Clary, les Lightwood, et son frère Jace. Lors de leur visite, la ville, que l’on croyait impénétrable par les démons, est attaquée par un groupe de démons dirigé par Valentine, le père de Clary. Clary et Jace se retrouvent obligés d’affronter Valentine dans une bataille finale qui laissera l’un d’entre eux, ou tous, morts. City of Glass est une conclusion satisfaisante à la bataille entre le mal et le bien personnifiée dans les personnages de Valentine, Clary et Jace.
Clary prévoit de se rendre à Idris, la Cité de Verre qui est la capitale du monde Shadowhunter, Alicante. Madeleine, une amie de sa mère, a dit à Clary qu’il y avait là-bas un magicien nommé Fell qui avait le sort qui pouvait inverser le coma dans lequel la mère de Clary s’était plongée lorsque Valentine s’était présentée à leur appartement. À l’insu de Clary, son frère Jace ne veut pas qu’elle parte et envisage de l’arrêter.
Alors que la famille Lightwood et Jace se préparent à se rendre à Alicante, Jace tente de convaincre Simon, l’ami de Clary, de l’empêcher d’y aller. Simon argumente ; et, avant qu’une décision puisse être prise, les guerriers Réprouvés attaquent la famille. Simon est blessé, alors Jace le tire à travers le portail vers Alicante. C’est très inhabituel, car Simon est un vampire. Ils se heurtent à la fureur de l’autre côté du portail. Simon est finalement emmené dans la classe dirigeante connue sous le nom d’Enclave. Ensuite, il est emprisonné sous l’accusation d’être un espion pour Valentine.
Clary, fâchée que les Lightwood et Jace aient voyagé sans elle, utilise sa compétence spéciale de création de runes pour créer un nouveau portail. Clary franchit le portail avec Luke, l’ami de sa mère. Clary tombe dans un lac qui a longtemps été maudit contre les Chasseurs d’Ombres. Luke emmène rapidement Clary à Idris et chez sa sœur Amatis, afin qu’il puisse la guérir de la malédiction. On dit alors à Clary de rester sur place puisqu’elle est entrée illégalement dans la ville, mais Clary ne peut résister au désir de confronter son frère pour être parti sans elle.
Lorsque Clary arrive chez les Penhallow, où résident les Lightwood, elle rencontre Sebastian, un cousin de la fille des Penhallow. Clary ressent un lien immédiat avec ce jeune homme qui ressemble étrangement à un personnage qu’elle avait dessiné dans un roman graphique. Cependant, ce lien est vite oublié lorsque Clary va affronter Jace et le trouve dans les bras d’une autre fille. Clary et Jace étaient autrefois amants avant d’apprendre leur lien biologique et les sentiments continuent de les confondre tous les deux. Cette situation ne contribue guère à la confusion.
Jace est en colère contre Clary pour être venue voir Idris et la renvoie rapidement. Clary, cependant, est déterminée à faire ce pour quoi elle est venue. Pour cette raison, lorsque Sebastian lui propose de l’emmener à Ragnor Fell, elle accepte. Cependant, la visite s’avère infructueuse lorsque Clary découvre que Ragnor Fell a été tué par Valentine quelques heures avant son arrivée. Cependant, un autre magicien, Magnus Bane, parle à Clary d’un livre qui, selon lui, contient le sort nécessaire pour réveiller sa mère. Malheureusement, ce livre est caché dans l’ancienne maison de son père qui s’appelle Valentine.
Clary est à nouveau confrontée à Jace. Clary parle du livre à Jace et ensemble ils vont le récupérer. Là-bas, ils tombent sur un ange que Valentine a gardé prisonnier dans la maison. L’ange montre quelques images à Clary avant de lui montrer comment elle peut le libérer. L’ange se tue lorsque Clary le libère.
Clary et Jace retournent à Idris et le trouvent en flammes. Un groupe de démons sous le commandement de Valentine a trouvé un chemin vers la ville et attaque. Beaucoup meurent lors de l’attaque, y compris l’ancien tuteur de Lightwood. Ensuite, Luke suggère une alliance avec les Downworlders, les vampires, les fées et les loups-garous, pour aider à vaincre Valentine. Il y a une résistance à cette idée jusqu’à ce que Clary dise à tout le monde qu’elle connaît une rune qui combinera des paires de Downworlders et de Shadowhunters pour les aider à combattre ensemble.
Alors que la ville se prépare au combat, Jace part à la recherche de Valentine. Lorsqu’il retrouve Valentine, Jace est confronté à Sebastian. Sebastian dit à Jace que Jace n’est pas le fils biologique de Valentine. Il est le fils d’un autre Chasseur d’Ombres que Valentine a secrètement nourri avec un élixir à base de sang d’ange. Sebastian est en fait le fils biologique de Valentine, un enfant à qui on a donné du sang de démon avant sa naissance. Sebastian et Jace se battent. Jace tue finalement Sebastian.
Au moment même où Jace se bat pour sa vie, Clary réalise ce que Valentine envisage de faire. Elle ouvre un portail vers le lac Lyn. Valentine est là, utilisant les instruments mortels pour invoquer l’ange Raziel, le père des Chasseurs d’Ombres. Jace arrive avant que Valentine puisse terminer le rituel. Ils se battent et Valentine tue Jace. Alors que Valentine poursuit le rituel, Clary modifie l’une des runes. Raziel arrive et se dispute avec Valentine. Puis Raziel annonce que le nom de Clary est celui qui l’a invoqué. Il n’exaucera qu’un souhait de sa part. Raziel tue alors Valentine et ressuscite Jace à la demande de Clary.
Il y a une célébration à Idris après la mort de Valentin et la victoire de la bataille. Les représentants des Créatures Obscures sont choisis pour siéger au conseil de l’Enclave. Jocelyn et Luke s’engagent enfin l’un envers l’autre, et Clary et Jace s’engagent eux-mêmes l’un envers l’autre, maintenant qu’ils savent qu’ils ne sont plus frère et sœur.