« Library of Souls » est un roman fantastique pour jeunes adultes de Ransom Riggs, et est le troisième volet de sa trilogie « Miss Peregrine’s Peculiar Children ». Lorsque le roman commence, Jacob, Emma et Addison combattent les Hollows et les Wights qui ont attaqué la cachette secrète de Miss Wren où des dizaines d’enfants étranges se sont réfugiés. Les Hollows et les Wights, sous le commandement du maléfique Caul, ont kidnappé les enfants particuliers et de nombreux ymbrynes, protecteurs, gardiens et guides du monde particulier. Parmi eux se trouve Miss Peregrine. Jacob, Emma et Addison aspirent à les récupérer. La croix dans le Londres actuel pour chasser les forces de Caul. Sous les quais de Londres, ils rencontrent Sharon, un batelier qui accepte de les emmener dans Peculiar London.
In Peculiar London est une zone idéale pour les criminels de la pire espèce, appelée Devil’s Acre. Là, Jacob, Emma et Addison essaient de comprendre comment pénétrer dans la forteresse de Caul. Addison tente de se faufiler, mais est capturé. Jacob et Emma rencontrent ensuite Myron Bentham, un explorateur et inventeur intelligent qui connaissait le père de Jacob. Bentham révèle de nombreuses choses surprenantes à Jacob et Emma. Parmi ceux-ci, il y a que lui, Caul et Miss Peregrine sont frères et sœurs. Bentham explique également que c’est de sa faute si Hollowgasts et Wights existent.
Cherchant le pouvoir en se nourrissant des âmes d’enfants particuliers, Caul a cherché à trouver la légendaire Bibliothèque des âmes, où les âmes des particuliers sont conservées et stockées après la mort. Ils donnent au consommateur un pouvoir immense. Le but de Caul a toujours été de trouver la bibliothèque et de l’utiliser pour conquérir le monde. Bentham a ensuite cherché à tuer Caul et tous ses partisans en fermant la boucle temporelle qu’ils parcourent, mais n’y parvient que partiellement. À leur place viennent Hollowgasts, des versions essentiellement cadavériques d’eux-mêmes sans âme. Lorsqu’un Hollowgast a consommé suffisamment d’âmes particulières, il est presque restauré à son ancien état humain et devient un Revenant.
Cependant, seul un bibliothécaire peut réellement voir les bocaux d’âmes dans la bibliothèque des âmes. Le grand-père de Jacob était l’un de ces hommes. Bentham explique que lui et le grand-père de Jacob expérimentaient la fracture de l’âme de son grand-père pour voir si ce pouvoir particulier pouvait être donné à d’autres plutôt que de simplement naître avec. En conséquence, le grand-père de Jacob a perdu tous ses pouvoirs particuliers et a quitté le monde particulier. Il a ensuite été traqué et tué par un Hollowgast. Jacob a maintenant le même pouvoir de bibliothécaire, c’est pourquoi Caul cherche à le capturer. Emma ne fait pas confiance à Bentham, pensant qu’il a pris les pouvoirs du grand-père de Jacob plutôt que son grand-père les a abandonnés volontairement.
Néanmoins, Jacob et Emma comptent sur Bentham pour utiliser sa maison – un point central pour les boucles – pour les faire entrer dans la forteresse de Caul à Devil’s Acre. Une fois sur place, Caul tend un piège à Jacob et Emma pour les capturer avec l’aide de Bentham. Jacob, Emma, Miss Peregrine, Caul, Bentham et une poignée de Wights s’aventurent ensuite dans une boucle jusqu’à la Library of Souls. Ils tombent sur une salle du trône avec une fontaine et un bassin pour la consommation des âmes. Caul commence le processus en se transformant en une bête hideuse et gigantesque. Bentham, qui a soif de pouvoir mais pas le mal, se sacrifie en donnant à Miss Peregrine le sortilège pour fermer la boucle comme Bentham l’a fait une fois auparavant. Il se transforme alors en un monstre hideux en consommant des âmes et en attaquant Caul. Mlle Peregrine et ses camarades ymbrynes ont réussi à fermer la boucle, mettant fin au règne de terreur de Caul.