Rainbow Boys est l’histoire de trois adolescents gays qui luttent pour trouver un équilibre entre leur véritable identité et les attentes de la société qui les entoure.
Rainbow Boys est raconté du point de vue tournant de trois adolescents homosexuels à divers stades de réalisation sexuelle. Nelson est sorti et fier. Tout le monde autour de lui, y compris ses parents et ses amis, sait qu’il est gay. Kyle, la star de l’équipe de natation de l’école, sait qu’il est gay mais n’a pas encore fait son coming out à sa famille. Jason a une petite amie mais n’est pas satisfait. Il a l’impression qu’il cache quelque chose, même à lui-même. Au fur et à mesure que le roman progresse, Jason se rend compte qu’il est gay mais a trop peur pour l’admettre même à lui-même.
Le roman se concentre principalement sur la relation entre ces trois garçons. Nelson et Kyle sont les meilleurs amis, mais il est clair que Nelson est amoureux de Kyle. Kyle est amoureux de Jason, qui n’a même pas réalisé qu’il est gay. À l’ouverture du roman, Jason s’est convaincu d’assister à une réunion Rainbow Youth, une réunion pour adolescents homosexuels. Il espère qu’assister à cette réunion le convaincra, une fois pour toutes, qu’il n’est en fait pas gay. Il est terrifié d’admettre qu’il a des rêves romantiques impliquant d’autres hommes et que sa vie sexuelle avec sa petite amie a commencé à en souffrir. Lors de la réunion, il est horrifié de voir deux enfants de son lycée, Nelson et Kyle, et craint qu’ils ne l’évincent.
Kyle est ravi de voir Jason à la réunion – il a toujours eu le béguin pour lui – mais Nelson est ennuyé. Au fur et à mesure que le roman progresse, Jason et Kyle entament une amitié lorsque Jason se débat en mathématiques, la meilleure matière de Kyle, et a besoin d’un tuteur. Après quelques-unes de ces réunions, lorsque Jason se sent émotionnellement vulnérable après une bagarre avec son père alcoolique, lui et Kyle s’embrassent. Le cœur de Jason se déchire presque. Il se rend compte qu’il est gay et qu’il tombe amoureux de Kyle. Puis la peur s’installe alors qu’il se rend compte qu’il va devoir dire la vérité à sa famille et à sa petite amie. Contrairement à Kyle et Nelson, qui ont des systèmes de soutien solides, quoique réticents, le père de Jason est un alcoolique violent qui le reniera sûrement s’il connaît la vérité.
Au fur et à mesure que la relation entre Kyle et Jason progresse, Nelson s’enfonce de plus en plus dans la dépression. Il est amoureux de Kyle, mais Kyle ne le voit que comme un ami. Désespéré d’attention, Nelson perd sa virginité au profit d’un homme plus âgé qu’il rencontre en ligne. Sa tristesse se transforme en peur lorsqu’il se rend compte qu’ils n’ont pas utilisé de préservatif et qu’il a peut-être été infecté par le VIH. L’amitié des trois garçons grandit à mesure qu’ils se confient leurs secrets les plus profonds et les plus effrayants. Nelson se tourne vers Kyle pour obtenir de l’aide lorsqu’il décide de faire un test de dépistage du VIH, et Kyle se tourne vers Nelson pour obtenir de l’aide lorsqu’il se sent vulnérable à propos de sa relation avec Jason. Au fil du temps, à mesure que son amour pour Kyle grandit, Jason commence lui aussi à compter sur ses amis pour le soutenir alors qu’il fait son coming out auprès de sa famille et de ses amis. Sa confiance est si forte qu’à la fin du roman, Jason assiste à la première réunion de son lycée pour promouvoir l’éducation sur l’homosexualité. C’est une étape énorme dans son développement personnel et une étape qu’il n’aurait jamais pu franchir sans l’amour et le soutien de ses amis.