Le matériel recueilli par l’écrivain Everett, le narrateur de City of God, est un examen de la relation entre les êtres humains et Dieu, entre les êtres humains et le monde qui les entoure, entre les êtres humains les uns envers les autres, et entre les êtres humains et leur propre identité. . Everett commence à rassembler son matériel car il élabore une biographie de la vie de Thomas Pemberton, un prêtre anglican en crise de foi. Everett interviewe Pemberton sur sa vie, ses expériences en tant que prêtre et ses points de vue en évolution sur la religion et le christianisme. À la lumière des horreurs de l’histoire de l’humanité, Pemberton se retrouve incapable de croire plus longtemps aux histoires de la Bible. Il est incapable de croire en un Dieu qui est impliqué dans la vie de sa création et pourtant permet encore la famine, la maladie, la mort ou les horreurs de la guerre. Alors qu’il remet en question sa propre foi, il entre en contact avec un rabbin nommé Joshua Gruen et sa femme Sarah, également rabbin, qui dirigent la synagogue du judaïsme évolutionnaire. Everett rencontre ensuite le couple et commence à écrire l’histoire du père de Sarah et ses expériences pendant la Seconde Guerre mondiale. Le père de Sarah, M. Blumenthal, a été détenu dans un ghetto juif pendant une grande partie de la guerre et Everett envisage d’écrire une histoire de fiction basée sur ses expériences. À travers son contact avec les Gruen, Pemberton entame également un voyage à la recherche des histoires de l’Holocauste menant à un examen de son propre système de croyances à travers le prisme du judaïsme progressif. Finalement, Pemberton parvient à une réponse à ses questions et découvre le Dieu de l’Univers.
Dans le roman, le concept d’identité humaine est examiné à travers le cadre des horreurs de la guerre, de la progression historique et des pouvoirs transformateurs des médias. À travers les histoires d’Everett sur l’enfance de M. Blumenthal dans le ghetto juif, il est révélé que l’identité humaine est presque indestructible. Il peut être transformé, altéré et endommagé, mais il ne peut jamais être entièrement supprimé. M. Blumenthal perd ses parents, adopte une nouvelle identité, est adopté par une nouvelle famille et finalement entassé dans un wagon comme un animal. À travers tout cela, il conserve ses souvenirs de sa vie avant la guerre, de ses parents et des gens qui sont tués autour de lui. Il conserve ses souvenirs et il conserve un espoir pour l’avenir et pour un monde au-delà de la torture, de l’humiliation et de la mort de son peuple aux mains des nazis. Il est capable de survivre parce qu’il se souvient de qui il est. Il se souvient qu’il a été façonné par les personnes et les circonstances de son passé et de son présent, mais il sait qu’au-delà de l’influence du passé et du présent, il y a un élément essentiel de son identité, au plus profond de son âme, qui ne peut être touché par toute force extérieure. L’identité humaine est façonnée par les circonstances du passé, du présent et du futur. Les gens peuvent être transformés par les événements de leur vie et même par les livres qu’ils lisent, les chansons qu’ils entendent ou les films qu’ils regardent. Mais au plus profond de chaque individu se trouve une partie essentielle de l’âme connectée à l’immensité de l’univers. C’est cette partie essentielle de l’âme qui détient et maintient l’identité individuelle et crée une communauté entre tous les êtres humains.
En fin de compte, Pemberton arrive à la conclusion à la fin du roman que la race humaine doit être refaite et pour ce faire, Dieu doit être refait. Il conclut que Dieu est un être, une essence ou une force qui existe dans les vastes étendues de l’univers au sein des vérités mathématiques de l’univers. Dieu est dans le monde simple et élémentaire de la nature et peut être trouvé au plus profond de l’âme de chaque être humain. Dieu existe dans le sens moral des êtres humains qui habite en leur cœur et forme l’essence de leur identité. Ce sens moral est la partie de chaque être humain qui est encore liée au début des temps, qui fait toujours partie du monde naturel, et qui n’est pas touchée par les complications de l’histoire humaine et les cruautés de la guerre. Avec une vision cyclique de l’histoire et de la naissance humaines, Pemberton conclut que si les êtres humains peuvent reconnaître dans leur sens moral le Dieu de l’univers, s’ils peuvent reconnaître leur connexion les uns aux autres dans une fraternité universelle, alors peut-être qu’il peut y avoir une révolution dans le se battre pour la vie.