Le Vagabond raconte l’histoire de Sophie, treize ans, qui retourne en mer pour rendre visite à son Bompie en Angleterre. Bien que Sophie soit ravie à l’idée de traverser l’océan en bateau, elle lutte contre une peur noire de la mer qui va lentement se dissiper au fur et à mesure du voyage.
Au début du roman, Sophie, 13 ans, commence par écrire sur son amour pour la mer et décrit un cauchemar saisissant dans lequel elle vit une vague noire géante qui vient la dévorer. Cet amour/peur est au cœur du mystère qui entoure le personnage de Sophie et son histoire tout au long du roman. Sophie s’est frayé un chemin jusqu’au voilier familial The Wanderer pour un voyage à travers le pays afin de rendre visite à son grand-père, Bompie, qui vit en Angleterre. Au fil du roman, le lecteur apprend que cette famille n’est pas la famille de sang de Sophie mais sa famille adoptive – elle a été adoptée trois ans plus tôt – et que personne ne sait vraiment ce qui est arrivé aux vrais parents de Sophie. Sophie elle-même ne reconnaît même pas qu’elle a eu d’autres parents et refuse de parler de son adoption, à la grande consternation de ses deux cousins curieux, Brian et Cody.
Lorsque Sophie arrive sur le bateau, elle a du mal à déterminer où elle appartient et a souvent l’impression que les hommes avec qui elle voyage la traitent différemment parce qu’elle est une fille. Avec le temps, cependant, elle apprend à s’adapter à la devise de faire partie d’une équipe et est capable de mettre en valeur ses points forts en tant que marin sans éclipser le reste de son équipe. L’équipage fait plusieurs escales sur la route vers l’Angleterre, notamment une escale à Grand Manan où Sophie et Cody explorent l’ancienne île fantôme. Cette expérience lie profondément les deux cousins, mais ouvre de nombreuses autres questions pour Cody sur les secrets qui se cachent dans le passé de Sohpie. Alors que l’équipage est en route vers la côte irlandaise, une catastrophe survient sous la forme d’une vague blanche géante qui s’écrase sur le bateau, tuant presque tout le monde à bord. L’équipage parvient à survivre, mais le bateau est gravement endommagé. À ce moment-là, Sophie est forcée d’affronter sa plus grande peur – un cauchemar récurrent qu’elle fait d’une vague noire géante venant la consumer.
Lorsque l’équipage arrive enfin sain et sauf en Irlande et retrouve Bompie, tout le monde est surpris d’apprendre que Bompie sait qui est Sophie même s’il ne l’a jamais rencontrée auparavant. Tout au long du voyage, Sophie avait raconté à l’équipage des « histoires de Bompie » qu’ils croyaient tous qu’elle avait inventées même si elle insistait pour que Bompie le lui ait raconté. Lorsque Sophie raconte les histoires avec Bompie dans la pièce, il vérifie que, oui, il a partagé toutes ces histoires avec Sophie, sauf une. Lorsque Sophie raconte l’histoire des parents de Bompie perdus en mer, tous les yeux se tournent vers Sophie. De toute évidence, elle ne raconte pas l’histoire de Bompie mais la sienne. La vérité tragique du passé de Sophie est révélée, et sa famille l’accueille toujours à bras ouverts.