La version suivante de ce livre a été utilisée pour créer le guide : McCarthy, Kevin. Les loups d’Eden. WW Norton & Company, Inc., 2019.
Wolves of Eden est divisé en 49 chapitres répartis sur trois grandes sections, chacune commençant par un extrait d’une autre œuvre littéraire. Le roman se déroule en 1866, au lendemain de la guerre civile américaine. L’action est divisée en deux ou plusieurs récits, généralement soit en suivant le capitaine Molloy et le sergent Kohn alors qu’ils enquêtent sur un triple meurtre, soit en suivant Michael O’Driscoll alors qu’il écrit un récit depuis la prison des plusieurs mois qui ont précédé le présent. Le décor principal du roman est Fort Phil Kearny dans le territoire du Dakota, bien que les événements se déroulent à divers endroits sur la piste Bozeman.
Au cours de la première partie du roman, le capitaine Molloy se réveille d’un état d’ébriété pour assister à une réunion avec son officier supérieur, le général Cooke. Cooke lui dit de se rendre à Fort Phil Kearny pour enquêter sur un triple meurtre. En échange, Molloy peut choisir le régiment qu’il souhaite rejoindre. Molloy, son aide de camp Daniel Kohn, un éclaireur Pawnee nommé Jonathan et un soldat nommé Rawson se mettent tous sur la piste. En chemin, ils rencontrent un convoi de chariots de Mennonites tourmentés par des Indiens Sioux et chassent ces derniers. Les Mennonites refusent cependant de les aider en retour, affirmant qu’ils sont pacifistes et ne peuvent pas aider les soldats. Kohn leur conseille de faire demi-tour, car ils n’atteindront pas leur destination si leur bétail a disparu suite à l’attaque indienne.
Cette nuit-là, Kohn entend un coup de feu provenant du campement mennonite et réveille Molloy. Molloy, qui a bu, tente de monter à cheval mais tombe, se brisant la jambe. Kohn assure que les mennonites sont indemnes avant de retourner à Molloy, et Jonathan prépare un cataplasme pour la blessure avant de remettre l’os en place. Le reste de leur voyage vers Fort Phil Kearny dure six jours, car la civière de Molloy ralentit leur progression.
Le récit de Molloy est entrecoupé par le récit de Michael sur son passé et celui de son frère, jusqu’au triple meurtre dont il est accusé. Il commence par raconter que lui et son frère ont pris du travail comme ouvriers agricoles après la guerre civile, mais n’ont pas réussi à trouver un emploi stable car les agriculteurs préféraient embaucher des ouvriers noirs qu’ils pouvaient payer moins. Après avoir essayé de trouver du travail pendant un certain temps, les frères décident de se réengager dans l’armée. Ils choisissent de prendre le nom d’O’Driscoll cette fois-ci afin d’échapper à un incident passé dans l’armée. Tom avait reçu une balle de mousquet dans la bouche lors d’une bataille à Chickamauga, et pendant que Michael s’occupait de lui, ils ont tous deux failli être arrêtés pour désertion jusqu’à ce que Molloy intervienne et les libère. Les frères nouvellement nommés O’Driscoll rencontrent pour la première fois le cantinier, qui devient plus tard une victime de meurtre et l’objet d’une enquête, alors qu’il essaie de leur vendre le double des provisions dont ils ont besoin afin de partager les bénéfices avec un sergent nommé Nevin. Ils refusent tous les deux et parviennent à se mettre du bon côté de Nevin malgré le fait qu’ils aient échappé à son stratagème.
Alors que Molloy se remet de ses blessures à l’hôpital de Fort Phil Kearny, Kohn prend lui-même en charge l’enquête sur le triple meurtre. Il découvre rapidement qu’une prostituée amérindienne du nom de Sarah était présente la nuit des meurtres et découvre également l’existence d’une série de livres de comptes appartenant à l’ancien vivandier contenant les dettes que lui devaient les soldats autour du fort. Kohn se rend chez le chef du fort, le colonel Carrington, pour obtenir la permission de procéder, puis se rend dans les quartiers de Carrington afin de parler à Sarah qui travaille désormais comme domestique pour la femme de Carrington. Il n’apprend cependant pas grand-chose d’elle et un jour, pendant son sommeil, il reçoit la visite de deux soldats anonymes qui lui disent que les livres de comptes sont en possession du forgeron du fort, nommé Ezekiel Sweetman.
