Le ministère américain de l’Agriculture a publié cette semaine une version inédite de son analyse génétique sur la propagation et la propagation de la grippe aviaire chez les bovins laitiers américains, offrant l’aperçu le plus complet à ce jour des données que les enquêteurs étatiques et fédéraux ont accumulées lors de cette épidémie inattendue et inquiétante. et ce que cela pourrait signifier.
L’analyse de la prépublication fournit plusieurs informations importantes sur l’épidémie : à partir du moment où elle a réellement commencé, jusqu’à quel point la transmission nous manque, des inconnues étonnantes sur la seule infection humaine liée à l’épidémie et dans quelle mesure le virus continue d’évoluer chez les vaches. . Cette information est cruciale, car les experts en grippe craignent que l’épidémie n’augmente le risque toujours présent que ce virus rusé de la grippe évolue pour se propager entre les humains et déclencher une pandémie.
Mais l’information n’a pas été facile à obtenir. Depuis le 25 mars – date à laquelle l’USDA a confirmé pour la première fois qu’un troupeau de vaches laitières américaines avait contracté le virus hautement pathogène de la grippe aviaire H5N1 – l’agence a suscité des critiques internationales pour ne pas avoir partagé rapidement ou complètement les données. Le 21 avril, l’agence a déposé plus de 200 séquences génétiques dans des bases de données publiques sous la pression d’experts extérieurs. Cependant, bon nombre de ces séquences manquent de métadonnées descriptives, qui contiennent normalement des informations de base et clés, comme le moment et le lieu où l’échantillon viral a été prélevé. Les experts externes ne disposent pas de ces informations cruciales, ce qui rend les analyses indépendantes limitées de manière frustrante. Ainsi, la nouvelle analyse de l’USDA – qui inclut vraisemblablement ces données – offre le meilleur aperçu des informations complètes sur l’épidémie.
Propagation non détectée
L’un des principaux points à retenir est que les chercheurs de l’USDA pensent que la propagation de la grippe aviaire des oiseaux sauvages au bétail a commencé à la fin de l’année dernière, probablement en décembre. Ainsi, le virus a probablement circulé sans être détecté chez les vaches laitières pendant environ quatre mois avant la confirmation par l’USDA, le 25 mars, d’une infection dans un troupeau du Texas.
Cette conclusion chronologique correspond largement à ce que experts extérieurs préalablement glanés à partir des données limitées accessibles au public. Cela ne surprendra peut-être pas ceux qui suivent l’épidémie, mais c’est inquiétant. Des mois de propagation non détectée suscitent d’importantes inquiétudes quant à la capacité du pays à identifier et à réagir rapidement aux épidémies de maladies infectieuses émergentes, et à savoir si les réponses de santé publique ont dépassé les faux pas observés dans les premiers stades de la pandémie de COVID-19.
Mais une autre grande conclusion de la prépublication concerne les nombreuses lacunes qui existent encore dans notre compréhension actuelle de l’épidémie. À ce jour, l’USDA a identifié 36 troupeaux dans neuf États infectés par le H5N1. La bonne nouvelle de l’analyse génétique est que l’USDA peut tracer des lignes reliant la plupart d’entre eux. Les chercheurs de l’USDA ont rapporté que « le mouvement direct du bétail basé sur les pratiques de production » semble expliquer comment le virus H5N1 est passé de la région de l’enclave du Texas — où l’on pense que le débordement initial s’est produit — vers neuf autres États, certains aussi éloignés que la Caroline du Nord, Michigan et Idaho.
Voies de transmission putatives du clade 2.3.4.4b de l’IAHP H5N1, génotype B3.13, étayées par des liens épidémiologiques, des mouvements d’animaux et une analyse génomique. [/ars_img]La mauvaise nouvelle est que les lignes reliant les troupeaux ne sont pas solides. Il existe des lacunes dans lesquelles les données génétiques suggèrent qu’une transmission non identifiée s’est produite, peut-être chez des vaches non échantillonnées, peut-être chez d’autres animaux. Les données génétiques montrent clairement qu’une fois que cette souche de grippe aviaire (H5N1 clade 2.3.4.4 génotype B3.13) s’est répandue dans le bétail, elle pourrait facilement se propager à d’autres mammifères. Les données génétiques relient les virus provenant de bovins se déplaçant plusieurs fois vers d’autres animaux : il y a eu cinq sauts de bovins à volailles, une transmission de bovins à raton laveur, deux événements où le virus est passé des bovins aux chats domestiques et trois fois où le virus du bétail s’est propagé aux oiseaux sauvages.
« Nous ne pouvons pas exclure la possibilité que ce génotype circule dans des endroits et des hôtes non échantillonnés, car l’analyse existante suggère que les données sont manquantes et qu’une surveillance insuffisante peut obscurcir la transmission déduite à l’aide de méthodes phylogénétiques », ont écrit les chercheurs de l’USDA dans leur prépublication.