Violets are Blue continue l’histoire du détective Alex Cross de la police de Washington DC. Dans le premier chapitre, Cross arrive sur la scène du meurtre de sa partenaire et amante, Betsey Cavalierre. Avant d’avoir fini d’examiner la scène, il reçoit un appel de son ennemi juré, le Mastermind. Bien que le Mastermind ait tourmenté et nargué Cross pendant un certain temps, il continue d’échapper aux autorités. Après avoir menacé la sécurité de la famille de Cross, le Mastermind jure que Cross sera sa prochaine victime.
L’histoire se déroule ensuite à San Francisco, où deux jeunes soldats courent dans le Golden Gate Park. Soudain, un tigre attaque le soldat. Lorsque son amie tente de lui demander de l’aide, deux hommes l’attaquent, la mordent et la frappent sauvagement. Ils lui disent qu’elle a été choisie. Kyle Craig, un détective du FBI, appelle Alex Cross dans l’affaire car elle ressemble à une affaire que Cross a traitée à Washington, DC, où les tueurs ont pendu leur victime et l’ont saignée. Lorsque la police apprend les caractéristiques des meurtres, elle commence une enquête sur l’étrange monde souterrain des vampires pratiquants.
Cross interroge plusieurs experts de la culture vampirique, comme le Fresno Kid, un homme qui équipe les vampires d’extensions dentaires, autrement dit de crocs. Les marques de morsure des tueurs correspondent à celles de quelqu’un qui a des crocs allongés. Cross rencontre également l’expert en vampires Peter Westin à l’Université de Californie. Westin donne à Cross une description d’un vampire réel, par opposition à un vampire de jeu de rôle. Lorsque Cross quitte sa réunion à Westin, il croit un peu plus aux vampires.
Malgré de nombreux meurtres et d’innombrables heures de travail, les pistes en Californie se tarissent. Frustré, Cross rentre chez lui. Après avoir passé du temps avec sa famille et son travail, il reçoit un autre appel de Craig. Un autre meurtre de type vampire a eu lieu en Caroline du Sud. Alors que Cross et Craig enquêtent sur le crime en Caroline du Sud, la nouvelle d’un autre meurtre éclate, cette fois à Charlotte, en Caroline du Nord. La police y appréhende un certain nombre de jeunes vivant dans une communauté de vampires. Un jeune homme, Irwin, avoue avoir tué ses parents. Les autorités, cependant, le blanchissent des autres meurtres en cours. Avant la fin de l’interrogatoire, Irwin mord Cross. Les blessures s’infectent et la guérison de Cross le confine à son domicile. Là, il découvre un lien entre les lieux des meurtres et le spectacle d’un magicien itinérant. Le FBI se déplace rapidement vers la prochaine étape de l’émission, la Nouvelle-Orléans. Cross les rejoint dès que le médecin l’autorise à retourner au travail.
Il devient rapidement évident que les magiciens, Daniel et Charles, pratiquent un style de vie de vampire. Cross et Jamilla Hughes, des détectives de San Francisco, assistent à un bal fétichiste chez les magiciens. Là, Charles s’identifie comme le Sire, un meneur parmi les vampires. Cependant, au moment où il présente deux nouveaux princes vampires, les lumières s’éteignent. Lorsqu’elles se rallument, les deux princes gisent morts. Des recherches plus poussées dans la maison révèlent également les cadavres des magiciens.
L’enquête semble tourner court jusqu’à ce que Hughes découvre une piste menant à la capitale mondiale des vampires : Santa Cruz, en Californie. Alors qu’elle s’y rend seule pour enquêter, contre l’avis de Cross, deux hommes, également frères, l’enlèvent. Les deux frères, William et Michael Alexander, pratiquent le style de vie des vampires. À travers leurs yeux, les lecteurs sont témoins de nombreux meurtres sur lesquels Cross et Hughes enquêtent. Ils emmènent Hughes à la ferme où ils ont grandi et où réside désormais une grande société de vampires.
