Selon des données préliminaires d’Afrique du Sud, endurer une première infection à omicron ne vous épargnera peut-être pas les sous-variantes d’omicron.
Le pays est actuellement au début d’une nouvelle vague d’infections, principalement causée par deux sous-variantes du coronavirus omicron, BA.4 et BA.5. Malgré une vague impressionnante de cas de la variante initiale BA.1 omicron en décembre qui a infecté une grande partie du pays, les nouveaux cas d’omicron ont augmenté de 259% au cours des deux dernières semaines, selon le suivi des données par le New York Times. Les hospitalisations sont également en hausse et les décès ont augmenté de 18 %.
Les données préliminaires publiées en ligne la semaine dernière aident à expliquer pourquoi les cas augmentent à nouveau – les sous-variantes BA.4 et BA.5 omicron peuvent échapper aux anticorps neutralisants générés par les infections de BA.1. Pour l’étude, dirigée par le virologue Alex Sigal de l’Africa Health Research Institute, les chercheurs ont opposé des anticorps neutralisants de personnes infectées par BA.1 à BA.4 et BA.5 dans un laboratoire. Ils avaient des échantillons de 24 personnes non vaccinées infectées par BA.1 et 15 personnes vaccinées qui avaient également eu une infection BA.1 (huit personnes avaient été vaccinées avec le vaccin Pfizer/BioNTech et sept avaient le vaccin Johnson & Johnson).
Pour les personnes non vaccinées, les niveaux d’anticorps neutralisants étaient 7,6 fois et 7,5 fois plus faibles contre BA.4 et BA.5, respectivement, par rapport aux niveaux contre BA.1. Chez les personnes vaccinées, la baisse a été plus courte : 3,6 fois et 2,6 fois plus faible contre BA.4 et BA.5, respectivement.
En constante évolution
Bien que l’étude soit de petite taille et que les données soient préliminaires, les résultats suggèrent que les dernières sous-variantes d’omicron peuvent contrecarrer la protection générée par les versions antérieures d’omicron. Cependant, la vaccination semble atténuer le bord des sous-variantes. Les niveaux globaux de neutralisation contre BA.4 et BA.5 étaient cinq fois plus élevés chez les personnes vaccinées que chez celles qui n’étaient pas vaccinées.
Pourtant, dans les endroits où la couverture vaccinale est faible ou où les protections vaccinales diminuent, BA.4 et BA.5 peuvent avoir la capacité de générer une nouvelle vague de cas, comme cela semble être la situation actuelle en Afrique du Sud.
Aux États-Unis, où la couverture vaccinale est relativement élevée, mais où la protection peut diminuer, les BA.4 et BA.5 n’ont jusqu’à présent été trouvés qu’à de faibles niveaux. Pour l’instant, une sous-variante différente, BA.2, domine actuellement et provoque une augmentation des cas. BA.2 est similaire à BA.4 et BA.5 – BA.2 diffère de BA.4 et BA.5 par seulement trois mutations et une délétion dans la protéine de pointe critique du virus.
Mais, les experts américains surveillent de plus près encore une autre sous-variante, BA.2.12.1, qui a un profil de mutation similaire à BA.2 mais a deux mutations supplémentaires. L’une des mutations dans BA.2.12.1 se trouve au même endroit qu’une mutation unique dans BA.4 et BA.5 – position d’acide aminé 452.
Alors que BA.2 est toujours la variante dominante aux États-Unis, BA.2.12.1 gagne rapidement du terrain. Actuellement, BA.2 représente environ 68 % des cas de SRAS-CoV-2 aux États-Unis, et BA.2.12.1 représente environ 29 %, selon les Centers for Disease Control and Prevention.