Le meilleur ami de l’homme était le premier des nombreux animaux que l’homme a domestiqués. Mais il n’y avait pas de moment clair avant et après où les chiens étaient soudainement une population distincte de loups. Alors que certains squelettes anciens sont clairement des chiens, il y a beaucoup de squelettes ambigus avant cela. Il est possible d’avoir une idée de ce qui s’est passé en utilisant les génomes de chiens modernes et anciens. Mais cette analyse dépend fortement de ce à quoi vous pensez que les populations de loups dont les chiens sont issus ressemblent.
Maintenant, les chercheurs ont généré une image beaucoup plus claire des 100 000 dernières années d’évolution du loup. L’image qu’il dépeint est une population qui est restée une seule unité bien qu’elle soit répartie sur les continents de l’Arctique, avec la population sporadiquement rafraîchie à partir d’un noyau centré en Sibérie. De nombreuses races de chiens semblent provenir d’une population de loups d’Asie de l’Est. Mais d’autres semblent avoir également reçu une contribution importante d’une population du Moyen-Orient, mais il n’est pas clair si cette population était des loups ou des chiens.
Loups autour du nord
La capacité de séquencer l’ADN ancien était essentielle à ce nouveau travail, qui impliquait d’obtenir l’ADN de 66 squelettes de loups qui couvrent collectivement environ 100 000 ans d’évolution, y compris la majeure partie de la dernière période glaciaire. Les loups se trouvent dans l’hémisphère nord, et les squelettes utilisés ici ont tendance à être plus proches de l’Arctique (probablement en partie parce que l’ADN survit mieux dans les climats plus froids). Mais ils sont largement distribués, avec l’Europe, l’Asie et l’Amérique du Nord représentées. Les chercheurs ont également inclus cinq anciens génomes de loups que d’autres avaient analysés, ainsi que certains génomes de loups modernes.
En règle générale, vous vous attendez à trouver des populations régionales qui ne se mêlent pas souvent à leurs relations plus éloignées. Si vous cartographiez les génomes les plus étroitement liés, vous constaterez généralement qu’ils se regroupent. Ce n’est pas le cas ici; au lieu de cela, les anciens génomes de loups se sont regroupés dans le temps. Autrement dit, un loup donné était plus susceptible d’être étroitement lié à d’autres loups vivants à peu près au même moment, peu importe où ces loups vivaient sur la planète.
Des études sur les loups modernes ont indiqué que les populations locales se sont développées après le dernier pic de la dernière période glaciaire. Mais toutes ces populations sont plus similaires les unes aux autres que les loups autour avant le pic de la période glaciaire.
Comment ces animaux ont-ils conservé une continuité génétique sur les immenses distances qui les séparaient ? Apparemment, par des expansions répétées de la population en Sibérie. Il y avait une population européenne distincte de loups quelque part avant il y a 100 000 ans. Mais les arrivées continues de Sibérie ont progressivement réduit la présence européenne ancestrale entre 10 et 40%, selon l’animal. En Amérique du Nord, en revanche, tous les loups actuels sont principalement issus de la Sibérie, le reste étant une contribution du croisement avec des coyotes.
L’une des conséquences d’avoir une population mondiale est que les mutations favorables se propagent rapidement dans le monde entier. Les chercheurs ont trouvé 24 zones du génome qui semblent porter des adaptations utiles, et toutes ces étendues d’ADN utiles apparaissent dans toutes les populations de loups examinées.
Allé aux chiens
Alors, que dire des chiens ? Ils ressemblent aussi aux loups de Sibérie qui étaient vivants juste avant le dernier pic de l’ère glaciaire. Mais lorsque tous les loups plus âgés que ce point ont été testés pour une relation étroite avec les chiens, la connexion n’était pas solide. Cela suggère que si les chiens sont issus d’une population de loups spécifique, nous n’avons pas d’ADN de cette population.
Mais les chercheurs ont découvert qu’il y avait une bonne correspondance si vous aviez une population composée principalement de loups de Sibérie avec une fraction de son ADN (entre 10 et 20 %) provenant d’un canidé différent, le dhole, qui se trouve également en Asie. Certaines races de chiens d’Asie de l’Est semblent avoir conservé cette ascendance jusqu’à nos jours.
Mais d’autres races en Europe et en Afrique semblent avoir une grande contribution d’une population de loups qui est plus étroitement liée à un loup actuel de Syrie. Les chercheurs estiment qu’un chien du Moyen-Orient d’il y a environ 7 500 ans avait environ la moitié de son génome de cette source locale et l’autre moitié d’ancêtres sibériens. De nombreux chiens en Afrique et en Europe ont entre 20 et 60 % de leurs génomes de cet ancêtre supplémentaire.
Dans l’ensemble, leurs données favorisent un modèle où les chiens ont d’abord été domestiqués en Asie de l’Est, où la plupart des races présentes sont uniquement issues d’ancêtres sibériens. Mais au fur et à mesure que notre meilleur ami se répandait en Asie avec nous, il est entré en contact avec une autre population, probablement proche du Moyen-Orient. Cette population aurait pu être des loups, aurait pu être une population de chiens qui avaient été domestiqués séparément, ou elle aurait pu être quelque part entre les deux – il n’y a aucun moyen de le dire avec des données génétiques.
Dans tous les cas, les données sur les loups fournissent un contexte sur les raisons pour lesquelles l’ascendance des chiens a été si difficile à trier : Génétiquement, les loups ont la particularité d’avoir une population mondiale qui est régulièrement augmentée d’une manière qui perturbe les populations régionales stables à long terme. . L’une des conséquences de cela est qu’il n’y a pas grand intérêt à rechercher une population de loups à laquelle les chiens sont étroitement liés pour identifier où les chiens ont été domestiqués. Même si cette population de loups existait à l’époque, elle finirait probablement par se mélanger avec d’autres populations peu de temps après.
La nature2022. DOI : 10.1038/s41586-022-04824-9 (À propos des DOI).