Dans Deep River, quatre Japonais d’horizons différents et de chagrins différents convergent vers le Gange sacré en Inde, dans leurs propres voyages personnels pour se réconcilier avec leur passé. Isobe est un homme taciturne abandonné par la mort de sa femme et à la recherche de son âme réincarnée. Kiguchi, un ancien soldat japonais qui a enduré la faim et la maladie en Birmanie pendant la Seconde Guerre mondiale, pleure l’ami de guerre qui lui a sauvé la vie, mais a souffert et est mort à cause de sa culpabilité. Numada, un auteur pour enfants dont les seuls vrais amis ont été les animaux et les oiseaux, cherche à rembourser l’aide d’un myna. Mitsuko, une femme athée dont la vie a été sans amour, cherche son amant d’université, un prêtre catholique raté travaillant parmi les pauvres. Tous les quatre trouvent un peu de réconfort dans le Gange.
Au début du roman, Isobe découvre que sa femme est en train de mourir d’un cancer. Il ne lui dit pas la vérité, mais comme elle tombe malade, elle sait qu’elle est en train de mourir. Juste avant que sa femme ne meure, elle dit à Isobe qu’elle sait qu’elle va se réincarner et le supplie de la chercher. Isobe ne peut pas oublier la demande de Keiko et écrit aux chercheurs qui étudient la réincarnation. Il apprend qu’une petite fille en Inde prétend avoir été japonaise dans une vie antérieure. Mitsuko, qui a soigné la femme d’Isobe en tant que bénévole, participe également à la tournée d’Isobe en Inde. Mitsuko est divorcée et a vécu une vie sans amour. Elle a entendu dire que le jeune homme religieux qu’elle a séduit à l’université, Ōtsu, est en Inde. Mitsuko a rendu visite à Ōtsu une fois auparavant, pendant sa lune de miel en France, alors qu’il étudiait dans un séminaire, et ils ont parlé de son idée de son « Oignon », un Dieu à la fois de souffrance et d’amour.
Numada, un auteur pour enfants, est également de la tournée. Il s’est remis d’une crise de tuberculose presque mortelle et un myna était son compagnon pendant sa maladie. L’oiseau est mort lors de la dernière opération de Numada, et Numada sent que l’oiseau est mort à sa place. Kiguchi, un autre voyageur, était soldat pendant la Seconde Guerre mondiale en Birmanie. En Birmanie, il contracte le paludisme et son ami Tsukada refuse de le laisser derrière lui. Plus tard, Kiguchi apprend que Tsukada a mangé la chair d’un soldat mort pour survivre et sauver son ami. Tsukada se boit à mort à cause de sa culpabilité pour l’acte.
Les touristes arrivent au Gange, où Mitsuko, Isobe, Numada et Kiguchi restent tous derrière. Kiguchi est malade et Mitsuko reste pour s’occuper de lui. Isobe cherche sa femme réincarnée, mais ne la trouve pas. Au lieu de cela, il ne trouve que des souvenirs de leur vie ensemble. Numada libère un oiseau myna, en remboursement à l’oiseau qui l’a sauvé. Kiguchi lit une prière pour les soldats morts sur le Gange sacré. Mitsuko trouve Ōtsu, qui travaille parmi les hindous pauvres et mourants, transportant les pauvres dans le Gange afin que leurs cendres puissent être dispersées dans la rivière sacrée. Le séjour du voyageur est compliqué par l’assassinat d’Indira Gandhi, et les troubles qui s’ensuivent. Ōtsu, qui a donné sa vie à l’Oignon, se sacrifie en empêchant un groupe d’hommes d’attaquer l’un des touristes japonais et en étant battu à mort. Alors que Mitsuko et les autres touristes partent enfin, elle apprend qu’Ōtsu est dans un état critique et a empiré.