Allegiant, le troisième livre de la série Divergent de Veronia Roth, s’ouvre sur Tris emprisonnée pour ses actes de trahison dans le livre précédent. Pendant qu’elle est emprisonnée, Tobias débat de ce qu’il veut faire. S’il veut soutenir sa mère, Evelyn, il veut aussi quitter la ville. Tobias apprend que Tris va être interrogée, mais il sait qu’elle sera capable de résister au sérum de vérité et de trouver un mensonge pour sauver non seulement elle-même, mais Christina et Cara, qui ont également été emprisonnées avec Tris. Tris ment et dit qu’elle a été manipulée pour suivre les ordres de Marcus, le croyant avoir travaillé avec Evelyn. Le mensonge fonctionne et Tris et les autres sont libérés de prison.
Les choses dans la ville se révèlent très chaotiques. Des émeutes éclatent, les émeutiers appelant à la mort des factions. À la fin d’une émeute, Edward est tué. Cela fait comprendre à Tobias qu’Evelyn est en faute pour avoir enlevé le choix de tout le monde. À la suite des émeutes, des règles plus strictes sont mises en place dans toute la ville. Au lendemain de l’émeute, Tris est approché par un groupe rebelle connu sous le nom d’Allegiant. Allegiant veut aider Tris et ses complices à s’échapper de la ville. Avant de partir, Tobias sauve Caleb qui allait bientôt être jugé. Les deux s’échappent avec Tris et son groupe.
Tout devient rapidement chaotique et le groupe est attaqué par Dauntless après avoir quitté la ville. Tori est tué dans l’attaque, mais Tris parvient à s’échapper et à retrouver Christina et Johanna, qui l’informent du sort des autres. Tobias et plusieurs autres sont portés disparus, mais le groupe parvient à se reconstituer, Tobias ayant reçu une balle dans le bras. Le groupe commence à explorer le nouveau paysage.
En explorant, le groupe rencontre une femme nommée Zoe, et à la grande surprise de Tobias, la retrouve avec son ancien entraîneur, Amar. Tobias est naturellement surpris, puisqu’il croyait qu’Amar était mort. Zoe leur dit qu’elle et Amar travaillent pour un groupe qui était responsable de la fondation de la ville. Tris décide qu’ils peuvent leur faire confiance et ils sont conduits au Bureau of Genetic Welfare de l’ancien aéroport O’Hare. Zoe emmène le groupe à l’intérieur pour rencontrer leur chef, David, quelqu’un que Tris reconnaît d’après une photo où il était avec sa mère.
David explique que leur groupe faisait autrefois partie du gouvernement défaillant des États-Unis. Il leur dit que l’ancien gouvernement a échoué parce qu’ils ont essayé d’éliminer les traits et les émotions négatifs de leurs citoyens. Évidemment, tout le monde n’était pas d’accord avec cela, ce qui a conduit à une énorme guerre civile. Après la guerre, tous les survivants génétiquement endommagés ont été placés dans des villes où ils ont élevé et créé des humains génétiquement guéris, les Divergents. David et son Bureau ont étudié les sociétés survivantes.
Tout le monde prend un certain temps pour traiter cette information, Tobias et Amar se reconnectant brièvement pour discuter des raisons pour lesquelles il a simulé sa mort. Tris reçoit des documents sur sa mère, découvrant que ses gènes étaient considérés comme presque parfaits. Tobias et Tris font tester leurs gènes, Tris découvrant qu’elle est divergente et que Tobias ne l’est pas. Tobias est blessé par cela, mais Tris lui semble être la même personne. Le Bureau fait sortir Tris et les autres de l’aéroport. Tris étudie une partie du journal de sa mère, tandis que Tobias découvre que son père a été exilé de la ville. Ce soir-là, Tobias est surpris par Nita, qui le fait sortir du Bureau pour lui montrer la frange où vivent les génétiquement endommagés. Elle dit à Tobias que le gouvernement ne fait qu’empirer leur vie, pas la rendre meilleure.
Tobias raconte à Tris sa rencontre et l’emmène rencontrer Nita. Nita veut qu’ils l’aident à voler un sérum de mémoire que le Bureau veut soi-disant utiliser pour réinitialiser les souvenirs de tout le monde à Chicago. Tris ne croit pas Nita, mais Tobias décide qu’il veut l’aider. Tris finit par avoir raison et Nita déclenche une bombe et prend David en otage. Tris apprend que Nita a volé un sérum de mort et utilise David comme bouclier humain pour s’échapper. Nita et Tobias sont arrêtés et arrêtés en tant que traîtres, bien que Tobias soit bientôt libéré.
Alors que Nita agissait de son propre chef, elle n’avait pas menti sur ce que le Bureau avait prévu. Tobias se dirige vers la ville, voulant vacciner certaines des personnes encore à l’intérieur. Dans la ville, Tobias parvient à convaincre Evelyn de laisser tout le monde dans la ville être libre et de former une alliance avec Allegiant. Pendant ce temps, Tris essaie d’empêcher le Bureau d’utiliser le sérum de mémoire, décidant de le leur infliger à la place.
Même s’il s’agit d’une mission suicide, Tris libère le sérum de mémoire sur le Bureau. Même si elle a réussi, David a quand même pu lui tirer dessus pendant la sortie du sérum. Tobias revient et pleure la perte de Tris, décidant d’effacer sa propre mémoire. Il en a parlé par Christiania. Dans l’épilogue, Tobias est toujours triste de la perte de Tris, mais il est déterminé à aider tout le monde à guérir et à rendre le monde meilleur.