Ce roman fantastique raconte l’histoire de Jacob, un adolescent lunatique qui découvre, au cours d’une série d’aventures de plus en plus dangereuses, que les histoires de monstres et d’enfants aux pouvoirs étranges de son grand-père sont en réalité vraies. Alors qu’il oscille entre le passé et le présent, et que Jacob apprend d’anciennes vérités sur son grand-père et de nouvelles vérités sur lui-même, le récit accorde une attention thématique à la question de savoir ce qui constitue l’identité individuelle, et explore également les différences entre l’apparence et la réalité.
Le narrateur à la première personne Jacob Portman commence son histoire en décrivant sa relation avec son grand-père – en particulier, comment grand-père Portman (Abe) a raconté des histoires passionnantes sur son enfance qui, à mesure que Jacob grandissait, il est devenu convaincu qu’il s’agissait de contes de fées. Lorsque son grand-père est sauvagement assassiné et que Jacob voit un visage étrange et terrifiant le regarder depuis les bois près de l’endroit où le corps d’Abe a été retrouvé, il commence à penser qu’il est en train de perdre la raison. Alors que ses parents inquiets essaient d’aider Jacob à mettre ce qu’il a vu, et les cauchemars que l’image déclenche, dans le passé, Jacob découvre des preuves que les histoires de son grand-père auraient pu être vraies. Il convainc ses parents de le laisser voyager et d’explorer la possibilité, mais son père insiste pour l’accompagner. Ensemble, Jacob et son père se rendent sur une île isolée du Pays de Galles, à la recherche de la vérité derrière les histoires d’Abe sur Miss Peregrine et sa maison pour enfants particuliers.
Jacob est consterné de découvrir que le Home a été détruit lors d’un attentat à la bombe au début de la Seconde Guerre mondiale. Un jour, cependant, alors qu’il explore les ruines, il rencontre une fille qu’il reconnaît sur l’une des photos qu’Abe lui a montrées depuis son enfance. Il la suit, mais elle (Emma) renverse les rôles et le capture, l’emmenant à travers un mystérieux tunnel dans le passé. Là, le Home n’est pas encore bombardé et là, Emma et plusieurs autres enfants aux capacités spéciales s’installent sous la stricte protection de Miss Peregrine, une femme d’âge moyen qui peut se transformer en oiseau et qui les garde en sécurité dans un boucle temporelle qui répète la même journée, sûre et parfaite encore et encore. Ravi de découvrir que son grand-père disait la vérité, préoccupé par les secrets que Miss Peregrine et Emma semblent garder, et inquiet de ce que son père dirait s’il apprenait la vérité, Jacob retourne au village où lui et son père sont. rester. Il dit à son père qu’il s’est fait de nouveaux amis de l’autre côté de l’île, mais oublie de lui dire qu’ils sont cachés dans le passé.
Au cours des jours suivants, Jacob fait des allers-retours entre le passé et le présent, trouvant le passé plus attirant (Emma en particulier) et le présent plus effrayant, notamment lorsqu’un troupeau de moutons puis un sympathique villageois sont abattus. Lorsqu’il transmet cette nouvelle à Miss Peregrine, Jacob est choqué d’apprendre que les meurtres sont probablement le résultat d’attaques de wights, des monstres à forme humaine à la recherche de nourriture pour leurs maîtres, un groupe de monstres encore plus méchants appelés les Hollowgast qui se nourrissent sur des enfants particuliers comme ceux dont elle s’occupait… et comme Jacob. Il, dit Miss Peregrine, a la même capacité spéciale que son grand-père – la capacité de voir le creux.
Jacob, Emma et certains des autres étudiants enfreignent les règles de Miss Peregrine et se rendent dans le village à la recherche de la vérité derrière les meurtres. Ils découvrent qu’ils étaient, en fait, le résultat d’attaques d’un wight qui, à son tour, tente de les faire tuer par un Hollowgast. Jacob et les autres s’échappent, échappant à la poursuite du Hollowgast. Jacob lui fait face seul et le tue, mais découvre peu de temps après, avec les autres membres de son groupe, que Miss Peregrine a été kidnappée par le revenant. Jacob et Emma mènent un effort de sauvetage, tuant le revenant et sauvant Miss Peregrine. Pendant ce temps, quelque chose a mal tourné avec la boucle temporelle de Miss Peregrine, et le temps dans le passé avance à son rythme normal. Jacob décide de rester dans le passé avec Emma et ses nouveaux amis, recherchant les deux nouvelles boucles dans lesquelles se cacher et faisant ce qu’ils peuvent pour aider les autres comme eux à combattre les wights et les hollowgasts.