Le Parfum est l’histoire de Jean-Baptiste Grenouille, un homme né dans la France du XVIIIe siècle avec un odorat surhumain, mais sans odeur personnelle. Il est orphelin de naissance et grandit sans amour pour devenir un meurtrier froid et calculateur. Son crime est motivé par le désir de posséder le parfum d’une jeune femme nommée Laure Richis, qu’il compte voler grâce aux méthodes d’extraction qu’il a apprises en tant que compagnon parfumeur. À partir du parfum de cette jeune fille, il crée le parfum le plus puissant du monde, qui a pour effet de faire tomber amoureux celui qui le porte. Grenouille utilise le parfum pour échapper à la punition des meurtres qu’il a commis, obtenant même le pardon du père de Laure Richis. Il n’est cependant pas satisfait, car il n’a toujours pas de véritable odeur qui lui soit propre. Dans une étrange fin suicidaire du roman, Grenouille erre dans un camp de vagabonds et s’imprègne de son parfum puissant. Dans un accès de passion, les vagabonds l’attaquent et le mangent.
Grenouille est né dans une échoppe de poisson et laissé mourir parmi les tripes à terre par sa mère. Elle est finalement exécutée pour avoir laissé mourir quatre enfants précédents, et Grenouille est recueillie par l’église. Le moine qui s’occupe de lui a cependant du mal à trouver une nourrice pour le nourrir, car il est vorace et n’a pas d’odeur. Il est envoyé vivre chez une femme qui accueille des orphelins, Madame Gaillard.
Alors que Grenouille grandit sous la main dure mais juste de Gaillard, il se rend compte qu’il possède une capacité que personne d’autre n’a, à savoir un odorat surhumain. Il est capable de détecter la moindre odeur provenant de la ville et d’utiliser l’odorat de la même manière que d’autres utilisent la vision pour percevoir les objets. Pourtant, il n’a pas d’odeur propre, ce qui le rend pratiquement invisible aux yeux des autres, qui ne réalisent pas qu’ils utilisent leur odorat pour détecter la présence d’autres personnes.
Madame Gaillard envoie Grenouille travailler pour un tanneur nommé Grimal. Il travaille pendant des années pour Grimal, accomplissant les pires corvées, attendant son heure jusqu’à ce qu’une opportunité se présente. Grimal lui laisse progressivement de plus en plus de liberté, qu’il utilise pour explorer les senteurs de la ville. Un soir, lors d’un feu d’artifice, il sent une odeur si agréable qu’il est obligé de la suivre. Il s’agit d’une jeune femme assise seule dans une cour. Grenouille vient derrière elle et l’étrangle, respirant son odeur alors qu’elle meurt. Il s’éloigne et n’est pas rattrapé.
L’occasion se présente lorsqu’on lui demande de livrer un chargement de peaux à Giuseppe Baldini, un maître parfumeur. Grenouille se fraye un chemin à l’intérieur de l’atelier de Baldini et le convainc de le laisser créer un parfum pour lui à partir des ingrédients de sa boutique. Grenouille a désormais mémorisé des milliers de senteurs et a envie d’en créer de nouvelles en apprenant l’art du parfumeur. Baldini est sceptique, mais se laisse aller à Grenouille.
Grenouille étonne Baldini en créant un parfum d’une beauté extraordinaire. Il engage Grenouille comme assistant et exploite son incroyable capacité pour devenir un parfumeur riche et célèbre. Il enseigne à Grenouille ce qu’il peut sur l’extraction du parfum des matériaux naturels, mais Grenouille veut en savoir plus. Baldini finit par accorder à Grenouille ses papiers de compagnon parfumeur et le laisse partir, à condition qu’il ne dise jamais qu’il était le secret du succès de Baldini.
