Lynch avait déjà terminé un long métrage, mais les circonstances de sa production étaient uniques. Lynch a été autorisé à travailler à son propre rythme, quittant souvent le projet et revenant un certain temps plus tard pour continuer. Il a également conservé un contrôle créatif complet, s’habituant à faire une grande partie du travail lui-même. Cela est devenu un problème pour Lynch en ce qui concerne le maquillage de John Merrick. L’état de santé de Joseph Merrick lui a laissé une tête élargie, une bouche en grande partie gelée sur place et des tumeurs couvrant la majeure partie de son corps. Lynch a essayé de concevoir le maquillage lui-même, en utilisant des moulages du corps réel de Merrick comme modèle. Mais, au fur et à mesure des anecdotes, il a eu beaucoup de mal. Selon un article paru dans The Irish Times, Lynch était découragée de devoir embaucher un spécialiste du maquillage pour proposer le maquillage complet que l’acteur John Hurt devrait porter (d’ailleurs, le maquillage a mis cinq heures à s’appliquer, et Hurt aurait détesté porter en disant « Je pense qu’ils ont finalement réussi à me faire détester le métier d’acteur »).
Lynch est tombé dans le désespoir à cause du maquillage. « J’ai pensé qu’il valait mieux me tuer parce que je pouvais à peine supporter d’être dans mon corps. »
Quand il a finalement réussi à se sortir de son funk, il s’est retrouvé en conflit avec Hopkins, qui a estimé que Lynch n’était pas assez professionnel. Mel Brooks, comme illustré dans l’Irish Times, s’est souvenu un jour d’avoir reçu un appel téléphonique en colère de Hopkins sur la façon dont Lynch n’était pas apte à diriger une production aussi importante. Hopkins n’a pas expressément demandé que Lynch soit renvoyé, mais Brooks se souvient de l’indignation. Brooks a défendu Lynch, conservant sa confiance totale dans le produit.
Brooks finirait par avoir une conversation avec un autre des scénaristes de « The Elephant Man » en disant : « Il est tout foutu aussi, bien sûr, et il projette ses propres troubles émotionnels et sexuels dans son travail et nous agresse avec les sentiments qu’il est agressé par. »