Kokoro est l’histoire d’un jeune homme cherchant à combler un vide dans sa vie. C’est l’histoire de nombreuses personnes qui aspirent à apaiser la solitude, et l’histoire de deux hommes qui tentent d’apaiser la solitude par l’amour mais ne trouvent la paix que dans la mort. Soseki se lie d’amitié avec un homme plus âgé qu’il appelle « Sensei » dans l’espoir d’apprendre la vie. Ce que Soseki apprend, c’est que Sensei est un homme troublé et reclus qui ne fait pas suffisamment confiance à lui-même ou à l’humanité pour interagir avec le monde. Bien que Soseki et Sensei développent une amitié étroite, la vie de Sensei reste un mystère. Ce n’est que lorsque Sensei décide de mettre fin à ses jours qu’il décide qu’il est temps de transmettre son testament. Kokoro est un conte qui va au cœur de la solitude, de la peur et de la culpabilité qui accompagnent l’amour, l’individualité et la trahison.
Soseki est un jeune homme ennuyé par la vie lorsqu’il se lie d’amitié avec Sensei. Sensei pense que Soseki l’a recherché parce qu’il est seul, mais lui-même indigne de la société et incapable d’aider le jeune homme. Souvent, Soseki est confus et déçu par les paroles de Sensei et pense que la perception que l’homme plus âgé a de lui est incorrecte. Soseki en apprend plus sur Sensei grâce à sa femme, Shizu, et ses connaissances et ses sentiments pour elle grandissent également. Shizu explique à Soseki que la mort non naturelle d’un ami a coïncidé avec la lente descente que Sensei a prise dans l’isolement. Shizu aime son mari, mais Sensei cache ce qui le tourmente et a passé leur vie conjugale juste hors de sa portée émotionnelle. Soseki sent également que Sensei a érigé un mur entre eux et confronte un jour Sensei avec ses soupçons. Sensei n’est pas sûr de pouvoir faire confiance à Soseki, mais le jeune homme lui assure qu’il est un véritable ami. Sensei acquiesce en disant qu’il racontera l’histoire de sa vie le moment venu.
Lorsque Soseki est à la maison avec ses parents, il est d’abord heureux d’être avec eux. Bientôt cependant, il s’ennuie du pays et se retrouve continuellement à comparer défavorablement son père à Sensei. Lorsque Soseki arrive à la maison après l’obtention de son diplôme et trouve son père travaillant activement dans le jardin, il est hanté par les mises en garde de Sensei et Shizu et est rempli d’inquiétude. Peu de temps après que l’empereur Meiji soit tombé malade, la maladie du père de Soseki s’aggrave. Lorsqu’il commence à souffrir d’évanouissements et de nausées, Soseki se souvient de la mère de Shizu et pense que la mort de son père n’est pas loin. Soseki s’occupe de son père lorsque son frère lui remet une lettre de Sensei. Distrait par l’inquiétude, Soseki ne regarde que la lettre jusqu’à ce qu’il atteigne la fin et réalise que Sensei a décidé de se suicider. Soseki cherche des réponses dans les pages mais ne trouve rien qui le satisfasse. Frénétique, Soseki se faufile hors de la maison et se précipite vers la gare en priant pour que son père soit en vie à son retour de Tokyo et que Sensei soit en vie lorsqu’il y arrivera. Une fois que Soseki monte dans le train, il rouvre la lettre de Sensei.
Sensei a presque vingt ans lorsqu’il perd ses deux parents à cause de la typhoïde. La jeune vie de Sensei est rendue plus difficile lorsqu’il apprend que son oncle, qui a été laissé en charge de ses finances, a secrètement utilisé l’argent pour faire avancer son entreprise. Sensei est blessé par la trahison et en colère contre lui-même pour avoir fait confiance à son oncle. Jurant de ne plus jamais revoir son oncle, Sensei vend tout ce qu’il lui reste, y compris sa maison familiale, et retourne à Tokyo. Sensei quitte la pension des étudiants et trouve une chambre à louer dans la maison de la veuve d’un soldat et de sa fille. Bien qu’il devienne de plus en plus misanthrope et méfiant, Sensei ne peut s’empêcher d’être affecté par la nature confiante de la veuve. Sensei tombe aussi rapidement amoureux de la fille de la veuve, Ojosan. Alors que les émotions incontrôlées de Sensei le dépassent, il est pris entre se méfier de la mère et de la fille d’être après son argent et ressentir de l’amour et du respect pour elles. Sensei leur révèle enfin son passé, mais ne se sent pas assez confiant pour révéler ses sentiments pour Ojosan.
Sensei, par inquiétude, invite son ami K à vivre avec lui. Croyant aux idées de K de torturer son corps pour la glorification de son âme à la limite de la folie, Sensei tente « d’humaniser » son ami. Cependant, craignant qu’un désaccord sévère ne conduise K à un isolement supplémentaire, Sensei quitte l’environnement et la nature des femmes pour influencer K. Lorsque Sensei commence à soupçonner que K et Ojosan ont des sentiments l’un pour l’autre, il est submergé par la jalousie et son opinion et le traitement de K change lentement. Lorsque K divulgue enfin ses sentiments pour Ojosan, Sensei oublie de traiter son ami avec douceur et le traite plutôt comme un ennemi au combat. Sensei réprimande K pour ses sentiments et l’accuse de trahir sa religion. Bien que K soit d’accord et dit qu’il souhaite oublier ses sentiments pour Ojosan, Sensei ne lui fait pas confiance. Un matin, Sensei reste à la maison après l’école pour demander en privé à Okusan la main de sa fille en mariage. Okusan accepte, soulageant Sensei, mais il ne peut pas se résoudre à dire à K ce qui s’est passé. Lorsque K se tue peu après avoir appris leurs fiançailles avec Okusan, Sensei est submergé par le chagrin, la culpabilité et la honte. Bien que non exprimé dans la lettre de suicide de K, Sensei pense que la mort de K résulte en partie de ses fiançailles trompeuses avec Ojosan.
Sensei et Ojosan vivent ensemble depuis de nombreuses années heureuses, mais quand chacun est seul avec Soseki, les deux admettent que Sensei a érigé une barrière qui les empêche de vivre un lien émotionnel profond. Sensei ne veut pas gâcher l’innocence de sa femme avec la laideur qu’est devenue sa relation avec K en raison de leur amour pour elle; par conséquent, il y a beaucoup de non-dits entre eux. La culpabilité de Sensei le dépasse souvent et il devient à son tour accro aux livres et à l’alcool. Ne trouvant ni l’un ni l’autre ne soulagera sa douleur pendant longtemps, Sensei finit par abandonner les deux, ne s’autorisant que de petites quantités d’alcool pour induire une bonne humeur.
Lorsque le premier empereur Meiji puis le général Nogi meurent, Sensei décide qu’il est temps de raconter l’histoire de sa vie à Soseki et demande la visite de Soseki. Lorsque Soseki est incapable de retourner à Tokyo en raison de la maladie de son père, Sensei s’engage à écrire son testament à son ami le plus proche et le plus fidèle. Sensei souhaite que l’histoire de sa vie soit un guide pour ceux qui souhaitent apprendre quelque chose sur la vie ; cependant, Sensei ne supporte toujours pas l’idée que l’innocence de sa femme soit compromise. Sa seule exigence pour Soseki est que son histoire ne soit pas rendue publique tant que sa femme n’est pas décédée. Avec sa dernière demande, Sensei dit à son jeune ami qu’il sera mort au moment où la lettre lui parviendra.