La première éclipse solaire du nouveau millénaire commence, puis le sol commence à trembler. A la tombée de la nuit, c’est le chaos. Les corps sont partout, les Aléoutiennes sont parties et les vivants sont stupéfaits. Des incendies brûlent, des volcans éclatent et les forces du tsunami inondent les îles hawaïennes. Air Force One rencontre des turbulences et descend dans l’océan et Jack Kirkland est appelé pour récupérer les boîtes noires. Le vice-président Nafe profite de l’accident pour aggraver les tensions avec les Chinois, les blâmant pour la mort du président. Il veut faire monter les tensions jusqu’à ce qu’une réponse nucléaire puisse être justifiée. Lorsque Jack voit l’obélisque de cristal sur le site du crash, il est hypnotisé mais rien ne le prépare aux effets que cela aura sur sa vie et sur ceux qui l’entourent.
Deux professeurs de l’université enquêtent sur les dragons d’Okinawa récemment apparus. Ni l’un ni l’autre n’est préparé à la vue qui les accueille et explorer ces pyramides est miraculeux. Le danger suit bientôt alors que des hommes lui tirent dessus et tentent de les brûler hors de la pyramide. Alors qu’ils se frayent un chemin à travers un tunnel secret, Karen Grace et Miyuki Nakano trouvent un cristal en forme d’étoile qui a des propriétés qu’ils n’ont jamais vues auparavant. Il y a de l’écriture sur les murs et tout cela s’ajoute à un mystère qu’ils sont déterminés à résoudre. En essayant de décoder la langue, ils découvrent une demande d’informations sur le même sujet provenant du Deep Fathom alors que l’équipage à bord cherche à comprendre l’écriture sur l’obélisque ci-dessous. Lorsqu’ils unissent leurs forces, ils se heurtent à l’opposition de l’agent spécial de la CIA, David Spangler, dont la mission est de s’assurer que les Chinois sont reconnus coupables de l’accident et que le cristal est gardé secret et sous contrôle américain. Toute opposition à ces objectifs doit être combattue avec une force létale si nécessaire et David n’est que trop heureux de s’y conformer. Son ressentiment de longue date pour Jack remonte à l’accident de la navette Atlantis au cours duquel sa sœur, le fiancé de Jack et tous sauf Jack à bord ont péri. Malgré tous ses efforts pour tuer Jack, sa vengeance reste insatisfaite alors qu’il poursuit Kirkland d’une région à l’autre. Il perd finalement la vie alors qu’il devient un déjeuner en haute mer pour un calmar géant, laissant Jack sauver Karen pour qui il se rend compte qu’il a des sentiments compliqués pour et dans le processus sauver le monde en faisant face à son passé et au satellite à faisceau de particules Spartacus placé en orbite. par Atlantis qui a contribué au crash de la navette.
Le temps est déformé et inversé par leurs actions et lorsque le temps revient à la normale, ils se retrouvent à regarder l’éclipse de seize jours plus tôt. Le président est sauvé et l’avenir est changé.