La légende de Marie Lu se déroule dans un futur lointain sur Terre. Los Angeles a subi une inondation catastrophique et un nouveau gouvernement est arrivé au pouvoir. Un garçon nommé Day, l’un des protagonistes, est un ennemi sans abri de l’État. Agissant comme un Robin des bois des temps modernes, il vole les riches et donne aux moins fortunés (y compris sa propre famille).
Au début de l’histoire, Day et son amie Tess, une orpheline de treize ans, s’arrêtent dans l’ancien quartier de Day pour vérifier la famille de Day. Day vérifie régulièrement sa famille en observant leur maison de loin. La famille ne sait pas qu’il vérifie. Personne dans la famille, à l’exception de son frère John, ne sait même que Day est toujours en vie. John le sait parce que Day lui donne régulièrement de l’argent, de la nourriture et des vêtements. Au cours de ce contrôle particulier sur sa famille, Day apprend que son plus jeune frère, Eden, a contracté une souche particulièrement méchante de la peste. Un grand X est placé sur son ancienne maison avec une ligne horizontale coupée à travers. La seule chose dont Day doit se souvenir de sa famille est un pendentif qu’il porte.
Changeant de point de vue, l’histoire passe à un autre des protagonistes du roman, June Iparis. June est l’une des seules personnes à avoir obtenu un score parfait à son test d’essai. Le test d’essai, apprend le lecteur, est un test d’aptitude que tous les enfants passent à l’âge de dix ans. En fonction de leur score, ils sont soit envoyés dans les meilleures universités et lycées, soit dans des écoles professionnelles. Les participants qui obtiennent un score très bas sont envoyés dans un camp de travail où ils disparaissent à jamais. C’est ce qui est arrivé à Day.
Depuis que June a un score parfait à son test, elle a été envoyée à l’Université Drake. Se rebellant contre son statut de « parfaite » à l’université, June se met constamment en danger, prenant des risques juste pour prouver qu’elle n’est pas meilleure que n’importe qui d’autre. Son frère, Metias, la sauve toujours des ennuis. Ce jour-là, June a décidé d’escalader un gratte-ciel du centre-ville. Elle est suspendue de l’école et son frère vient la chercher. Le lecteur apprend que Metias est capitaine dans l’armée et qu’il est le seul tuteur de June depuis l’accident de voiture de leurs parents quelques années plus tôt.
L’attention se porte à nouveau sur Day, qui s’introduit par effraction dans l’hôpital pour tenter de voler des médicaments contre la peste pour son frère et sa famille. Malheureusement, lorsqu’il arrive à l’endroit où le remède serait stocké, il constate que l’hôpital est à court de médicament. Alors qu’il est sur le point de quitter la zone, un garde nommé Metias le repère et l’arrête juste avant la porte. Day court, se retourne et lance un couteau qui se loge dans l’épaule de Metias. Dans sa hâte de s’enfuir, le pendentif de Day tombe. Metias le ramasse et appelle par radio pour la sauvegarde.
Thomas, le chauffeur de Metias, se rend chez June pour la voir. Il lui dit que Metias a été tué. Il lui dit également que le commandant Jameson accélère sa formation afin qu’elle puisse obtenir son diplôme tôt et être mise sur la piste du tueur de son frère, qui n’est connu que sous le nom de Day. June réprime son chagrin et commence quelques jours plus tard à enquêter sur l’assassin de son frère. Elle répand une rumeur parmi les secteurs pauvres en faisant savoir qu’il existe un médicament bon marché contre la peste qui sera vendu à la Dix Deuxième Place. Le Ten Second Place porte le nom d’un vol étonnant que Day y a commis en seulement dix secondes. Le cambriolage avait eu lieu des années auparavant. Le Ten Second Place est maintenant une vieille banque abandonnée.
Day reçoit un mot et sait instantanément qu’il s’agit d’un piège. Il se dispute avec Tess qui le pousse à réfléchir. Elle perd la dispute et Day s’en va. Cependant, il arrive tôt et est capable de refaire le câblage des haut-parleurs de la banque afin de pouvoir parler avec l’agent qu’ils envoient sans que personne ne sache où il se trouve. June arrive et ils parlent ainsi pendant un moment. Lorsque Day pense que c’est peut-être sûr, il apparaît et commence à parler avec June. Cependant, quand il voit la façon dont elle a noué sa cape autour d’elle, à la manière militaire, il se rend compte que c’est un coup monté et il s’en va. Plus tard, Day et Tess se retrouvent sous un ancien quai de pêche où ils voient une plaque de métal qu’ils ne peuvent pas identifier.
