Les enseignements de Don Juan : une voie de connaissance Yaqui décrit les effets de trois drogues hallucinogènes prises par un étudiant diplômé sous la supervision d’un chaman indien Yaqui, d’abord sous forme de récit des expériences, puis sous forme d’analyse systématique et scientifique.
Cherchant des informations sur le peyotl, Carlos Castaneda rencontre un chaman expert Yaqui, Don Juan Matus. Après un an d’amitié grandissante et une épreuve qui montre qu’il a le courage de rencontrer face à face le « Mescalito », l’anthropomorphisme des hallucinations provoquées par l’ingestion de boutons de peyotl, Castaneda entame un apprentissage « long et ardu ». Au cours de sa première expérience avec le peyotl, Castaneda convulse et se sent étouffé, mais se gambade avec un chien noir brillant, dont Matus lui assure qu’il s’agit du Mescalito dans une rare démonstration d’espièglerie. Matus lui conseille de se concentrer sur sa vocation plutôt que sur sa peur et de voir les merveilles qui l’entourent.
Peu à peu, suivant la méthodologie de son bienfaiteur, Matus présente Castaneda à ses alliés. Ils ne sont ni des gardiens ni des esprits, mais ils aident à accomplir de grandes choses. Des étapes précises sont nécessaires pour acquérir des alliés. Bien qu’il n’aime pas l’alliée de son bienfaiteur, l’herbe du diable, Matus le lui présente en premier, lui montrant comment cueillir et préparer les quatre « têtes », et lui donne une potion à boire. Malgré ses effets secondaires douloureux, Matus est convaincu que l’allié Datura l’aime bien. Matus présente ensuite son propre « allié le plus merveilleux », la « fumée des devins ».
Castaneda apprend à cultiver le Datura et à préparer le mélange de fumée. Matus lui dit qu’apprendre est une épreuve que tout le monde peut entreprendre, mais que peu de gens réussissent. Pour devenir un « homme de connaissance », il faut vaincre quatre « ennemis naturels » : la peur, la clarté d’esprit, le pouvoir et la vieillesse. L’issue ne peut être prévue, et l’État ne dure qu’un instant après avoir vaincu le quatrième. Matus enseigne la « deuxième partie » de Datura, où commence le véritable apprentissage. Il permet de planer dans les airs. Castaneda en fait l’expérience à deux reprises, en accomplissant un rituel élaboré impliquant des lézards, et la deuxième fois, il se sent chez lui, planant dans une obscurité sereine. Il qualifie la nuit de « vraiment magnifique » et ne pense pas que le mal de tête l’empêchera d’essayer à nouveau l’herbe.
Castaneda fume ensuite pour la première fois et est terrifiée par les sensations. Les surfaces solides sont spongieuses et terrifiantes. Il hésite à réessayer, déclarant que c’est comme perdre la tête. La dernière rencontre de Castaneda avec Mescalito a lieu lors d’une cérémonie de quatre jours au peyotl pour peyoteros et leurs apprentis. Mescalito lui apprend une chanson (qu’il mémorise), le montre en train de parler intimement avec son père et révèle un nom secret réservé à l’usage de Castaneda. Matus déclare que cela signifie que Mescalito l’approuve et lui a donné une leçon claire sur le seul chemin et le seul « monde du bonheur » pour lui.
Castaneda exécute seul le rituel du lézard, en s’oignant distraitement le front, ce qui est interdit. Datura, cependant, épargne sa vie. Il préfère toujours l’herbe du diable à la fumée, car la fumée est si effrayante. Matus dit qu’il est libre de choisir son chemin, mais qu’il doit se rendre compte qu’il est tous deux aveugle : la fumée par la peur et l’herbe du diable par l’ambition. Il fume à nouveau et se sent se transformer en corbeau dans un processus difficile, mais pas douloureux. La fois suivante, il faudra trois jours à Matus pour le ramener. Il apprend que son destin, un jour, est de mourir et de devenir pleinement un corbeau.
Castaneda éprouve une dissociation, diagnostique une « perte d’âme » et un véritable envoûtement. Matus prescrit des positions corporelles spécifiques à Castaneda pour qu’il agisse sur son « endroit bénéfique » pendant qu’il trouve le coupable et tente de récupérer son âme. Au cours d’une horrible nuit, un diablera imite Matus, essayant de l’attirer hors de sa place. Au matin, Matus l’informe que s’il n’avait pas appris tout ce qu’il savait, il n’aurait pas survécu. Lorsque Castaneda ne parvient pas à se débarrasser d’une profonde détresse, Matus déclare que cela est courant chez ceux qui manquent d’une « intention inflexible ». Par la suite, Castaneda s’abstient de chercher des leçons et, des mois plus tard, peine à organiser ses notes de terrain pour montrer la « cohésion interne » de la méthodologie de Matus.