Kateryna Kon | Photothèque scientifique | Getty
Les champignons sont un élément indispensable de votre microbiome, gardant la multitude de micro-organismes du corps en bonne santé dans le cadre d’un système de freins et contrepoids. Mais lorsque vous êtes touché par une infection, les champignons peuvent être déséquilibrés par rapport aux autres organismes présents à l’intérieur de vous, entraînant une infection plus grave et d’autres symptômes de maladie.
Pour cette raison, la pandémie a immédiatement déclenché l’alarme chez Iliyan Iliev, immunologiste à la Weill Cornell Medical School. « Nous pensions que la première chose qui allait arriver, c’est que les gens commenceraient à contracter des co-infections fongiques », dit-il. Avec un microbiome déséquilibré, les champignons pourraient commencer à se déchaîner chez les patients atteints de COVID, a expliqué Iliev. Ses craintes se sont vite réalisées.
Dans une recherche publiée dans Immunologie naturelle, lui et son équipe ont découvert que chez les patients atteints de COVID grave, certaines souches de champignons intestinaux – perturbées par le virus – déclenchaient une réponse immunitaire prolongée qui pouvait durer longtemps après l’infection initiale. Cette réponse a potentiellement conduit à certains des symptômes respiratoires ressentis par ces patients. Selon Iliev, ces résultats soulignent le rôle essentiel du microbiome intestinal dans la réponse immunitaire humaine et pourraient conduire à de meilleurs traitements de la maladie à terme.
Le déséquilibre du microbiome intestinal est depuis longtemps associé aux maladies. Ken Cadwell, immunologiste à la Perelman School of Medicine de l’Université de Pennsylvanie, considère le microbiome comme une forêt tropicale métaphorique. « C’est un bel écosystème, mais si vous coupez trop d’arbres ou introduisez des espèces envahissantes, vous pourriez tout dérailler », dit-il.
Pour voir comment les champignons internes du corps ont été affectés pendant le COVID et comment cela a déclenché le système immunitaire, Iliev et son équipe ont commencé par examiner le sang des patients. Après avoir collecté des échantillons auprès de 91 personnes atteintes du COVID, ils ont mesuré les niveaux d’anticorps contre plusieurs champignons pour déterminer si le système immunitaire du corps réagissait contre ceux-ci. Par exemple, un nombre significativement plus élevé d’anticorps antifongiques indiquerait une prolifération ou une invasion fongique.
Takato Kusakabe, chercheur postdoctoral dans le laboratoire d’Iliev et auteur de l’étude, a effectué des expériences plaque après plaque – un processus minutieux – pour quantifier ces niveaux d’anticorps. L’équipe a découvert que chez les patients atteints de COVID grave, plusieurs champignons couramment présents dans l’intestin présentaient une augmentation des anticorps contre eux (par rapport aux personnes non infectées). Notamment, ceux-ci comprenaient Candida albicans, qui est un responsable fréquent des infections à levures. Lorsque l’équipe a ensuite effectué des tests sur des échantillons fécaux de 10 des patients hospitalisés atteints du COVID, ceux-ci ont confirmé que les champignons ciblés par les anticorps étaient présents dans les intestins des patients – et à des niveaux apparemment plus élevés que chez les témoins non infectés, ce qui suggère un déséquilibre dans leur microbiote.