June sait par l’accent de Day qu’il est originaire de la partie du secteur Lake de la ville. De retour au quartier général, June et Thomas regardent le commandant Jameson essayer d’obtenir un espion pour leur donner des informations sur la côte est de ce qu’on appelait autrefois les États-Unis. Thomas semble aimer infliger de la douleur au prisonnier, et June est repoussée.
June décide qu’elle doit rassembler ses propres informations et se déguise en mendiante sans abri. Elle se dirige vers le secteur du lac, pensant que peut-être Day sera là. Le lecteur voit quelque chose appelé un combat Skiz, qui est un combat de rue sur lequel les spectateurs sont encouragés à parier. Une fille nommée Tess est là. Les spectateurs l’appâtent, essayant de la faire sauter dans le combat avec une fille plus grande nommée Kaede.
June prend la place de la fille et finit par faire partie du combat, bien qu’à contrecœur. Elle abat Kaede, mais Kaede est un mauvais perdant et sort un couteau, poignardant June. June tombe et la foule crie des insultes parce que Kaede a enfreint les règles. Néanmoins, June va mourir si quelqu’un ne fait rien. Day lance une bombe à poussière et les combattants se dispersent. Tess et Day mettent June en lieu sûr.
June est gravement blessée. Pendant les jours suivants, Day et Tess prennent soin d’elle, pansent ses blessures et lui donnent des antibiotiques volés. Jour et juin se rapprochent. Sans le vouloir, ils commencent à avoir des sentiments l’un pour l’autre. Un jour, ils partagent un moment et un baiser. C’est alors que June remarque le pendentif que Day porte. D’une manière ou d’une autre, il l’a récupéré. June sait que cela faisait partie de la preuve qui lui a été donnée des effets de son frère. Elle sait que c’est Day, la personne qui a tué son frère. Elle le suit lorsqu’il va rendre visite à sa famille dans le secteur du Lac, et elle le transmet par radio à Thomas.
Ça va mal. June pense que ce sera une arrestation sans effusion de sang, mais elle se trompe. Une fusillade éclate et la mère de Day est abattue à bout portant par Thomas. John et Day sont tous deux arrêtés. Eden, la plus jeune, est emmenée combattre au front de la guerre. June déteste la façon dont les choses se passent, mais elle le justifie quand elle pense à son frère.
June demande à être affectée à l’interrogatoire de Day. Elle l’interroge directement sur la journée à l’hôpital avec Metias et lui dit que Metias était son frère. Elle lui dit également que Metias est mort et que c’est la faute de Day. Étonnamment, Day admet de nombreuses accusations ce jour-là, mais il nie avec véhémence avoir tué Metias. Il lui dit que son couteau a frappé Metias à l’épaule, pas un coup fatal. Malgré sa résolution de rester endurcie envers Day, June se retrouve à le croire. Elle dit à Day que Tess est en sécurité. Ensuite, elle dit en larmes qu’elle ne savait pas qu’ils tueraient sa mère. Alors que Day est ramené dans sa cellule, il passe devant un sac mortuaire gisant dans une pièce. Il a la pensée fugace que peut-être la peste est un instrument de contrôle utilisé par le gouvernement pour réprimer ses citoyens et les maintenir faibles.
Une célébration est organisée en l’honneur de juin pour avoir capturé Day, l’un des criminels les plus notoires de l’État. Un bal est lancé cette nuit-là et June assiste avec Thomas comme escorte. Après que ce soit fini, Thomas essaie de l’embrasser; mais June le repousse. Elle ne peut pas oublier comment il a interrogé le prisonnier plus tôt dans la semaine, et elle se rend compte que c’est une personne violente qui aime faire souffrir les autres. Elle ne veut rien avoir à faire avec lui.
La curiosité l’amène à pirater la division des records où elle apprend que (malgré ce que tout le monde a dit) Day a également obtenu un score parfait au test d’essai. Pour une raison quelconque, la République l’avait jugé suffisamment dangereux pour qu’on s’en débarrasse. Pourquoi a-t-il été condamné à mort et elle a reçu le monde ? Cela n’a aucun sens.
