Hollow City, de Ransom Riggs, suit Jacob Portman, un particulier dont le talent lui permet de sentir les hollowgasts, les monstres qui chassent les enfants particuliers. Avec ce pouvoir, Jacob et un groupe de particuliers voyagent du Pays de Galles à Londres à travers l’Angleterre déchirée par la guerre à la recherche d’un remède pour leur ymbryne qui est piégée sous la forme d’un faucon. Bien que Jacob ait grandi dans la Floride moderne, à travers le temps manipulant le pouvoir des protecteurs des enfants particuliers, il se retrouve en 1940 en Angleterre au plus fort de l’agression allemande. Malgré leurs efforts, les wights et les hollowgasts capturent tous les enfants particuliers sauf Jacob et Emma, la fille dont Jacob tombe amoureux.
Le livre, en tant que deuxième de la série, reprend juste après que les wights aient saccagé la boucle temporelle de Miss Peregrine. Les monstres ont capturé le gardien des enfants ymbryne, mais les enfants ont sauvé Miss Peregrine des wights. Le livre commence avec les enfants pagayant dans la mer entre le Pays de Galles et l’Angleterre tandis que les wights les poursuivent dans des sous-marins. Bien qu’ils aient pu sauver Miss Peregrine, elle reste coincée sous la forme d’un faucon pèlerin. Une fois que les enfants ont atterri en Angleterre, ils s’enfuient à travers la campagne avec les wights à leur poursuite jusqu’à ce qu’ils tombent sur une boucle temporelle intacte et non corrompue en suivant les indices des Tales of the Peculiar, un tome que les enfants apportent avec eux.
Même si l’ymbryne de la boucle temporelle, Miss Wren, cherchait ses sœurs à Londres, des animaux particuliers les accueillent et dirigent les enfants vers Londres où les animaux soupçonnent que les wights tiennent les ymbrynes. Jacob, avec son pouvoir de sentir les creux, et les autres enfants parviennent à tuer un creux puis se dirigent vers Londres. Sur le chemin de la capitale, ils rencontrent une bande de gitans qui finissent par les abriter des fantômes car les particuliers et les gitans sont des étrangers. Lorsque les enfants quittent le camp pour monter à bord d’un train à destination de Londres, les wights les capturent avec les gitans qui les ont accueillis la nuit précédente. M. White, le wight en charge, torture les gitans devant les enfants jusqu’à ce que Hugh, l’abeille contrôlant le particulier, déchaîne un essaim sur les wights qui les tue tous les 6. Comme seul un autre ymbryne peut soulager l’état de Miss Peregrine, ils se précipitent vers Londres en train.
La capitale bombardée offre encore plus de dangers que la campagne. En consultant à nouveau les Contes, les enfants lisent un passage intitulé les Pigeons de Saint-Paul qui décrit les animaux particuliers qui résident dans la célèbre cathédrale. Sachant que Miss Wren a une affinité pour les animaux particuliers, ils trouvent les pigeons dans une boucle temporelle en ruine sous la cathédrale. Dans cette même boucle temporelle, ils trouvent des enfants particuliers qui se cachent de deux creux qui chassent ensuite tout le groupe dans le Londres de 1940. Après s’être cachés dans une maison au hasard pendant que les Allemands bombardent la ville, les enfants fuient la maison lorsque les wights les trouvent juste au moment où une mine frappe le bâtiment et détruit les deux creux. À la suite d’un pigeon particulier avec lequel Melina, une télékinésie de la boucle temporelle en ruine, s’est liée d’amitié, le groupe descend dans le métro où ils trouvent une boucle temporelle qui mène les enfants à un cirque. Alors qu’ils se promènent dans le cirque, un garçon étrange les dirige vers un bâtiment gelé par la glace malgré le temps chaud. À l’extérieur de ce bâtiment, ils trouvent Miss Wren qui les conduit à l’intérieur du siège particulier de l’édifice gelé qui empêche les wights d’entrer. Lors de la guérison de Miss Peregrine aux mains de Miss Wren, Millard, un érudit invisible, découvre que les wights extraient des âmes particulières puis les consomment afin de traverser des boucles temporelles.
Fort de cette connaissance, le groupe se rassemble autour de Miss Peregrine et Miss Wren pour les derniers instants de la transformation de Miss Peregrine. Au lieu de leur aimable gardien, Caul Peregrine, le frère wight de Miss Peregrine, émerge de la forme de faucon. Les enfants se rendent compte qu’ils ont pris le mauvais faucon du sous-marin. Caul et ses compagnons kidnappent les particuliers puis les emmènent dans une boucle temporelle d’une station de métro dans le présent. Ici, les particuliers résistent à leurs ravisseurs et, dans la confusion, Jacob et Emma ne s’échappent que pour se faire attaquer par un creux. Jacob qui parle à son père au téléphone, lâche son portable puis parle au hollow dans la langue du monstre. La bête se soumet au nouveau pouvoir particulier de Jacob et le roman se termine.