La version suivante de ce livre a été utilisée pour créer ce guide d’étude : Groff, Lauren. Matrice. New York: Riverhead Books, 2021.
Lorsque le roman commence, nous sommes en 1158 et la protagoniste, Marie, a 17 ans et vient d’arriver à l’abbaye où elle doit vivre. Marie est originaire du Main, en France, où elle a été élevée par sa mère et ses tantes qui ont combattu lors de la deuxième croisade. La mère de Marie est décédée à l’âge de 12 ans et Marie a géré sa succession pendant deux ans avant que le décès ne soit découvert. Par la suite, elle a été envoyée à la cour d’Angleterre à Westminster, où elle vivait avec son demi-frère, qui est le roi d’Angleterre, et son épouse, la reine Eleanor (un personnage basé sur la vie réelle Eleanor d’Aquitaine). Marie est bouleversée parce qu’elle est amoureuse d’Aliénor et qu’Aliénor l’a renvoyée vivre à l’abbaye alors qu’elle n’a « aucune vocation pieuse » (5). Elle a également laissé derrière elle sa servante Cecily, avec qui elle entretenait une relation amoureuse.
L’abbaye est appauvrie et les religieuses qui y vivent meurent de faim et de maladie. Marie est accueillie par l’abbesse Emme et la sous-prieure Goda. Elle est désemparée, mais elle se lie d’amitié avec une autre religieuse novice nommée Ruth. Marie décide d’écrire un recueil de poèmes à envoyer à Eleanor, croyant que cela se traduira par son retour à la cour. Cependant, cela ne se produit pas. Au lieu de cela, Marie entend un jour les religieuses chanter dans la chapelle et envisage la possibilité de s’engager dans la vie à l’abbaye. Elle regarde les livres comptables et se rend compte qu’aucun des locataires vivant sur les terres environnantes ne paie de loyer. Elle se rend dans la maison d’une famille délinquante et les fait sortir de force de la propriété. Ensuite, les autres locataires paient ce qu’ils doivent.
Les religieuses apprennent qu’un de leurs champs est ravagé et Marie accompagne l’abbesse Emme pour accomplir un rituel destiné à apaiser les angoisses des habitants de la ville environnante, qui pourraient penser que la rouille est une preuve de sorcellerie ou du diable. Par la suite, Marie décide de s’engager pleinement dans l’abbaye, utilisant Eleanor comme « modèle » (60) pour devenir elle-même une femme puissante. Marie prend le voile et la vie à l’abbaye s’améliore sous sa direction. Elle rencontre un enfant nommé Wulfhild et l’invite à vivre à l’abbaye en tant qu’oblate.
Quand Marie a 35 ans, Wulfhild a 18 ans et quitte l’abbaye pour se marier. Marie en fait la bailli de l’abbaye, chargée de gérer les affaires de Marie en ville et d’en percevoir les loyers. Peu de temps après, Marie se casse une dent sur un noyau d’abricot et se rend à l’infirmerie. L’infirmatrice, Nest, enlève la dent, puis les deux ont une rencontre sexuelle. Une nouvelle religieuse arrive à l’abbaye nommée Tilde. C’est une cousine d’Eleanor. L’abbaye est devenue riche. L’abbesse Emme décède et Marie est élue abbesse pour la remplacer.
Marie a 47 ans et elle a une vision religieuse mettant en scène la Vierge Marie et une rose qui, selon elle, suggère qu’elle devrait construire un labyrinthe autour de l’abbaye afin qu’elle soit impénétrable aux étrangers. Ruth et Wulfhild sont sceptiques, mais tout le monde finit par accepter le plan et le labyrinthe est construit. Marie a une deuxième vision mettant en vedette la Vierge Marie et Eve qui prédit une visite d’Eleanor.
Eleanor arrive et elle et Marie discutent des défis d’être une femme puissante dans une société patriarcale. Quand Eleanor part, Marie sent qu’elle n’est plus en colère contre elle comme elle l’était pendant des années après avoir été envoyée à l’abbaye. Le mari d’Eleanor est mort et son fils est maintenant roi. Quand Eleanor part, Marie parcourt le labyrinthe nouvellement achevé et se sent fière de son exploit.
Peu de temps après, un groupe d’hommes de la ville tente de percer le labyrinthe. Marie, prévenue à l’avance par ses espions, envoie les religieuses et les locataires pour protéger le labyrinthe. Ils combattent les hommes, mais un locataire est tué dans le processus.
Marie a une autre vision, qu’elle interprète comme une suggestion de construire une nouvelle aile de l’abbaye, appelée la maison de l’abbesse. Des tailleurs de pierre sont embauchés pour aider à la construction. Une nouvelle novice arrive, nommée Avice, que ses parents ont surprise en train de coucher avec un homme. Marie est profondément attirée par la fille, qui ressemble à Eleanor. Plus tard, il est révélé qu’Avice est enceinte, vraisemblablement après avoir eu des relations sexuelles avec un tailleur de pierre. Elle meurt en couches et le bébé est mort-né.
Il y a un incendie en ville qui tue tout le personnel de l’église qui servait l’abbaye donc il n’y a personne pour présider la messe et la confession. Marie décide d’accomplir ces rites elle-même, et beaucoup de religieuses trouvent cela exaspérant, mais elles sont loyales et ne signalent pas Marie aux autorités de l’Église.
Marie vieillit et elle apprend qu’Eleanor est proche de la mort. Une autre novice, Sprota, arrive, et on pense qu’elle est particulièrement sainte. Elle est populaire auprès des autres novices et religieuses mais Marie pense que sa piété est un acte. Craignant que Sprota ne conteste son autorité, Marie annonce son intention d’établir une léproserie en ville et que Sprota s’occupe des lépreux. Comme Marie l’avait prédit, Sprota s’enfuit de la léproserie, pour ne plus jamais être revu à l’abbaye.
Eléonore meurt. Marie, inconsolable dans son chagrin, conçoit un autre projet : un barrage pour faire couler l’eau jusqu’à l’abbaye. Ce projet est mis en action, mais Wulfhild se surmène et tombe malade. Elle meurt peu après et Marie s’en veut.
Lorsque Marie a 71 ans, Tilde invite la vieille servante de Marie Cecily à rester à l’abbaye. Marie passe ses derniers jours avec la femme qu’elle a aimée il y a longtemps. Marie développe un cancer et meurt.
Après sa mort, Tilde est élevée au rang d’abbesse. Elle trouve le journal de Marie, où elle avait écrit ses visions. Elle brûle le journal. Les habitants de l’abbaye contemplent l’héritage de Marie et la croient apparentée à une sainte.