Deep Six est un roman de Dirk Pitt écrit par Clive Cussler. Dirk Pitt enquête sur le Pilottown, un navire retrouvé sur l’île Augustine en Alaska avec un agent neurotoxique dans sa soute. Au cours de ce qui semble être une enquête de routine, un agent de l’EPA est tué. Pitt est indigné par cette mort inutile et devient déterminé à trouver la source de l’agent neurotoxique volé afin d’obtenir justice pour la mort de l’agent de l’EPA. Pitt est un bouledogue, déterminé même lorsque son patron a besoin de lui pour se concentrer sur d’autres enquêtes. Deep Six est un roman d’intrigue internationale, qui gardera les fans de Cussler, ainsi que les nouveaux lecteurs, sur le bord de leurs sièges.
Dirk Pitt explore une épave de la guerre civile lorsque l’agent de l’EPA Julie Mendoza le recrute pour l’aider à trouver une épave soupçonnée d’être à l’origine d’un agent neurotoxique faisant des ravages au large des côtes de l’Alaska. Pitt trouve rapidement le navire. Au cours de leur enquête, un tremblement de terre fait que Mendoza se blesse à la jambe, déchirant sa combinaison de telle manière qu’elle est exposée à l’agent neurotoxique et tuée. Bien qu’il ne la connaisse que depuis peu de temps, Pitt est outré par cette mort et déterminé à découvrir qui est responsable de l’agent neurotoxique volé et du bateau naufragé.
Pitt commence à suivre le Pilottown, le navire en Alaska, et apprend bientôt qu’il s’agissait autrefois d’un cargo du nom de Saint-Marin. Cette découverte devient publique et un détective privé de Californie l’apprend. L’enquêteur, Sal Casio, se rend à Washington, DC pour parler à Pitt du Saint-Marin. Il s’avère que lorsque le San Marino a disparu plus de vingt ans auparavant, la fille de Casio était à bord. Pitt accepte de travailler avec Casio pour traduire en justice les personnes qu’il croit responsables de la mort de sa fille.
Pitt commence rapidement à assembler les pièces du mystère de Pilottown, apprenant comment les navires sont souvent volés et réaménagés, ainsi que renommés, afin d’être utilisés dans des pratiques de navigation illégales. Au même moment, Pitt est retiré de l’enquête afin de retrouver le yacht présidentiel, l’Aigle, qui, selon les agents des services secrets, a été coulé quelque part dans le Potomac. Pitt retrouve rapidement le yacht, trouvant tous les membres d’équipage assassinés. Pitt n’est pas curieux au sujet de l’Aigle, mais soupçonne qu’une personne importante a été assassinée. En fait, il s’avère que le président des États-Unis, le vice-président et deux membres du Congrès ont été kidnappés.
Le président est détenu dans un laboratoire secret et subit des techniques de lavage de cerveau. Au cours de la procédure, un agent du KGB fait sortir les deux membres du Congrès du laboratoire. Ces hommes sont emmenés secrètement à bord d’un bateau de croisière russe. Ironiquement, la députée Loren Smith est passagère sur ce même bateau de croisière et assiste à l’arrivée de ses deux collègues. Smith commence à passer des appels téléphoniques, essayant de savoir ce qui se passe. Au cours de l’un de ces appels, Smith est coupé et placé en garde à vue. Lorsque Pitt apprend cela, il monte rapidement à bord du bateau de croisière et sauve Smith. Cependant, avant que Pitt, Smith et ses collègues ne puissent s’échapper du bateau, celui-ci est saboté et commence à couler. Pitt et Smith sont séparés pendant le chaos de l’abandon du navire et Smith est à nouveau kidnappé par Lee Tong, le cerveau derrière l’enlèvement du président.
Dans le même temps, le président est retourné à la Maison Blanche, affirmant avoir effectué un voyage secret pour rendre visite au président russe. Le président des États-Unis commence à faire des politiques douteuses et dissout le Congrès pour les empêcher d’interférer. Le Congrès commence à planifier la destitution du président tandis que ses proches réalisent ce qui s’est passé et planifient d’arrêter le contrôle russe sur lui. Le processus de destitution commence, ne donnant au gouvernement que peu de temps pour trouver le vice-président afin d’empêcher le président de la Chambre de devenir président.
Pitt poursuit Smith, découvrant qu’elle est très probablement à bord d’une barge au milieu du fleuve Mississippi. Lorsque Pitt trouve la barge, elle échappe presque à sa poursuite, mais Pitt parvient à monter à bord de la barge grâce à l’aide d’un bateau fluvial et d’une équipe de reconstitueurs de la guerre civile. Pitt sauve Smith et trouve également le vice-président, le sauvant également. Le vice-président est renvoyé à Washington à temps pour prêter serment en tant que président.