Franny et Zooey suit les esprits conflictuels et troublés des plus jeunes membres de la famille Glass, une sœur et un frère avec une éducation et un intellect avancés. Au lieu de les aider à traverser la vie, cependant, la compréhension élevée des choses des frères et sœurs conduit à des problèmes avec des personnes qui ne sont pas au même niveau intellectuel, c’est-à-dire presque tout le monde. Les opinions négatives de Franny sur pratiquement tout conduisent à une dépression nerveuse à l’université. Zooey est un acteur à succès qui lutte contre son propre penchant pour ne pas aimer les gens. Malgré leurs problèmes communs, c’est à Zooey d’aider sa sœur à traverser sa crise. Après une longue conversation décousue, parfois mesquine avec sa sœur, il dit enfin ce qu’il faut. Il dit à sa sœur de ne pas s’inquiéter des défauts des autres et de ne pas laisser les autres la rabaisser ou se mettre en travers de son chemin. Si rien d’autre, soutient-il, elle devrait essayer de faire de son mieux pour Dieu. Heureuse et satisfaite, Franny termine le roman en s’endormant le sourire aux lèvres.
Franny et Zooey sont jeunes, séduisants et intelligents. Ils viennent d’une famille prospère. Cependant, rien de tout cela ne les empêche de développer une vision aigre et cynique du monde qui menace leur stabilité mentale. Franny, de son vrai nom Frances, et Zooey, de son vrai nom Zachary, ont respectivement 20 et 25 ans. Ils sont les plus jeunes membres des sept enfants de la famille Glass. Tous les sept sont apparus dans une émission de radio de longue durée, « It’s a Wise Child », qui mettait en vedette les enfants prodigieusement intelligents. Au lieu de trouver des récompenses pour leur intellect naturel, les membres les plus âgés et les plus jeunes de la famille semblent en souffrir.
A l’époque du roman, l’aîné, Seymour, s’est suicidé ; le deuxième plus vieux Buddy, est un écrivain vivant seul dans le nord de l’État de New York ; l’un des jumeaux Walt, mort dans un accident pendant la guerre ; et l’autre fils est un prêtre catholique. Boo Boo, l’autre fille, est mère de trois enfants.
Franny est une étudiante de 20 ans à Yale qui rend visite à son petit ami, Lane, à Harvard pour le match de football annuel Harvard-Yale. Presque immédiatement, elle commence à déconstruire et à déposer presque tout et tous ceux qu’il mentionne. Plus elle critique, cependant, plus elle transpire. La seule fois où elle semble positive à propos de quoi que ce soit, c’est lorsqu’elle discute d’un livre religieux obscur, Le chemin du pèlerin. Le livre suit un paysan russe qui apprend à prier sans cesse, comme l’indique la Bible, en récitant la prière de Jésus : « Seigneur Jésus-Christ, aie pitié de moi ». Après plusieurs disputes avec Lane, Franny s’évanouit sur le chemin de la salle de bain. Elle se réveille et on la voit marmonner quelque chose encore et encore.
Cela mène à la section suivante du roman, intitulée Zooey, où le deuxième personnage principal, Buddy Glass et Bessie Glass sont introduits. La section s’ouvre sur une introduction de Buddy. Il fournit les antécédents familiaux et s’excuse à l’avance pour son habitude de divaguer. Il explique que l’histoire suivante est une histoire d’amour, telle que la lui racontent les trois personnages principaux.
L’histoire dans l’histoire commence avec Zooey lisant une lettre de Buddy âgée de quatre ans, alors qu’il était assis dans la baignoire. La longue lettre verbeuse donne des détails sur le suicide de Seymour et semble s’excuser pour les leçons qu’il a données à Zooey et Franny quand ils étaient enfants. Cela se termine avec Buddy soutenant la décision de Zooey de devenir acteur. En fait, comme l’explique Buddy dans l’introduction, Zooey est devenu un acteur de télévision à succès et très recherché. La mère de Zooey, Bessie, qui vient déposer du nouveau dentifrice, l’interrompt. Cela commence une série d’arguments éclairants et parfois mesquins et humoristiques entre les deux. Zooey dit grossièrement à sa mère de sortir et l’appelle grosse et stupide à différents moments. Dans l’un des moments les plus émouvants du roman, il s’en prend à ses frères pour avoir transformé sa sœur et lui en « monstres », qui ne peuvent pas s’identifier aux gens normaux en raison de leur éducation et de leur intellect avancés.
Plus tard, Zooey descend dans la tanière pour parler à Franny, qui est rentrée à la maison et a passé tout son temps allongée sur le canapé à pleurer. Il lui parle de son incapacité à être gentil avec les gens, critiquant constamment et trouvant à redire sur tout. Elle lui dit qu’elle a fait la même chose avec Lane. Elle admet plus tard qu’elle ne veut pas retourner à l’université, parce que tout le monde est plein d ‘«ego» ou est un «faux». La raison pour laquelle elle fait une dépression, dit-elle, c’est parce qu’elle est aussi pleine d’ego qu’eux et qu’elle commence à se détester. Au lieu de la consoler, Zooey s’en prend à elle. Il lui dit que la panne n’est pas une vraie panne, car elle est rentrée à la maison pour l’avoir. Il dit que la prière de Jésus, qu’elle a commencé à réciter encore et encore, n’est pas authentique, car elle ne croit pas vraiment que Jésus était une bonne personne. Il la laisse pleurer et face contre terre sur le canapé, dans un état apparemment pire qu’avant.
Zooey montre alors sa véritable inquiétude et sa culpabilité. Il entre dans la chambre de ses frères aînés, dans laquelle il n’a apparemment pas été depuis le suicide de Seymour. Après une heure de réflexion, il passe un faux coup de fil à Franny. Il se fait passer pour Buddy, mais elle comprend. Juste avant de raccrocher, il donne à sa sœur un dernier conseil, couronné de succès. Il lui dit de ne pas s’inquiéter des personnes qu’elle considère comme inférieures ou fausses, non pas parce qu’elle se trompe à leur sujet, mais parce que ce ne sont pas ses affaires. Il dit qu’elle devrait agir, ne serait-ce que pour Dieu.
Dans la conversation climatique du roman, Zooey lui parle d’un conseil que Seymour lui a donné. En tant que garçon, Zooey ne voulait pas apparaître dans l’émission de radio, car il pensait que toutes les personnes impliquées dans l’émission étaient des « crétins ». Seymour lui a dit de cirer ses chaussures et de faire de son mieux pour la « grosse dame ». La grosse dame, dit Zooey à Franny, est partout et tout le monde. C’est Jésus-Christ. En d’autres termes, faites de votre mieux pour Dieu. Ce conseil change enfin l’humeur de Zooey. Le roman se termine par son endormissement sur le lit de ses parents avec un sourire sur son visage.