Cross s’inquiète lorsqu’il ne parvient pas à contacter Hughes. Il apprend qu’elle est partie seule à Santa Cruz et retourne immédiatement en Californie, alertant Craig de la situation. Le FBI encercle la ferme et la surveille toute la nuit tout en recueillant des renseignements sur les habitants. Le lendemain matin, alors que les autorités s’approchent de la ferme, les vampires apparaissent par deux, vêtus de robes sombres à capuche. Lorsque Hughes tombe à terre, Cross la reconnaît et fait signe à un sniper de tuer l’homme qui la garde. Alors que les agents appréhendent ceux qui se trouvent à l’extérieur, Cross entre dans la maison à la recherche des frères Alexander.
Cross trouve l’entrée d’un long tunnel depuis l’intérieur de la maison. Il y entre, mais découvre que le tigre de compagnie d’Alexander réside au fond du tunnel. Lorsque Craig entre dans le tunnel derrière lui, Cross lance un avertissement. Alors que le chat s’approche, Cross tire plusieurs fois, tuant finalement le tigre avant qu’il ne tue l’un ou l’autre des agents. Hughes, Craig et Cross se dirigent vers le bout du tunnel. Ils se retrouvent dans une grande grotte. Soudain, un camion fonce sur eux. À l’intérieur, ils identifient les frères Alexander. Cross tient bon tout en tirant. Même lorsque le camion recule et charge à nouveau, Cross continue de tirer. Le camion se retourne et roule à travers le champ. En colère, Michael émerge. Craig tire un coup de feu et arrête Michael avant d’attaquer Cross.
Cross s’approche du camion lorsqu’il remarque d’autres mouvements. À l’intérieur, il trouve un William Cross mort et un Peter Westin vivant et toujours arrogant.
Les policiers commencent à reconstituer l’affaire des vampires. Westin a rencontré les magiciens il y a quelque temps. Lorsqu’il s’est senti assez fort pour les chasser, il a demandé aux frères Alexander de commettre des meurtres tout au long du parcours du spectacle. Avec la mort de Charles, Westin a assumé le rôle du Sire.
Cross se sent victorieux en élucidant les meurtres de vampires, mais il se sent mal à l’aise lorsqu’il se rappelle que le cerveau est en liberté. Au lieu de quitter la Californie, il monte la garde devant la maison de Jamilla Hughes à San Francisco. Le cerveau appelle, se moquant et menaçant la famille de Cross à Washington DC. Alors que Cross commence à douter de la sagesse de sa décision, il aperçoit le cerveau dans la rue de Hughes.
Cross réalise avec stupeur que Kyle Craig est le cerveau du complot. Frénétique, il appelle Hughes pour lui faire part de la nouvelle. Elle lui ordonne d’entrer chez elle et tous deux guettent Craig toute la nuit, en vain. Le lendemain, Cross fait part de sa découverte au FBI. Le directeur du FBI, Burns, partage des preuves qui soutiennent les affirmations de Cross. Cross prend des dispositions pour la sécurité de sa famille et se lance à la poursuite de Kyle Craig.
La chasse au cerveau, alias Craig, ramène Cross à Washington, où Craig tue l’ami de Cross au Washington Post, Taylor et sa femme. Cross déménage ensuite en Caroline du Nord, où il craint que Craig n’attaque Kate McTiernan, une ancienne victime du tueur en série Casanova. Cross s’installe dans la maison de McTiernan à Nags Head. Une fois sur place, Craig surgit du grenier. Au cours de l’altercation qui s’ensuit, Craig poignarde Cross avec un pic à glace, mais Cross se reprend et assomme Craig. Cross passe ensuite un appel sur son répondeur personnel. Cela lui permet d’enregistrer la conversation suivante avec Craig dans laquelle Craig avoue, entre autres choses, avoir tué Betsey Cavalierre.
Cross termine finalement le roman chez lui avec sa famille, se remettant de l’agression au couteau. Il se repose dans la paix de sa vie, tout en jouant du piano sur sa véranda. Personne ne lui apporte de nouvelles d’un meurtre, de vampires ou de policiers corrompus. Cross se détend également en raison de sa décision de démissionner du département de police de Washington DC.