Pendant ce temps, le récit de Michael continue le voyage des frères jusqu’à Fort Phil Kearny. Ils s’arrêtent à Fort Leavenworth en chemin, où les deux deviennent fantassins montés aux côtés d’un capitaine nommé Brown. Ils se dirigent ensuite vers Fort Phil Kearny, et en chemin, Tom rencontre Sarah pour la première fois et tombe amoureux d’elle. Ils arrivent enfin sur le site de Fort Phil Kearny et commencent à construire, et vivent des escarmouches avec les Sioux presque quotidiennement. Tom visite fréquemment la taverne du cantinier où travaille Sarah. Ils font également la connaissance d’un jeune photographe nommé Ridgeway Glover, qui, bien que ne faisant pas partie de l’armée, voyage néanmoins avec eux et devient leur ami proche. Michael, son frère et les autres soldats deviennent plus sauvages et féroces au fil du temps et ils vivent plus de combats avec les Sioux.
Kohn continue son enquête sur le meurtre et finit par récupérer les livres de comptes du forgeron par la force après qu’il ait refusé de les vendre. Dans les livres, Kohn note la dette exceptionnellement importante de Thomas O’Driscoll, qui passe beaucoup de temps avec Sarah. Convaincu que la dette écrasante due au vivandier constitue la preuve du meurtre, Kohn souhaite l’arrêter. Molloy, maintenant réveillée, reste sceptique et exige d’abord qu’ils aillent voir une autre prostituée du nom de Two Doves ainsi que Ridgeway Glover. Kohn, cependant, quitte finalement le fort pour se rendre au camp de bûcherons où travaillent les O’Driscoll et tente de les arrêter tous les deux. Au cours de la discussion, cependant, un groupe de Sioux descendent sur le camp et tentent de voler du bétail, et au cours de l’escarmouche, Ridgeway Glover est tué et mutilé. Désemparé, Michael se rend à Kohn.
Le récit de Michael décrit la nuit du triple meurtre. Le sergent Nevin est tué par les Sioux et, dans un acte de vengeance, un groupe de soldats décide de massacrer un camp voisin d’Indiens amicaux. Carrington et les autres cadres supérieurs arrivent cependant à cheval pour les arrêter, et Michael et Tom parviennent à s’échapper sans se faire repérer vers la taverne du vivandier. Ils y passent la nuit en paix jusqu’à ce que la femme du vivandier gifle Sarah au visage, ce qui pousse Tom à l’attraper par la gorge. Le garde du corps du vivandier tente de l’arrêter et Michael l’abat, puis Tom tue le vivandier lui-même. Sarah et les autres prostituées poignardent ensuite la femme du vivandier. C’est à ce moment du roman que les récits de Michael et de Kohn convergent.
Michael étant désormais en détention, Kohn tente d’obtenir des aveux, mais Michael souhaite parler uniquement à Molloy, qui les a sauvés, lui et Tom, à Chickamauga. Tom, quant à lui, se cache dans le camp d’exploitation forestière pour échapper à l’enquête de Kohn. Une nuit, Sarah vient le voir dans sa cachette et les deux s’échappent ensemble. Le lendemain, Molloy parle à Michael et exprime sa conviction qu’il n’a rien fait de mal en tuant le vivandier, lorsque l’alarme se déclenche dans le fort pour que tous les hommes disponibles combattent un groupe de guerriers sioux qui approche. Michael et Kohn vont tous les deux se battre et, étant largement dépassés en nombre, sont probablement tués sur le champ de bataille. Molloy, toujours blessé et mourant d’une insuffisance hépatique due à l’alcool, rend une dernière visite à Jonathan alors que les soldats sont massacrés par les Sioux sur le champ de bataille voisin.