Les enseignements de Don Juan : une voie Yaqui de la connaissance décrit les effets de trois drogues hallucinogènes prises par un étudiant diplômé sous la supervision d’un chaman indien Yaqui, d’abord sous la forme d’un récit des expériences, puis sous la forme d’une analyse scientifique systématique.
À la recherche d’informations sur le peyotl, Carlos Castaneda rencontre un chaman Yaqui expert, Don Juan Matus. Après un an d’amitié grandissante et une épreuve qui montre qu’il a le courage de rencontrer « Mescalito », l’anthropomorphisme des hallucinations provoquées par l’ingestion de boutons de peyotl, en face-à-face, Castaneda entame un apprentissage « long et ardu ». Au cours de sa première expérience de peyotl, Castaneda convulse et se sent étouffé, mais gambade avec un chien noir brillant, que Matus lui assure être Mescalito dans une rare démonstration d’espièglerie. Matus lui conseille de se concentrer sur sa vocation, plutôt que sur sa peur, et de voir les merveilles qui l’entourent.
Peu à peu, suivant la méthodologie de son bienfaiteur, Matus présente Castaneda à ses alliés. Ils ne sont ni des gardiens ni des esprits, mais des aides pour faire de grandes choses. Des étapes précises sont nécessaires pour acquérir des alliés. Bien qu’il n’aime pas l’allié de son bienfaiteur, l’herbe du diable, Matus le lui présente en premier, lui montrant comment cueillir et préparer les quatre « têtes », et lui donne une potion à boire. Malgré ses effets secondaires douloureux, Matus est persuadé que l’allié Datura l’apprécie. Matus présente ensuite son propre « allié le plus merveilleux », la « fumée des devins ».
Castaneda apprend à cultiver le Datura et à préparer le mélange de fumée. Matus lui dit que l’apprentissage est une épreuve que tous peuvent entreprendre, mais que peu réussissent. Pour devenir un « homme de savoir », il faut vaincre quatre « ennemis naturels » : la peur, la clarté d’esprit, le pouvoir et la vieillesse. Le résultat ne peut être prévu et l’état ne dure qu’un instant après avoir vaincu le quatrième. Matus enseigne la « deuxième partie » de Datura, où le véritable apprentissage commence. Il permet de voler dans les airs. Castaneda en fait l’expérience deux fois, effectuant un rituel élaboré impliquant des lézards, et la deuxième fois se sent chez lui, planant dans une obscurité sereine. Il qualifie la nuit de « vraiment magnifique » et ne pense pas que le mal de tête l’empêchera d’essayer à nouveau l’herbe.
Castaneda fume ensuite pour la première fois et est terrifié par les sensations. Les surfaces solides sont spongieuses et terrifiantes. Il rechigne à réessayer, déclarant que c’est comme perdre la tête. La dernière rencontre de Castaneda avec Mescalito se déroule lors d’une cérémonie de peyotl de quatre jours pour peyoteros et leurs apprentis. Mescalito lui apprend une chanson (qu’il mémorise), le montre en train de parler intimement à son père et révèle un nom secret à l’usage exclusif de Castaneda. Matus déclare que cela signifie que Mescalito l’approuve et lui a donné une leçon claire sur le seul chemin et un « monde de bonheur » pour lui.
Castaneda exécute seul le rituel du lézard, oignant distraitement son front, ce qui est interdit. Datura, cependant, épargne sa vie. Il préfère toujours l’herbe du diable à la fumée, car la fumée est si effrayante. Matus dit qu’il est libre de choisir son chemin, mais qu’il doit se rendre compte que les deux sont aveugles : la fumée par la peur et l’herbe du diable par l’ambition. Il fume à nouveau et se sent se transformer en corbeau dans un processus difficile, mais pas douloureux. La fois suivante, il faut trois jours à Matus pour le ramener. Il apprend que son destin, un jour, est de mourir et de devenir pleinement corbeau.
Castaneda vit la dissociation, diagnostique une « perte d’âme » et un véritable envoûtement. Matus prescrit des positions corporelles spécifiques à Castaneda pour qu’il se produise sur son « endroit bénéfique » pendant qu’il trouve le coupable et tente de récupérer son âme. Au cours d’une nuit horrible, un diablera imite Matus, essayant de l’attirer hors de sa place. Au matin, Matus l’informe que s’il n’avait pas appris tout ce qu’il a, il n’aurait pas survécu. Lorsque Castaneda ne peut pas ébranler une profonde détresse, Matus déclare que c’est courant chez ceux qui manquent « d’intention inflexible ». Par la suite, Castaneda s’abstient de chercher des leçons, et des mois plus tard, peine à organiser ses notes de terrain pour montrer la « cohésion interne » de la méthodologie de Matus.