Les violettes sont bleues continue l’histoire du détective de la police de Washington DC Alex Cross. Dans le chapitre d’ouverture, Cross arrive sur les lieux du meurtre de sa partenaire et amante, Betsey Cavalierre. Avant qu’il ne finisse d’examiner la scène, il reçoit un appel de son ennemi juré, le Mastermind. Bien que le cerveau ait tourmenté et raillé Cross pendant un certain temps, il continue d’échapper aux autorités. Après avoir menacé la sécurité de la famille de Cross, le Mastermind jure que Cross sera sa prochaine victime.
L’histoire saute ensuite à San Fransisco, où deux jeunes soldats courent dans le Golden Gate Park. De nulle part, un tigre attaque le soldat masculin. Lorsque son amie tente d’appeler à l’aide, deux hommes l’attaquent, la mordent et la battent sauvagement. Ils lui disent qu’elle a été choisie. Kyle Craig, un détective du FBI, appelle Alex Cross dans l’affaire car cela ressemble à une affaire que Cross a travaillée à DC, où les tueurs ont pendu leur victime et ont vidé son sang. Lorsque la police apprend les caractéristiques des meurtres, elle entame une enquête sur l’étrange monde souterrain des vampires pratiquants.
Cross interviewe divers experts de la culture vampire, comme le Fresno Kid, un homme qui équipe les vampires d’extensions dentaires, en d’autres termes, de crocs. Les marques de morsure des tueurs correspondent à celles de quelqu’un avec des crocs étendus. Cross rencontre également l’expert en vampires Peter Westin à l’Université de Californie. Westin donne à Cross une description d’un vampire réel, par opposition à un vampire jouant un rôle. Lorsque Cross quitte sa réunion au Westin, il croit un peu plus aux vampires.
Malgré de multiples meurtres et d’innombrables heures de travail, les pistes en Californie se tarissent. Frustré, Cross rentre chez lui. Après avoir passé du temps à rattraper sa famille et son travail, il reçoit un autre appel de Craig. Un autre meurtre de style vampire a eu lieu en Caroline du Sud. Alors même que Cross et Craig enquêtent sur le crime en Caroline du Sud, la nouvelle d’un autre meurtre éclate, cette fois à Charlotte, en Caroline du Nord. Là, la police appréhende un certain nombre de jeunes vivant dans une commune vampire. Un jeune homme, Irwin, avoue avoir tué ses parents. Les autorités l’innocentent cependant des autres meurtres en cours. Avant la fin de l’interrogatoire, Irwin mord Cross. Les blessures s’infectent et le rétablissement de Cross le contraint à rentrer chez lui. Là, il découvre un lien entre les lieux des meurtres et le spectacle d’un magicien itinérant. Le FBI passe rapidement à la prochaine étape de l’émission, la Nouvelle-Orléans. Cross les rejoint dès que le médecin l’autorise à reprendre le travail.
Il devient vite clair que les magiciens, Daniel et Charles, pratiquent un style de vie vampirique. Cross et Jamilla Hughes, détectives de San Fransisco, assistent à un bal fétiche chez les magiciens. Là, Charles s’identifie comme The Sire, un meneur parmi les vampires. Cependant, juste au moment où il présente deux nouveaux princes vampires, les lumières s’éteignent. Quand ils reviennent, les deux princes gisent morts. D’autres fouilles de la maison révèlent également les cadavres des magiciens.
Il semble que l’enquête meurt à nouveau, jusqu’à ce que Hughes découvre une piste vers la capitale mondiale des vampires : Santa Cruz, en Californie. Lorsqu’elle s’y rend pour enquêter par elle-même, contre l’avis de Cross, deux hommes, également frères, l’enlèvent. Les deux frères, William et Michael Alexander, pratiquent le style de vie vampirique. À travers leurs yeux, les lecteurs sont témoins de nombreux meurtres sur lesquels Cross et Hughes enquêtent. Ils emmènent Hughes à la ferme où ils ont grandi et où réside maintenant une grande société de vampires.
