Guantanamo Boy est un récit fictif d’un jeune homme de quinze ans nommé Khalid qui vit avec sa famille à Manchester, en Angleterre. Ses intérêts incluent passer du temps avec ses amis, jouer au football et jouer à une myriade de jeux en ligne avec son cousin Tariq et d’autres. Ses parents ne sont pas des musulmans rigides, mais le respect et la discipline sont attendus. C’est juste avant les vacances de Pâques que Khalid apprend la mort de ses grands-mères et l’intention de ses parents d’emmener leur famille rendre visite à des parents au Pakistan pendant les vacances à venir.
Quelques jours après leur arrivée, son père disparaît et Khalid, terrifié à l’idée qu’un malheur lui soit arrivé, part à sa recherche. Bien qu’il échoue, Khalid est mis par inadvertance sur une voie qui mènera à son propre enlèvement du domicile de sa tante. Pendant que le reste de la famille dort, il est emmené par des hommes masqués qui portent des armes à feu. Les hommes lui ont lié les mains et les pieds et lui ont scotché la bouche avant de le traîner dehors et de le jeter dans un véhicule. Il est conduit dans un lieu inconnu où son cauchemar est sans fin.
Au cours des deux années suivantes, ne sachant pas si son père est vivant ou mort, Khalid est soumis à un genre de torture auquel de nombreux hommes adultes ne pourraient pas survivre. Il est emmené dans différentes installations de détention où il est harcelé et maltraité sans relâche jusqu’à ce qu’il signe enfin une confession imprimée pour empêcher ses ravisseurs de l’embarquer plus loin. Cette fausse confession est utilisée comme une raison pour l’envoyer à Guantanamo Bay où il restera jusqu’à peu après son dix-septième anniversaire.
Avant son enlèvement, Khalid était un jeune homme dont les principaux centres d’intérêt étaient le football, les jeux vidéo et les sorties avec ses copains. Il est stupéfait de découvrir qu’un jeu inventé par son cousin Tariq appelé Bomber One est en grande partie responsable de son incarcération. Rempli de haine, il jure de se venger. Le temps passe et ses ravisseurs continuent de le torturer en utilisant des méthodes aléatoires. Ils essaient de lui faire confirmer ses aveux originaux ou de donner des détails sur ses plans pour bombarder certaines cibles. Il passe des périodes sans nourriture et sans eau, alternant froid et chaleur, et toutes formes de traitements déshumanisants destinés à le contraindre à révéler ses complices. Il souffre d’un déclin émotionnel et mental progressif. Il commence à voir des choses qui n’existent pas et passe de plus en plus de temps à vivre dans son esprit et ses souvenirs. Il compte le temps entre toutes les routines telles que les trajets du coiffeur aux douches jusqu’aux repas. Lorsqu’un avocat se présente enfin et se présente, Khalid a du mal à croire que cela se passe réellement. À partir de ce moment, son traitement par les gardes change. Les conditions de son incarcération changent et commencent à s’améliorer de façon modeste mais significative. Au moment où Khalid est réellement libéré, il a dix-sept ans et est émotionnellement fragile. Sa réintégration dans la vie familiale et familiale est difficile, et sa vision de la vie et des personnes qui l’entourent a radicalement changé.