La cité des ossements de Cassandra Clare commence une quête épique. Clary Fray est une adolescente normale. Une nuit pourtant, alors qu’elle traîne avec son meilleur ami Simon, son monde est violemment bouleversé. Clary et Simon vont au Pandemonium, un club pour tous les âges. Clary remarque un garçon enchanteur aux cheveux bleus et aux yeux verts. Elle le regarde alors qu’il remarque une belle fille venir à sa rencontre et les regarde se reconnaître et il la suit jusqu’à un placard. Elle regarde la fille et le garçon aux cheveux bleus entrer ensemble dans le placard et les voir suivis de deux autres garçons, dont l’un a un couteau. Clary se rend dans le placard et voit les trois tuer le garçon aux cheveux bleus. Il disparaît. Elle se rend compte que personne d’autre ne peut voir les trois adolescents dans le placard et elle prétend donc l’avoir imaginé. Plus tard, elle suit l’un des garçons à l’extérieur et le confronte. Elle apprend qu’il est un chasseur d’ombres, un tueur de démons. Il ne peut pas être vu par les autres parce qu’il a jeté un mirage pour être invisible. Il lui dit que le fait qu’elle puisse le voir prouve qu’elle n’est pas une fille ordinaire.
Clary rentre chez elle pour trouver la maison saccagée et sa mère partie. Elle est attaquée par un démon dans l’appartement. Elle parvient à le tuer, mais pas avant qu’il ne la pique et lui injecte du poison démoniaque. Jace la trouve et l’emmène à l’Institut, le sanctuaire des chasseurs d’ombres à New York. Elle découvre que sa mère était une chasseuse d’ombres, et qu’il y a un sort magique jeté sur elle pour lui faire oublier les choses de la fée et de l’ombre comme elle les voit. Elle apprend également que sa mère appartenait à un groupe de chasseurs d’ombres appelé le Cercle, dirigé par un homme nommé Valentine. Maintenant, Valentin est de retour et cherche la Coupe Mortelle, qui peut transformer n’importe quel humain qui peut survivre à la transformation en un chasseur d’ombres. Valentine a kidnappé la mère de Clary, et il semble que la mère de Clary soit en fait celle qui a caché la coupe à Valentine.
Clary et les jeunes chasseurs d’ombres, Jace, Alec et Isabelle se lancent dans une quête pour trouver la Coupe Mortelle avant Valentin. Son ami mondain Simon accompagne et aide même à vaincre un plus grand démon. Simon est amoureux de Clary depuis dix ans, mais Clary ne l’a jamais remarqué. Quand elle et Jace tombent amoureux, cela dévaste Simon et crée un fossé entre lui et Clary, qui étaient les meilleurs amis depuis la petite enfance. Dans sa quête pour sauver sa mère, Clary apprend que Valentin est vraiment son père, Jace est vraiment son frère, Johnathan Christopher, et que le meilleur ami de sa mère, Luke, est un loup-garou.
Clary trouve la Coupe Mortelle et retourne avec elle à l’Institut. Hodge, le tuteur des chasseurs d’ombres, prend la coupe et invoque Valentin, qui prend la coupe et Jace. Clary et Luke mènent la meute de loups lors d’un raid dans l’ancien asile d’aliénés où Valentin se cache. Luke et Valentin se battent, mais Valentin s’échappe par un portail vers la terre magique d’Idris, où il a caché la Coupe Mortelle. Luke emmène la mère de Clary à l’hôpital, et attend fidèlement à ses côtés en attendant qu’elle sorte de son coma. Clary accepte le fait que le gars dont elle est tombée amoureuse est en fait son frère et que son meilleur ami est amoureux d’elle. A la fin du roman, cette histoire est loin d’être terminée. Valentine est toujours là et les jeunes chasseurs d’ombres doivent maintenant laisser l’enquête à l’Enclave.