Lorsqu’il ne parvient pas à contacter Hughes, Cross s’inquiète. Il apprend son voyage en solo à Santa Cruz et s’envole immédiatement pour la Californie, alertant Craig de la situation. Le FBI encercle la ferme et la surveille toute la nuit tout en obtenant des renseignements sur les habitants. Le lendemain matin, alors que les autorités s’approchent de la ferme, les vampires apparaissent par paires, vêtus de robes sombres à capuche. Lorsque Hughes tombe au sol, Cross la reconnaît et fait signe à un tireur d’élite de tuer l’homme qui la garde. Alors que les agents appréhendent ceux qui se trouvent à l’extérieur, Cross s’installe dans la maison à la recherche des frères Alexander.
Cross trouve l’entrée d’un long tunnel depuis l’intérieur de la maison. Il y pénètre, seulement pour découvrir que le tigre de compagnie d’Alexandre réside profondément à l’intérieur du tunnel. Lorsque Craig entre dans le tunnel derrière lui, Cross émet un avertissement. À l’approche du chat, Cross tire plusieurs fois, tuant finalement le tigre avant qu’il ne tue l’un ou l’autre des agents. Hughes, Craig et Cross se dirigent vers le bout du tunnel. Ils se retrouvent dans une grande grotte. Soudain, un camion leur tombe dessus. A l’intérieur, ils identifient les frères Alexandre. Cross tient bon alors qu’il tire. Même lorsque le camion recule et charge à nouveau, Cross continue de tirer. Le camion se retourne et roule à travers le champ. Fou de rage, Michael émerge. Craig tire un coup et arrête Michael avant d’attaquer Cross.
Cross s’approche du camion quand il remarque plus de mouvement. À l’intérieur, il trouve un William Cross mort et un Peter Westin vivant et toujours arrogant.
Les flics commencent à reconstituer l’affaire du vampire. Westin a rencontré les magiciens il y a quelque temps. Lorsqu’il s’est senti assez fort pour les évincer, il a ordonné aux frères Alexander de tuer le long du parcours du spectacle. Avec la mort de Charles, Westin a assumé le rôle de The Sire.
Cross se sent victorieux dans la résolution des meurtres de vampires, mais un malaise s’ensuit lorsqu’il se souvient que le Mastermind est en fuite. Au lieu de quitter la Californie, il monte la garde devant la maison de Jamilla Hughes à San Fransisco. Le Mastermind appelle, nargue et menace la famille de Cross à Washington DC. Alors que Cross commence à douter de la sagesse de sa décision, il repère le Mastermind dans la rue de Hughes.
Cross réalise de manière choquante que Kyle Craig est le cerveau. Dans une frénésie, il appelle Hughes, partageant la nouvelle avec elle. Elle lui ordonne d’entrer dans sa maison et les deux regardent Craig toute la nuit, en vain. Le lendemain, Cross partage sa découverte avec le FBI. Le directeur du FBI, Burns, partage des preuves à l’appui des affirmations de Cross. Cross organise la sécurité de sa famille et commence la poursuite de Kyle Craig.
La chasse au Mastermind, alias Craig, ramène Cross à Washington, où Craig tue l’ami de Cross au Washington Post, Taylor et sa femme. Cross déménage ensuite en Caroline du Nord, où il craint que Craig n’attaque Kate McTiernan, une ancienne victime du tueur en série Casanova. Cross s’installe dans la maison de McTiernan à Nags Head. Une fois sur place, Craig jaillit du grenier. Au cours de l’altercation qui a suivi, Craig poignarde Cross avec un pic à glace, mais Cross récupère et assomme Craig. Cross passe alors un appel sur le répondeur de son domicile. Cela lui permet d’enregistrer la conversation suivante avec Craig dans laquelle Craig avoue, entre autres, avoir tué Betsey Cavalierre.
Cross termine enfin le roman à la maison avec sa famille, se remettant des coups de couteau. Il repose dans la paix de sa vie, alors qu’il joue du piano sur sa véranda. Personne n’apporte des nouvelles d’un meurtre, de vampires ou de flics véreux. Cross se détend également en raison de sa décision de démissionner du département de police de Washington DC.