Peter and the Shadow Thieves est une histoire fictive sur un garçon anglais nommé Peter qui aide une organisation secrète connue sous le nom de Starcatchers à échapper au sinistre Lord Ombra, le chef d’un groupe sombre appelé The Others. Peter vit sur l’île tropicale des Mollusques, qui est habitée par une bande de pirates dirigée par le maléfique Black ‘Stache, également connu sous le nom de Capitaine Crochet, ainsi que par une bande d’indigènes appelée les Mollusques. Il vit avec quatre autres garçons sur l’île et est constamment accompagné de Fée Clochette, une « fille-oiseau » féerique qui, comme Peter, a la capacité de voler.
L’histoire tourne autour d’une substance appelée starstuff, qui possède des pouvoirs magiques. Les Starstuff tombent sur terre et sont récupérés par les Starcatchers pour être renvoyés au ciel lors d’un événement spécial appelé le Retour. Un groupe sombre appelé The Others cherche à voler les étoiles collectées aux Starcatchers afin d’utiliser ses pouvoirs pour le mal.
Lord Ombra est l’un des Autres. C’est une figure sombre avec la capacité de maîtriser les gens en capturant leurs ombres. Ombra arrive sur l’île Mollusk sur un navire commandé par le capitaine pirate Nerezza à la recherche d’un coffre rempli d’étoiles qui avait été apporté sur l’île par Lord Aster, l’un des Starcatchers. Constatant qu’Aster est de retour en Angleterre, Ombra revient avec Peter et Tinkerbell cachés secrètement à bord. De retour en Angleterre, Peter tente désespérément de retrouver Lord Aster et sa fille, Molly, pour qui Peter a de profonds sentiments. Pendant ce temps, sur Mollusk Island, le capitaine Hook capture les amis de Peter pour les utiliser comme appât pour attirer Peter dans un piège.
Peter retrouve Molly Aster, dont le père est parti au Retour sans dire à personne où, et dont la mère a été kidnappée par Lord Ombra. Avec l’aide d’un ami de Molly nommé George Darling, Peter et les autres retrouvent son père pour l’avertir d’Ombra, qui a découvert l’heure et le lieu du Retour. Dans une scène dramatique, Ombra arrive au Retour et est presque capable de voler la malle pleine d’objets de stars, mais est déjouée par Peter au dernier moment possible. Ombra est détruit dans un éclair de lumière et les ombres qu’il a volées, y compris celle de la mère de Molly, sont restituées à leurs propriétaires. Lord Aster, qui a été grièvement blessé lors de l’attaque d’Ombra, est guéri par magie lorsqu’il est exposé à une petite quantité de substance stellaire que Peter garde dans un médaillon.
Une fois les étoiles retournées au ciel en toute sécurité, Peter dit au revoir avec émotion à Molly et retourne sur l’île Mollusk où il aide avec succès ses amis à échapper aux pirates.