Dans Fusion métroïde, le chasseur de primes interstellaire Samus Aran est attaqué par un parasite X alors qu’il explore la mystérieuse planète SR388. Cet organisme est non seulement mortel, mais il peut imiter les capacités de toute créature qu’il infecte, y compris Samus elle-même ! Sauvée du gouffre grâce à une infusion d’ADN de Metroid, le seul prédateur naturel du parasite X, elle découvre bientôt que le parasite s’est propagé à la station de recherche en orbite autour de SR388. Affaibli et à court d’options, Samus doit faire tout ce qu’il faut pour détruire la menace X avant qu’il ne soit trop tard.