De nombreux lecteurs se souviendront de l’histoire de la Méchante Sorcière de l’Ouest. Dans ce roman, Maguire explore les motivations possibles d’une telle personne. Frex et Melena, humbles paysans du Munchkinland, accueillent leur premier-né, Elphaba, au début de ce roman. Frex, un ministre de la religion unioniste, craint constamment la punition pour ses péchés, connus et inconnus. Malgré la naissance imminente de son premier enfant, il voyage pour prêcher contre les divertissements dangereux, en particulier l’Horloge du Dragon du Temps. Un cousin de Frex lui a écrit à propos d’une expérience de type spectacle secondaire qui balaie Oz. L’horloge, composée de plusieurs fenêtres remplies de marionnettes, comme une horloge à coucou compliquée, montre ce que les observateurs supposent être des événements futurs.
Seule dans un pays où elle n’a pas d’amis, Melena commence à accoucher. Des femmes âgées de la région arrivent pour l’aider à accoucher. Elles fournissent à Melena des feuilles de pinobble addictives pour atténuer la douleur. Dans un état de stupeur, elle donne naissance à une petite fille en bonne santé. Les femmes découvrent cependant avec horreur que la peau de l’enfant est inexplicablement verte.
Frex et Melena ont du mal à accepter la couleur de peau étrange de leur fille, la gardant en privé la plupart du temps. Cependant, avec l’arrivée de la nourrice de Melena, Nanny, la jeune Elphaba commence à socialiser avec les enfants de son âge. Au même âge, le nomade Turtle Heart rejoint la famille, les enchante par ses talents de souffleur de verre. Melena, solitaire à cause des fréquents voyages missionnaires de Frex, entame une liaison passionnée avec Turtle Heart. L’une des créations de Turtle Heart, un miroir, capte l’attention de la jeune Elphaba. À la fin de la première partie, Elphaba s’éloigne dans la campagne ; la famille la retrouve dans les bras d’une sorte de bête inconnue, regardant dans le miroir.
Le temps passe vite. Dans la section suivante, intitulée Gillikin, Elphaba commence l’université à Shiz, une grande ville de la région d’Oz appelée Gillikin. Sa colocataire, Galinda, l’ignore pendant une grande partie du premier semestre. À l’université, Elphaba se consacre aux droits des animaux. Dans ce roman, les animaux (en majuscules, par opposition aux animaux, en minuscules) vivent à peu près comme les humains. Ils vivent et travaillent dans la société traditionnelle. Ils parlent et beaucoup marchent debout. Cependant, le nouveau gouvernement d’Oz cherche à retirer des droits aux animaux. Ils souffrent déjà de nombreuses restrictions en matière de voyages et d’emploi. Galinda travaille avec un certain Dr Dillamond, un professeur de Crage Hall qui est également une chèvre. Au cours de sa première année, cependant, la tutrice ou assistante personnelle de Galinda, Ama Clutch, découvre le Dr Dillamond assassiné dans son bureau. Elphaba blâme la directrice de l’école, Madame Morrible et son assistante robotique, Grommetik. Après avoir vu le docteur Dillamond assassiné, Ama Clutch devient folle et vit à l’infirmerie de l’école. Galinda soupçonne que la folie est une dissimulation de Madame Morrible.
Après la mort d’Ama Clutch, Elphaba et Galinda, devenue Glinda, se rendent à Emerald City et obtiennent une rare audience avec le Magicien. Cependant, leurs inquiétudes ne reçoivent aucune attention. Elphaba renvoie Glinda à Shiz et disparaît dans Emerald City.
Quelques années plus tard, un vieil ami de Shiz, Fiyero, rencontre Elphaba par hasard à Emerald City, la capitale d’Oz, dans une chapelle de Sainte Galinda. Il la suit dans son appartement délabré et lui demande des informations sur sa vie. Bien qu’elle résiste au début, en raison de sa persistance et de la solitude d’Elphaba, les deux commencent une liaison. Au cours de leur liaison, il apprend qu’elle joue un rôle mineur dans certains complots contre le Magicien, l’actuel dirigeant d’Oz. Plus précisément, Elphaba doit assassiner Madame Morrible, qui travaille pour le Magicien. Lorsque vient le temps de mener à bien sa part du plan antigouvernemental, elle échoue. La même nuit, Fiyero retourne à l’appartement d’Elphaba, où des soldats de la Force Gale lui tendent une embuscade et l’attaquent. Tout le monde présume que Fiyero est mort.
Après un certain temps de convalescence mentale et physique dans un Mauntery, qui ressemble à un couvent, Elphaba se rend à Vinkus, la patrie de Fiyero, pour se réconcilier avec la veuve et les enfants de ce dernier. Sarima, la veuve, refuse de discuter de quoi que ce soit à propos de Fiyero avec Elphaba. Elle offre cependant à Elphaba du repos et un logement. Elphaba s’installe dans une tour du château. Un jeune garçon, Liir, le fils d’elle et de Fiyero, y vit également, venu avec elle du Mauntery. Elphaba, cependant, ne se souvient pas des circonstances de la naissance de Liir. Par conséquent, il ne sait jamais avec certitude qui sont ses parents. Seul le narrateur révèle cette information.
Après qu’Elphaba ait vécu avec Sarima pendant quelques mois, Nanny la retrouve. Elle insiste pour emménager avec elle. Elle explique qu’elle s’est auparavant occupée de la sœur d’Elphaba, Nessarose, qui est née sans bras. Grâce à des pantoufles ornées de pierres précieuses, ensorcelées par Glinda, Nessarose n’a plus besoin de Nanny. Après avoir retrouvé Elphaba, Nanny apprend également que sa sœur, Nessarose, a orchestré la sécession du Munchkinland d’Oz, une étape positive pour s’éloigner de la tyrannie du Magicien. Elphaba se rend chez sa sœur après des années de séparation, en utilisant son balai volant nouvellement découvert, qu’elle a reçu d’un vieux Maunt en quittant le Mauntery. Elle refuse de rester et d’aider Nessarose dans ses efforts politiques et retourne à Vinkus.
Des années plus tard, lors de la tornade fatale de l’histoire originale, la maison de Dorothy Gale tombe sur Nessarose, désormais appelée la Méchante Sorcière de l’Est, en raison de son règne strict sur Munchkinland. Elphaba est désormais appelée la Méchante Sorcière de l’Ouest, ou simplement la Sorcière, en grande partie parce qu’elle refuse de lutter contre les rumeurs qui se répandent à son sujet. La Sorcière assiste aux funérailles de sa sœur. Elle ne s’intéresse à Dorothy que lorsqu’elle apprend que la fille porte les pantoufles ornées de bijoux de Nessarose.
Le destin réunit Dorothy et la sorcière après que le sorcier ait exigé que Dorothy tue la sorcière avant d’exaucer le souhait de Dorothy de rentrer chez elle. Dorothy se rend avec le lion peureux, Nick Chopper, l’homme en fer-blanc et l’épouvantail à Kiamo Ko, au château de Vinkus. Là, Dorothy avoue qu’au lieu de chercher la mort pour la sorcière, elle souhaite demander pardon. À la demande de la chose même qu’elle n’a jamais reçue de Sarima, qui est maintenant morte, la sorcière devient désemparée. Elle met accidentellement le feu à ses vêtements en poursuivant Dorothy avec son balai enflammé. Lorsque Dorothy essaie de la sauver avec un seau d’eau, la sorcière meurt à cause de son allergie mortelle à l’eau.