Des chercheurs en France ont rapporté la première preuve génétique convaincante d’un virus SARS-CoV-2 recombinant qui contient des éléments à la fois de la variante du coronavirus omicron et de la variante delta. Cependant, les experts de la santé de l’Organisation mondiale de la santé et d’ailleurs ont rapidement remarqué qu’un tel virus recombinant on s’attend à ce qu’il se produise et, jusqu’à présent, il n’y a aucune raison de s’inquiéter pour l’hybride.
Le recombinant delta-omicron – une combinaison du squelette de la sous-variante delta AY.4 et de la protéine de pointe de la sous-variante omicron BA.1 – circule à des niveaux très faibles depuis au moins début janvier 2022 en France. Les chercheurs ont également signalé une poignée de cas au Danemark, en Allemagne et aux Pays-Bas. Jusqu’à présent, les données épidémiologiques sur la propagation du recombinant ne soulèvent aucun signal d’alarme et la variante ne semble pas causer de maladie plus grave, selon la responsable technique de l’OMS, Maria Van Kerkhove, qui a abordé la variante lors d’un point de presse cette semaine. Cependant, les chercheurs sont en train de mener d’autres études sur le recombinant et le suivront de près, comme l’organisation le fait avec d’autres nouvelles variantes, a-t-elle noté.
Les coronavirus sont connus pour se recombiner, et les chercheurs s’attendaient pleinement à ce que de tels virus SARS-CoV-2 recombinants apparaissent de temps à autre. Généralement, la recombinaison peut se produire lorsque deux variantes infectent une personne en même temps et envahissent les mêmes cellules. Dans ce scénario, la machinerie cellulaire que les virus détournent pour se cloner peut parfois passer brusquement de la traduction du code génétique de l’une des variantes au code de l’autre, ce qui donne un virus mosaïque.
Fusion virale
Il n’est particulièrement pas surprenant qu’un recombinant de delta et d’omicron soit apparu, étant donné que l’omicron a acquis une domination mondiale alors que la transmission delta était encore très élevée dans de nombreux endroits. Cette situation a fourni aux deux virus hautement transmissibles de nombreuses occasions de se croiser. De plus, il est plus facile pour les chercheurs d’identifier les hybrides delta-omicron. La surveillance génétique s’est considérablement intensifiée au milieu de la pandémie, rendant la détection plus efficace. Et les deux variantes sont relativement distinctes l’une de l’autre, ce qui rend les recombinants delta-omicron beaucoup plus faciles à repérer que les recombinants des variantes passées, qui avaient plus en commun les unes avec les autres. Tous ces facteurs rendent plus probable qu’il y aura des rapports de recombinants delta-omicron.
Pourtant, détecter le moment où la recombinaison se produit peut être délicat. Certains efforts de séquençage génétique peuvent facilement sembler détecter des virus recombinants s’il y a une co-infection sans recombinaison ou s’il y a contamination dans les procédures de laboratoire. Une certaine forme de contamination a été suspectée d’être le cas dans un rapport de janvier d’un virus recombinant SARS-CoV-2 détecté par des chercheurs de l’Université de Chypre. Mais dans le cas du virus détecté en France, les chercheurs sont plus convaincus qu’il s’agit vraiment d’un virus recombinant car la qualité des données de séquence est meilleure et les chercheurs ont pu cultiver le virus recombinant dans des cultures cellulaires en laboratoire.
Bien que la confirmation d’un recombinant delta-omicron puisse sembler alarmante, les virologues ont souligné que la recombinaison n’est pas comme créer une progéniture super-variante qui ne contient que les aspects les plus dangereux de ses variantes parentales menaçantes. Comme la plupart des mutations, la plupart des recombinaisons ne sont pas avantageuses pour le virus. Et jusqu’à présent, rien n’indique que le recombinant delta-omicron identifié décollera et deviendra la prochaine variante dominante à l’échelle mondiale.
Cependant, la possibilité de recombinaisons dangereuses est une autre raison de rester vigilant au milieu du virus pandémique pour essayer de maintenir la transmission à un faible niveau. Plus la transmission est faible, moins il y a de possibilités pour que des variantes émergent et se recombinent. Cela signifie que nous devons nous en tenir à des méthodes éprouvées pour réduire la transmission, à savoir rester à jour sur la vaccination et prendre des précautions sanitaires comme le port de masque et la distance physique lorsque le risque de transmission est élevé.