Lyra, une jeune fille qui vit en Jordanie, une université fictive d’Oxford par ailleurs pleine d’universitaires masculins adultes, est mise au défi lorsqu’elle est poussée dans une mystérieuse quête d’une substance appelée « poussière ». Elle l’apprend pour la première fois lorsqu’elle et son démon, une incarnation externe de l’âme d’une personne, écoutent une rencontre entre les érudits et un célèbre explorateur. Lord Asriel, qu’elle connaît parce qu’il a déjà visité le collège et s’est intéressé occasionnellement à son développement, doit être sauvé du maître du collège. Lyra voit le Maître essayer d’empoisonner Lord Asriel, l’avertit et est alors mise dans sa confidence.
Cependant, ses commentaires piquent sa curiosité sur de nombreuses choses telles que l’église et sa propre histoire, qu’elle a jusqu’ici tenue pour acquise. Lorsque d’autres enfants commencent à disparaître dans les griffes du mystérieux Conseil d’Oblation, elle devient encore plus curieuse. L’un des enfants kidnappés est son ami Roger, ce qui la pousse à l’action. Puis elle découvre que Lord Asriel est son père et qu’il est retenu prisonnier dans le Nord. Elle se lance dans leur sauvetage, voyageant avec un groupe de gitans des rivières appelés «gyptiens» qui recherchent leurs enfants perdus. Elle se lie d’amitié avec un ours, des sorcières et d’autres personnages improbables, sauve de nombreux enfants volés, mais ne réussit pas à sauver son ami avant qu’il ne soit tué. L’histoire se termine lorsqu’elle voit Lord Asriel partir dans un monde parallèle à travers un trou qu’il a créé en « coupant » son jeune ami.
Elle court après lui mais c’est là que s’achève cet épisode de l’histoire, pour être repris dans The Subtle Knife et conclu dans The Amber Spyglass.