Cléopâtre n’a que sept ans lorsque les Romains arrivent en Égypte. Elle plaide auprès de son père pour avoir la possibilité d’assister à un banquet en l’honneur des Romains. Lorsque son père se ridiculise, elle prend le contrôle de la situation et devient le centre de l’attention. Les années passent et son père est exilé. Les sœurs aînées de Cléopâtre profitent de son absence et prennent le contrôle du trône. Cléopâtre tente de rester hors de vue de ses sœurs, espérant qu’elle ne sera pas tuée pour avoir été une menace pour elles. Les deux jeunes femmes ne sont aux commandes que peu de temps lorsque la plus âgée est assassinée par la plus jeune. La plus jeune se marie alors et se prépare à être la dirigeante, mais le père de Cléopâtre la renverse et Cléopâtre est obligée de regarder sa sœur se faire exécuter publiquement. Cléopâtre devient co-dirigeant avec son père et reste dans ce rôle jusqu’à la mort de son père. Ensuite, sa sœur et son frère cadets prennent le trône et Cléopâtre est laissée à l’extérieur de la ville d’Alexandrie.
Les Romains reviennent et Cléopâtre se retrouve prête à faire appel à César pour l’aider à retrouver son trône. César oblige et les deux dirigeants commencent une histoire d’amour qui dure des années. Les deux jeunes frères et sœurs de Cléopâtre sont finalement tués lors de bouleversements ultérieurs et elle se retrouve avec un seul frère cadet. Conformément à la tradition, elle l’épouse afin qu’ils soient co-dirigeants, mais ils restent en fait chastes dans leur amour l’un pour l’autre. Cléopâtre a un fils, engendré par César, et le garçon est bientôt connu sous le nom de Césarion, ou « Petit César ». Il n’est pas reconnu à Rome, un fait qui hante Cléopâtre, de sorte qu’elle oblige César à reconnaître publiquement Césarion comme son fils, bien que le garçon n’hérite de rien à la mort de son père.
La mort de César laisse Rome dans un tumulte et Marc Antoine émerge bientôt en tant que leader. Il convoque Cléopâtre, mais elle refuse d’obtempérer pendant un certain temps. Dès leur première rencontre, ils commencent une liaison. Cléopâtre accouche de jumeaux mais ne dit pas à Antoine sa grossesse. Il épouse la sœur d’un allié politique mais la quitte finalement pour épouser Cléopâtre. Les deux unissent leurs forces militaires et se battent pour prendre le contrôle d’un vaste empire. La richesse de l’Égypte signifie qu’Antoine peut embaucher un grand nombre de troupes, mais les rumeurs font que beaucoup d’entre elles font défection.
Alors que Cléopâtre et Antoine font face à la réalisation qu’ils vont être envahis par les Romains, ils sont obligés de prendre des décisions dramatiques. Cléopâtre renvoie Césarion, espérant le garder en sécurité. Antoine, craignant d’être capturé au combat, se poignarde mais parvient à revenir au château, où il meurt dans les bras de Cléopâtre. Elle sait qu’elle va être emmenée à Rome où elle sera exhibée dans un défilé triomphal célébrant la chute de l’Égypte et convainc ses ravisseurs de lui permettre une fête dans la tombe d’Antoine, un rituel important pour sa culture. Là, elle s’est arrangée pour qu’un aspic soit livré dans un panier. Elle s’accroche au serpent pour qu’il la morde. Son ami d’enfance et confident Olympos reprend l’histoire à sa mort et dit que Césarion est plus tard capturé et tué également. Les trois autres enfants sont emmenés à Rome où ils sont défilés dans le défilé triomphal puis emmenés dans la maison de leur ravisseur.