Day apprend qu’il va être condamné à mort. La ville éclate en manifestations violentes lorsque la nouvelle est rendue publique. Jameson, commandant de l’armée, se met à torturer Day, bien que Day ne sache pas pourquoi. La femme ne lui pose même pas de questions. Elle emmène Day et l’attache au soleil brûlant pendant plusieurs jours. June se faufile pour le voir et lui apporte de l’eau et de la nourriture. Elle reste assise avec lui aussi longtemps qu’elle le peut et lui pose des questions pointues sur son temps d’essai et sur sa vie avant qu’il ne passe son test.
Day lui dit beaucoup de choses, mais la plus choquante est son accusation selon laquelle les enfants qui échouent au procès ne sont pas envoyés dans des camps de travail, mais sont testés ou carrément tués. Il dit qu’il sait que ses dossiers sont erronés car après son test, il a été emmené dans un laboratoire où ils ont essayé de faire des expériences sur lui. Il a réussi à s’échapper. Il lui fait également part de ses soupçons sur l’épidémie de peste et cela étourdit June. Plus tard dans la journée, June entend Jameson dire à Thomas d’abattre tous les manifestants du centre-ville qui marchent pacifiquement pour protester contre l’arrestation de Day. Elle va vers Thomas pour essayer de lui faire comprendre à quel point ce serait mal, mais il la frappe, puis la pousse au sol.
Le jour cuit toujours au soleil et reçoit la visite de Thomas, qui continue de le torturer. Il demande à Day des informations concernant les Patriots, un groupe de résistance du côté des États-Unis qui fait défection (appelé les Colonies). Day ne reconnaît aucun des noms que Thomas lui lance, à l’exception du nom de la fille du combat de Skiz avec June. Il ne dit rien à Thomas et l’homme s’en va.
Plus tard, Thomas essaie de s’excuser auprès de June pour la façon dont il l’a traitée, mais elle lui dit de s’en aller. Elle récupère des images de surveillance du jour où son frère a été tué. Elle est capable de voir que le couteau que Day a lancé est bien entré dans l’épaule de Metias. Cela signifie que ce doit être Thomas qui a tué Metias, et que pour une raison quelconque, le commandant Jameson était au courant et a aidé à dissimuler. June court vers Day et lui raconte ce qu’elle a découvert. Ils se réconcilient.
De retour chez elle, June sort les journaux de Metias et commence à les lire pour toute sorte d’informations qu’elle peut utiliser pour accuser Thomas et Jameson de collusion. Metias a utilisé son journal pour laisser un message codé que seule June aurait pu déchiffrer. Il lui dit d’aller sur un blog où Metias lui a laissé un message vidéo déclarant qu’il croit que leurs parents ont en fait été tués par le gouvernement parce que leur père s’est rendu compte que la République utilisait la peste comme instrument d’abattage biologique, détruisant le ‘ gènes faibles » et « inférieurs » de la population. Il l’avertit que Thomas est au courant de la peste et la tolère. Craignant, June se faufile hors de la maison et se rend à la journée libre.
Day et June vont chercher Kaede, à qui Day dit que June est membre des Patriots. Ils trouvent Kaede et lui parlent d’un plan qu’ils ont élaboré. Day retournera dans sa cellule et quand lui et son frère John seront exécutés, Kaede créera une diversion qui créera suffisamment de confusion pour qu’ils puissent s’enfuir. Day retourne dans sa cellule. Malheureusement, à la dernière minute, ils apprennent que Jameson avance la date d’exécution de Day.
Désespérée, June vole une électro-bombe qui empêche les armes de se décharger et la donne à Kaede. Thomas découvre qu’elle a pris l’électro-bombe et la poursuit. Avant qu’il ne puisse faire quoi que ce soit, l’électro-bombe explose sur la place où les gens se rassemblent pour assister à l’exécution. Les gens commencent à paniquer et une émeute s’ensuit.
June en profite et court pour libérer Day et John. Lorsqu’elle arrive dans leur cellule, elle découvre que Day ne peut pas marcher à cause des coups qu’il a reçus. Alors que les soldats découvrent leur tentative d’évasion, John reste derrière pour les ralentir, permettant à June de sortir Day. Ils sont emmenés par les Patriots à leur camp de base où ils apprennent que Las Vegas est devenu un quartier général des Colonies et que Tess est là. Le livre se termine avec les Patriots, June et Day en tant que nouveaux dirigeants, déterminant qu’ils doivent rassembler suffisamment de forces et d’armes pour aller sauver Eden du front de guerre.