Nous sommes en 1997 et un jeune homme du nom de Johnny Truant est tombé sur un coffre plein de papiers (bribes de papiers). Le coffre appartenait à un vieil homme nommé Zampano. L’ami de Johnny, Lude vivait dans le même immeuble que Zampano. Jour après jour, Zampano a tenu son rituel quotidien de se promener dans le parc de l’appartement, de nourrir les oiseaux et de profiter d’une vie paisible et tranquille. Lude et les autres occupants de l’immeuble ont remarqué que Zampano était très ponctuel pour ses promenades et pour nourrir les oiseaux.
Johnny reçoit un appel de Lude un jour et dit que le vieil homme n’a pas été vu depuis des jours. Il est inhabituel que le vieil homme disparaisse comme il l’a fait. Johnny, par curiosité morbide, monte dans sa voiture et rencontre Lude à l’appartement. Une fois arrivé, il remarque les voitures de police et l’ambulance qui entourent la propriété. Le vieil homme est mort seul dans son appartement et personne ne l’a vraiment remarqué jusqu’à ce que Lude mentionne qu’il n’était pas venu depuis quelques jours.
Lude et Johnny entrent dans l’appartement du vieil homme après le départ de la police et de l’ambulance et Johnny trouve de profondes rayures autour de l’endroit où se trouvait le corps du vieil homme. Ces marques étaient profondes et semblaient être des sortes de griffures d’animaux. Le vieil homme n’avait aucune égratignure sur son corps, ce que Lude et Johnny ont trouvé étrange étant donné que ces égratignures se trouvaient juste au-delà de l’endroit où son corps était mort.
Johnny voit le coffre et l’ouvre en remarquant tous les bouts de papier à l’intérieur. Il ramène la malle chez lui dans son appartement et décide de les lire. Les bouts de papier contenaient une histoire, que Johnny a lentement assemblée. L’histoire s’appelait en fait le Navidson Record à propos d’une famille qui a acheté une maison en Virginie et qui a fini par fuir une présence qui occupait les murs intérieurs de la maison.
Johnny assemble les morceaux de papier brouillon (l’histoire) jour après jour et au fil des jours, il devient de plus en plus obsédé par l’histoire. Bien que, tout au long de l’histoire, Johnny nous montre des bribes de sa vie avec une femme folle et des tas de drogues, des scènes de bar et des activités sexuelles, il revient toujours à son appartement et à l’histoire sordide du Navidson Record. Au fur et à mesure qu’il lit l’histoire, il s’intéresse moins au monde extérieur. Il arrête de manger, perd son emploi et se fait expulser de son appartement. Il commence également à halluciner à propos d’un monstre aux griffes acérées qui le traque. Il ne se contente pas de rêver de ce monstre, il le voit en plein jour et croit qu’il est réel. Lentement, il perd contact avec la réalité et ne s’aventurera même plus hors de son appartement, mais pour le thon et les livres de la bibliothèque.
Parallèlement à l’histoire de Johnny, il y a l’histoire de la famille Navidson. Les événements réels entourant le couple qui emménage dans la maison en Virginie, leurs deux enfants et l’intérieur de la maison qui semble changer au quotidien. Un couloir qui n’était pas là lorsque la famille a emménagé semble apparaître après quelques semaines. Will Navidson (le père) remarque plusieurs choses qui ne correspondent tout simplement pas (un couloir, une porte et des dimensions de la maison qui n’étaient plus comme avant). Les mesures intérieures de la maison sont plus grandes que les mesures extérieures. C’est tout simplement incompréhensible pour lui, son frère et ses amis ingénieurs.
Navidson, son frère Tom et trois recrues (Holloway, Jed et Wax) ont mis sur pied une unité d’exploration pour explorer le mystérieux couloir qui est soudainement apparu dans la maison. Le premier jour, les hommes sont dans le couloir environ une heure lorsqu’ils remarquent qu’il est plus grand qu’ils ne l’avaient prévu. Ils organisent une deuxième, troisième et quatrième exploration, mais lorsque la quatrième exploration dure plus de cinq jours, ils commencent à craindre le pire. Holloway perd la tête et commence à tirer sur Jed et Wax. Jed meurt, mais Wax survit. Navidson effectue une mission de sauvetage avec son frère Tom et un ami nommé Reston qui est en fauteuil roulant. Ils récupèrent Jed et Wax et capturent plus tard la caméra vidéo de Holloway et découvrent qu’il se suicide dans le vaste couloir.
Navidson et sa famille fuient la maison pour sauver leur vie en retournant à New York. Tom meurt pendant l’évasion. Navidson retourne plus tard en Virginie, laissant Karen et les enfants à New York. Lui et Reston continuent de rechercher la maison. Lorsque Reston pense que Navidson a fait suffisamment de recherches, il lui suggère de retourner dans sa famille à New York. Navidson part le lendemain matin pendant que Reston dort et retourne à la maison à la place. Il n’est plus revu pendant six mois.
Karen retourne finalement à la maison en Virginie pour trouver Navidson. Elle et Reston fouillent tous les coins de la maison et ne trouvent pas Navidson. Bien que sa voiture soit dans l’allée, il n’est nulle part. Karen reste des jours entiers et finalement un jour son équipement et ses vidéos apparaissent dans la chambre des enfants. Plus tard, Karen s’aventure dans la chambre noire et trouve Navidson. Bien qu’à peine vivant, il est hospitalisé et se rétablit. La famille déménage ensuite dans le Vermont où ils continuent leur vie ensemble en essayant d’oublier la maison. Johnny publie ensuite The House of Leaves sous le nom de Zampano.