L’homme qui aimait les clowns est l’histoire du voyage de Delrita Jensen, 13 ans, vers l’acceptation de soi dans un monde où elle sent qu’elle doit constamment protéger son oncle handicapé, Punky.
Dans la première scène du roman, Delrita Jensen a du mal à fuir la nouvelle fille de l’école, Avanelle Shackleford, qui la poursuit alors qu’elle essaie clairement d’être amicale. Depuis que Delrita a déménagé à Tangle Nook, Missouri, sa mère la harcèle pour se faire des amis, mais Delrita cache un secret : elle vit avec son oncle Punky, qui a le syndrome de Down. Delrita craint que si les gens découvrent qu’ils se moquent de Punky, quelque chose qu’elle a passé toute sa vie à essayer d’empêcher. Afin de protéger Punky, Delrita s’est rendue socialement invisible, refusant les offres d’amitié et n’en faisant certainement pas la sienne. C’est une fille solitaire et triste, mais elle craint que laisser quelqu’un de nouveau dans sa vie ne lui apporte que de la douleur. Quand Avanelle rattrape enfin Delrita et l’invite à prendre un en-cas, Delrita la refuse brutalement.
Dans les jours qui suivent, Delrita en apprend beaucoup sur Avanelle et sa famille : ils vivent à la périphérie de la ville, ont une maison pleine d’enfants, vivent de l’aide sociale et ont un père en prison. Même si les filles sont des âmes sœurs – toutes deux avec un secret à cacher – Delrita refuse de se lier d’amitié avec elle, ou avec qui que ce soit d’autre. Quelques semaines plus tard, les parents de Delrita l’emmènent avec Punky à Silver Dollar City, une ville à l’ancienne où travaille un maître sculpteur sur bois. Le passe-temps favori de Delrita est de tailler du bois, elle est donc très excitée pour l’excursion. Ses parents la déposent avec Punky avant de se diriger plus au nord vers une foire aux antiquités. La journée ne pouvait pas être meilleure pour Delrita : elle et Punky font des manèges, mangent de la malbouffe et, mieux encore, visitent l’atelier du sculpteur sur bois, qui est une grande source d’inspiration pour Delrita. Lorsqu’ils sont censés rencontrer les parents de Delrita, cependant, Delrita a le soupçon tenace que quelque chose ne va pas. Alors que les minutes, et bientôt les heures, passent sans aucun signe de ses parents, Delrita sait que quelque chose de terrible s’est produit. C’est alors qu’elle apprend la nouvelle : ses parents ont été tués dans un accident de voiture. Elle et Punky sont envoyés vivre avec l’oncle Bert de Delrita (le frère de Punky) et la tante Queenie.
Delrita a du mal à s’adapter à la vie avec son oncle et sa tante, principalement parce que la nature exigeante de tante Queenie se heurte à l’alimentation et aux habitudes désordonnées de Punky. Delrita est indignée lorsque sa tante et son oncle suggèrent que Punky ferait bien dans un atelier protégé : un lieu pour adultes handicapés. La mère de Delrita avait consacré sa vie à s’occuper de Punky, et maintenant tante Queenie veut le renvoyer. Delrita jure que rien ne l’arrêtera pour protéger Punky, quel qu’en soit le prix.
Se sentant désespérément seule, Delrita accepte finalement l’offre d’Avanelle de venir après l’école. Les filles deviennent rapidement amies et Delrita a rapidement le béguin pour le frère aîné d’Avanelle, Tree. Pendant quelques semaines, Delrita entrevoit des lueurs de vrai bonheur alors qu’elle profite de son premier ami, dont toute la famille accepte Punky tel qu’il est sans se moquer de lui ni lui demander de changer. Malheureusement, un malentendu avec l’une des lettres d’Avanelle à son père en prison rompt l’heureuse amitié à peu près au même moment où tante Queenie réussit à envoyer Punky à l’atelier. Delrita a l’impression que son monde s’effondre à nouveau.
Sur l’insistance de tante Queenie, Delrita accompagne Punky au travail un matin et trouve que c’est un endroit très heureux : il a des amis, une petite amie et un sentiment de fierté qu’il n’a jamais eu auparavant. Delrita a honte de la façon dont elle a hébergé Punky, et elle se rend compte que ses propres peurs du rejet l’ont poussée à se cacher derrière le handicap de Punky, utilisant sa différence comme excuse pour se séparer de la société. Elle jure de changer, mais malheureusement, Avanelle ne veut pas lui pardonner. Au fil des semaines, Delrita se résigne à redevenir invisible. Et puis tout change, encore une fois : Delrita reçoit la terrible nouvelle que Punky a fait une crise cardiaque. Quelques jours plus tard, le meilleur ami et oncle de Delrita décède. Toute la ville se présente pour ses funérailles et Delrita se rend compte que Punky était très aimé de sa communauté. A la fin de la cérémonie, elle se jette dans les bras d’Avanelle, qui a compris que l’amitié de Delrita signifie tout pour elle aussi.