C’est un autre été loin de Poudlard et Harry Potter est de retour chez ses affreux oncle Vernon et tante Pétunia, et son cousin Dudley. De manière inattendue, Harry et Dudley sont attaqués par de terribles êtres démoniaques appelés « Détraqueurs », et quand Harry utilise la magie pour se défendre et Dudley, il est placé sous un examen minutieux par le ministère de la Magie et presque expulsé de Poudlard pour avoir utilisé la magie devant moldus dans leur monde alors qu’il est encore mineur.
Harry est emmené au 12 Grimmauld Place à Londres, qui est à la fois le siège de l’Ordre du Phénix, ainsi que la maison ancestrale de Sirius Black. L’Ordre est un groupe de sorciers dirigé par Albus Dumbledore, et sa mission est de combattre et de se dresser contre Lord Voldemort et ses partisans maléfiques. Parce que le chef du ministère de la Magie, Cornelius Fudge, est corrompu et refuse de croire que Voldemort est revenu, l’Ordre doit tout faire en secret et n’est pas sanctionné par le ministère.
Harry est condamné à subir son procès en raison de son utilisation de la magie en dehors de l’école. Il est justifié avec l’aide de Dumbledore et retourne à Poudlard pour une autre année avec ses meilleurs amis, Hermione et Ron. A Poudlard, cependant, les choses ont changé. Dolores Ombrage, qui est membre du ministère de la Magie et qui a voté contre Harry lors de son procès, devrait être la nouvelle enseignante de Défense contre les forces du mal. Il y a beaucoup de conflits internes à Poudlard, et les journaux continuent de diffamer Harry et ses actions en imprimant de fausses histoires à son sujet. Pire encore, Harry est maintenant dans sa cinquième année à Poudlard et devra passer les OWLs, qui signifient des examens de « Ordinary Wizarding Level », ce qui lui cause beaucoup de stress.
Dolores Umbridge n’enseigne aucun sort à ses élèves et ils n’apprennent rien de nouveau sur la façon de se défendre. Pendant ce temps, elle est nommée « Grande Inquisitrice » de Poudlard par Cornelius Fudge, apparemment pour évaluer les professeurs et les étudiants. En signe de protestation, Harry, Ron et Hermione décident de former leur propre groupe pour se défendre contre la magie noire. Ils se font appeler «l’armée de Dumbledore» et parviennent à convaincre vingt-cinq autres étudiants de les rejoindre également.
Harry veut faire passer le mot à Sirius Black sur ce qui se passe à Poudlard, mais il est incapable de le faire car Ombrage examine tous les courriers sortants et entrants de Hibou ainsi que d’autres méthodes utilisées pour le contact. Ombrage bannit alors Harry de l’équipe de Quidditch. Fred et George, les frères de Ron, quittent Poudlard en signe de protestation et ouvrent un magasin de blagues à Londres.
Harry fait des cauchemars récurrents où il marche dans un couloir du ministère de la Magie. Il voit de nombreux orbes sphériques en verre, mais se réveille toujours avant de pouvoir déterminer ce qu’ils sont ou ce qu’ils essaient de lui montrer. Une autre nuit, il rêve qu’il est un gros serpent et attaque le père de Ron.
Le professeur McGonagall sait que quelque chose ne va pas, et elle l’amène voir Dumbledore, qui donne l’alerte pour sauver le père de Ron du mal de Voldemort. Dumbledore se tourne alors vers Snape pour enseigner à Harry l’Occlumancie, ce qui l’aidera à défendre son esprit contre les attaques de Lord Voldemort. Malheureusement, Harry ne réussit pas très bien en Occlumencie car il est incapable de vider son esprit de tout et ne peut pas le fermer des influences périphériques. Son lien avec Voldemort est démontré à chaque fois que sa cicatrice brûle lorsque Voldemort ressent une émotion extrême.
L’armée de Dumbledore tient des réunions régulières et leurs compétences s’améliorent rapidement. Cependant, Ombrage les attrape un jour et Dumbledore est contraint de démissionner lorsqu’il assume la responsabilité de tout ce que le groupe a fait. Ombrage est alors nommé directeur. À ce stade, les examens OWL des étudiants commencent.
Harry a une nouvelle vision de son parrain Sirius torturé et emprisonné par Voldemort au Département des Mystères du Ministère de la Magie. Il ne tient pas compte des avertissements d’Hermione selon lesquels c’est un piège, car il est trop inquiet pour Sirius. Après s’être faufilé dans le bureau d’Ombrage, Harry est ensuite transporté au 12, place Grimmaurd, mais Kreacher, l’elfe de maison de Black, informe Harry que Sirius est détenu au ministère. Quand Harry retourne à Poudlard, il découvre que ses amis et lui sont pris dans le bureau d’Ombrage. Hermione et Harry incitent Ombrage à les suivre dans les bois en disant qu’ils ont caché une grande arme de Dumbledore. Une fois là-bas, les centaures chassent Ombrage. Harry et ses amis montent maintenant sur des chevaux ailés (sombrals) et s’envolent vers le ministère.
Au ministère, Harry est incapable de localiser Sirius, et il est forcé d’admettre qu’Hermione avait peut-être raison. Il voit un orbe de verre avec son nom et celui de Voldemort dessus, et quand il l’attrape, il est entouré de mangemorts qui veulent qu’il le lui remette. L’équipe de Poudlard a un succès limité dans la lutte contre les mangemorts, mais est généralement dépassée. Heureusement, des membres de l’Ordre du Phénix arrivent pour les aider. Dans ce combat, l’orbe est brisé et Sirius Black est tué par Bellatrix Lestrange, sa propre cousine.
Dumbledore arrive et soumet les mangemorts, mais Voldemort et Lestrange parviennent à s’échapper alors que Cornelius Fudge apparaît. Lorsqu’il renvoie Harry à Poudlard, Dumbledore dit à Harry que l’orbe sphérique était essentiellement une prophétie et que Voldemort ignore un pouvoir que possède Harry, qui est celui de l’amour. La prophétie déclare qu’il y a deux résultats possibles : Voldemort détruit Harry, ou Harry détruit Voldemort. Dumbledore révèle alors à Harry pourquoi il doit retourner chaque été chez son oncle et sa tante. Sa mère l’avait sauvé avec amour, et seul le sang est capable de sceller ce pacte. La sœur de sa mère, tante Pétunia, a accueilli Harry et a maintenu le pacte en vie, et tant que Harry resterait avec eux, il serait en sécurité. À la fin du texte, Harry retourne chez les Dursley pour l’été.