Cléopâtre n’a que sept ans lorsque les Romains arrivent en Égypte. Elle supplie son père de pouvoir assister à un banquet en l’honneur des Romains. Lorsque son père se ridiculise, elle prend le contrôle de la situation et devient le centre de toutes les attentions. Les années passent et son père est exilé. Les sœurs aînées de Cléopâtre profitent de son absence et prennent le contrôle du trône. Cléopâtre tente de rester hors de vue de ses sœurs, espérant qu’elle ne sera pas tuée parce qu’elle constitue une menace pour elles. Les deux jeunes femmes ne contrôlent que peu de temps lorsque la plus âgée est assassinée par la plus jeune. La plus jeune se marie alors et se prépare à devenir dirigeante, mais le père de Cléopâtre la renverse et Cléopâtre est obligée d’assister à l’exécution publique de sa sœur. Cléopâtre devient co-dirigeante avec son père et reste dans ce rôle jusqu’à la mort de son père. Puis sa sœur cadette et son frère montent sur le trône et Cléopâtre se retrouve hors de la ville d’Alexandrie.
Les Romains reviennent et Cléopâtre se retrouve prête à faire appel à César pour l’aider à reconquérir son trône. César oblige et les deux dirigeants entament une histoire d’amour qui dure des années. Les deux jeunes frères et sœurs de Cléopâtre sont finalement tués lors de bouleversements ultérieurs et elle se retrouve avec un seul frère cadet. Conformément à la tradition, elle l’épouse pour qu’ils soient co-dirigeants, mais ils restent en fait chastes dans leur amour l’un pour l’autre. Cléopâtre a un fils, engendré par César, et le garçon est bientôt connu sous le nom de Césarion, ou « Petit César ». Il n’est pas reconnu à Rome, un fait qui hante Cléopâtre, de sorte qu’elle oblige César à reconnaître publiquement Césarion comme son fils, bien que le garçon n’hérite de rien à la mort de son père.
La mort de César laisse Rome dans un tumulte et Marc Antoine émerge bientôt comme un leader. Il convoque Cléopâtre, mais elle refuse d’obtempérer pendant un certain temps. Dès leur première rencontre, ils entament une liaison. Cléopâtre accouche de jumeaux mais ne parle pas à Antoine de sa grossesse. Il épouse la sœur d’un allié politique mais finit par la quitter pour épouser Cléopâtre. Les deux unissent leurs forces militaires et se battent pour prendre le contrôle d’un vaste empire. La richesse de l’Égypte signifie qu’Antoine peut embaucher un grand nombre de troupes, mais les rumeurs poussent nombre d’entre elles à faire défection.
Alors que Cléopâtre et Antoine se rendent compte qu’ils vont être envahis par les Romains, ils sont obligés de prendre des décisions dramatiques. Cléopâtre renvoie Césarion, dans l’espoir de le protéger. Antoine, craignant d’être sur le point d’être capturé au combat, se poignarde mais parvient à regagner le château, où il meurt dans les bras de Cléopâtre. Elle sait qu’elle va être emmenée à Rome où elle participera à un défilé triomphal célébrant la chute de l’Égypte et convainc ses ravisseurs de lui permettre un festin dans la tombe d’Antoine, un rituel important pour sa culture. Là, elle a fait livrer un aspic dans un panier. Elle s’accroche au serpent pour qu’il la morde. Son ami d’enfance et confident Olympos reprend l’histoire de sa mort et dit que Césarion est également capturé et tué plus tard. Les trois enfants restants sont emmenés à Rome où ils participent au défilé triomphal, puis emmenés au domicile de leur ravisseur.