Dans On ne vit que deux fois de Ian Fleming, James Bond doit faire face à la mort de sa nouvelle épouse Tracy, abattue par son ennemi juré, Ernst Stavro Blofeld. Bond est dévasté et tente de recoller les morceaux de son ancienne vie. Malheureusement, son chagrin laisse place à l’insouciance et à l’oubli, alors qu’il devient sujet aux accidents et commence à faire des erreurs qui lui coûtent presque la vie et celle d’autres personnes.
Son patron, M, le chef des services secrets britanniques, est sur le point de lui dire de « se ressaisir ou de partir », mais Sir James Molony, connu pour être le meilleur neurologue d’Angleterre et lié aux services secrets, lui conseille d’envoyer Bond dans une mission impossible qui fera remonter à la surface tous les talents de Bond.
Bond est affecté à un projet au Japon où sa mission est d’obtenir des informations sur un espion en Union soviétique. Son objectif est d’obtenir des informations du chef des services secrets japonais, Tiger Tanaka. Cependant, Tiger a ses propres plans pour Bond. Après s’être lié d’amitié avec lui, il met Bond au courant d’un plan secret entre le Japon et la Russie impliquant du matériel nucléaire. Il demande ensuite à Bond d’assassiner le Dr Guntram Shatterhand, l’exploitant d’un complexe hôtelier où les gens allaient passer des vacances permanentes, autrement connu sous le nom de « jardin de la mort ».
Bond est soumis à un camp d’entraînement qui l’entraîne à s’intégrer à la masse. Son apparence est modifiée et on lui donne le nom de Taro Todoroki. C’est en inspectant le complexe où les suicides ont lieu qu’il découvre que le Dr Shatterhand est en fait un certain Ernst Stavro Blofeld, l’homme qui a tué sa femme à peine neuf mois auparavant. Lorsque Tiger lui demande s’il connaît l’homme sur la photo, il prend une décision instantanée. Il décide de nier l’information et de se venger.
Tiger dit à Bond, devenu Taro, qu’il ne peut pas l’emmener bien loin. Il va donc le faire se rendre au complexe avec quelqu’un qui pourra compléter sa formation, une ancienne star de cinéma japonaise de vingt-trois ans du nom de Kissy Suzuki. Kissy aide Bond dans son entraînement jusqu’à ce qu’il la convainque de l’aider à trouver le complexe. Elle croit qu’il a été envoyé par les dieux pour tuer Shatterhand afin de libérer le Japon de l’emprise maléfique de Shatterhand. Bond l’accepte.
Il pénètre dans le jardin et explore les lieux, mais avec précaution, pour découvrir comment il peut pénétrer à l’intérieur et tuer Shatterhand et sa femme. C’est là qu’il est témoin de la malveillance que le jardin peut réellement répandre. Il voit deux morts différentes, l’une impliquant un homme qui semblait avoir été empoisonné et s’est jeté dans un lac de piranhas.
Bond s’introduit dans le château tard le soir suivant et se sent libre. Il est alors surpris par un garde qui patrouille en contrebas et l’assomme. Il reprend ses esprits et fait face à son ennemi. Bond prétend toujours être un pêcheur japonais jusqu’à ce que sa couverture soit dévoilée par Irma, la femme de Shatterhand.
Lorsqu’on lui demande pourquoi il a comploté pour menacer le monde avec des armes nucléaires, Blofeld, connu sous le nom de Shatterhand, avoue qu’il ne fait que rendre service à l’humanité. Il croit qu’il est le juge moral de toutes les nations et que lui seul peut rendre la justice pour punir leur nature pécheresse et les ramener à la raison.
Bond et Blofeld se livrent à un combat à l’épée au cours duquel Bond tue Blofeld. Alors qu’il tente d’échapper à la destruction du complexe, il sent quelque chose le frapper à la tête. Lorsqu’il reprend ses esprits, il est avec Kissy Suzuki et sa famille, sans aucun souvenir de lui-même ni de ce qui s’est passé.
Pendant ce temps, tout le monde croit qu’il est mort en héros. À l’insu de Bond, Suzuki découvre qui il est et décide de le garder pour elle. Elle tombe bientôt enceinte de lui. Elle espère qu’il la demandera en mariage lorsqu’elle lui annoncera sa grossesse. Cependant, cette question n’est jamais abordée dans le livre car Bond lui montre un morceau de papier portant le nom de Vladiostok. Il veut savoir si cela a quelque chose à voir avec lui. Tout ce qu’elle peut faire, c’est accepter de l’accompagner là-bas, et ainsi la saga de Bond continue dans une autre histoire.