Grenouille part à Grasse, centre du commerce du parfum, pour en apprendre davantage sur ce métier. Une fois hors de la ville, cependant, il commence à éviter l’odeur des humains et se retrouve finalement au sommet d’une montagne désolée sans aucune trace d’odeur humaine. Ici, il devient ermite, vivant dans une grotte sombre pendant sept ans, période durant laquelle il vit dans son imaginaire peuplé de toutes les odeurs qu’il a jamais rencontrées. Le plus merveilleux d’entre eux est l’odeur de la jeune fille qu’il a assassinée. Puis soudain, il réalise pour la première fois qu’il n’a lui-même aucune odeur. Il panique et quitte la grotte. Il décide de se créer un parfum et s’enfuit vers Grasse. Sur son chemin, il est recueilli par un noble, Taillade-Espinasse, qui réhabilite Grenouille et lui donne de l’argent. Il s’enfuit de Taillade-Espinasse et se dirige vers Grasse.
En arrivant à Grasse, Grenouille retrouve une odeur semblable à celle de la jeune fille qu’il a assassinée à Paris. Il suit le parfum jusqu’au manoir d’un grossiste en parfums nommé Richis. C’est la fille de Richis que Grenouille peut sentir, et il commence à élaborer un plan pour posséder son parfum pour lui-même. Il accepte un emploi dans un atelier de parfumeur et commence à en apprendre davantage sur les méthodes d’extraction du parfum des objets. Il commence à expérimenter en volant l’odeur des êtres vivants tels que les petits animaux. Après un certain succès, il commence à réaliser son plan.
La ville est terrifiée lorsque plusieurs jeunes filles sont retrouvées assassinées, nues et les cheveux coupés. Le tueur est introuvable. C’est Grenouille qui tue les filles. Il les enveloppe dans du linge imbibé d’huile pendant qu’ils meurent et en extrait leur parfum. Ce parfum, il le concentre dans une huile intense qu’il garde cachée dans de petites bouteilles dans sa cabine. La ville de Grasse veut désespérément mettre un terme aux tueries. Un jour, les tueries s’arrêtent. Au bout de six mois, ils les ont largement oubliés.
Il y a cependant une personne qui n’a pas oublié les meurtres, c’est Richis. Il a décidé qu’il avait une certaine idée du mobile du tueur et croit, à juste titre, que sa propre fille est la cible ultime. Il remballe sa maison et fait mine de partir pour la ville de Grenoble. En chemin, lui et sa fille s’échappent et se dirigent vers la mer. Il compte la marier immédiatement au fils d’un baron. Une fois qu’elle aura perdu sa virginité, raisonne-t-il, le tueur ne la désirera plus.
Grenouille est cependant capable de les suivre avec son nez. Alors qu’ils sont arrêtés dans une auberge, il grimpe par la fenêtre de Laure et la tue, prenant son odeur comme il l’a fait avec les autres filles. Il s’enfuit et retourne à Grasse.
Il est bientôt rattrapé, comme on l’avait vu à l’auberge. Il avoue les meurtres et est condamné à être exécuté. Le jour des exécutions, cependant, il descend du carrosse qui le transporte jusqu’à l’échafaud, portant le parfum ultime qu’il a créé à partir des odeurs de ses victimes assassinées. Tout de suite, la foule est convaincue qu’il doit être innocent. Le parfum leur donne le sentiment qu’ils sont amoureux de lui et qu’il doit être libéré. Même Richis fond en larmes, suppliant Grenouille de lui pardonner. Pendant ce temps, la foule rassemblée se lance dans une gigantesque orgie sexuelle.
Grenouille s’évanouit. Il est une fois de plus envahi par la panique de ne pas avoir d’odeur qui lui soit propre. Il se réveille dans le manoir de Richis, dans le lit même de Laure. Richis lui demande d’être son fils adoptif, il l’aime tellement. Grenouille accepte, mais dès que possible, il quitte le manoir et quitte Grasse en direction de Paris, avec un flacon de son ultime parfum.
Il va à Paris pour mourir. Il peut se faire aimer des gens avec son parfum, mais ce ne sera jamais qu’un amour creux car il n’a pas de parfum qui lui est propre. Il entre à Paris et retourne dans son quartier natal, près d’un cimetière nauséabond. Là, un groupe de vagabonds ont allumé un petit feu et se sont rassemblés autour. Grenouille entre dans le cercle des vagabonds et s’asperge du parfum ultime. Les vagabonds sont envahis d’amour et de désir pour Grenouille, au point qu’ils l’attaquent et le mangent.